二月初三日，曾國藩覈定江寧七府州及揚州、儀征等地鹽務章程。
初九日，席寶田率軍收複金溪縣城。
十二日，曾國藩緊急上奏：金陵官軍已攻克太平軍盤踞的鐘山要塞（偽稱“天保城”），至此完成對金陵城的合圍。目前城內敵軍外援斷絕，存糧有限，但我軍圍城兵力不足五萬，需分散防守九十餘裡戰線。而城中尚有數十萬敵軍，極可能因困獸猶鬥而拚死突圍，形勢仍存隱憂。
隨奏附片說明：浙江境內的太平軍殘部為求生存，正全力向江西流竄，毫無退意，恐將深入江西腹地，威脅撫州、建昌兩府。溧陽的太平軍老巢剛被江蘇官軍攻破，餘部已退至湖州集結。目前湖州敵軍數量龐大，若進犯江西將暢通無阻，而當地防務空虛，形勢堪憂。
另附片奏稱：臣所轄各部雖不斷擴軍，但缺乏將才，現有將領多屬謹守本分之輩，難當獨當一麵之任。都興阿舊部請朝廷另派重臣接管，其麾下水師紅單船等部隊則由臣暫管，將酌情裁撤以節省軍費。
十五日，喬鬆年前來安慶拜見曾國藩，正式接任巡撫印信，隨即率軍駐防臨淮。
太平軍撤出廣德州城，全部退入湖州。鮑超率部進軍攻打句容。
江西境內的太平軍流竄侵擾撫州、建昌等地。十八日，席寶田在建昌城外擊敗敵軍。
十九日，李世忠派遣部將王廷瑞、陳自明到安慶請示，表示願意交出所占城池，並在三個月內完成部隊遣散。曾國藩予以嘉勉後送返二人。
二十七日，曾國藩上奏摺陳述江蘇、安徽等省綠營兵員情況：經戰亂後原有兵額幾乎散亡殆儘，已潰散的士兵不準重新歸隊，體弱兵員立即裁撤，軍官職位空缺暫緩補任，待戰事完全平定後再恢複舊製，以確保兵員精乾、軍餉不虛耗。
另奏摺稱湖北防務吃緊，請求朝廷命令提督江長貴速赴本任履職。
隨奏附片說明：金陵城內的太平軍為節省糧食，已放出老弱婦女萬餘人。湖州聚集的太平軍殘部企圖進犯江西尋求生路，而江西撫州、建昌一帶的敵軍數量眾多。請朝廷下令福建、廣東、湖南、湖北等地加強防範，避免敵軍流竄演變為流寇，增加清剿難度。
另奏：原江忠義所部軍隊，現交由江忠朝統率。
另附片奏報：已遵旨提審江西知縣石昌猷一案，並派刑部郎中孫尚紱參與會審。
又附片舉薦道員忠廉暫代兩淮鹽運使一職，認為其足以勝任。
另附片奏明：李世忠請求限期遣散滁州等地兵勇，僅保留千餘人交由總兵陳自明統領。
此外，與沈葆楨聯名上奏：經查實後參劾江西厘金委員萬永熙，建議革除其職務。
本月，李鴻章分兵攻克溧陽縣城，又收複浙江嘉興府城。程學啟在作戰中負傷，不久在蘇州去世。程公早年曾陷於賊營，投誠後經曾國藩之弟曾國荃提拔立功，在收復甦州的戰役中戰功卓著。
左宗棠率軍攻克杭州省城，餘杭縣城的殘敵退入湖州據守。
都興阿率領騎兵部隊北上。富明阿暫代江寧將軍職務，接管揚州防務，並派兵渡江，與馮子材部會合進攻丹陽。
三月初五，鮑超率軍攻破太平軍的三分關卡。初七，攻克句容縣城。初九，攻占寶堰一帶的五座敵軍堡壘。
周寬世軍中營官楊覆成因剋扣軍餉被查實，曾國藩親自審訊後將其在軍前處斬。
江西的太平軍勢力日益壯大，沈葆楨上奏請求截留江西的厘金稅收，專門用於本省軍餉開支，戶部商議後批準。曾國藩接到戶部公文後，對此深感憂慮。
十二日，曾國藩緊急上奏摺稱：江西的牙稅和厘金仍應歸其管轄征收，以確保攻克金陵的戰事順利完成。隨奏附片報告軍情：金陵城內的太平軍負隅頑抗，句容收複後，敵軍外援幾乎斷絕；江西的太平軍正侵擾南豐、新城、廣昌等地。另上奏摺了結水師在長江巡邏時誤傷人命一案，並呈上第十八批忠義人士的采訪記錄。
十三日，浙江的太平軍繼續流竄至徽州，唐義訓、毛有銘率軍阻擊，但遭遇小挫。十四日，太平軍進攻徽州城，被官軍擊退。
十五日，接到皇帝諭旨：“協辦大學士、兩江總督曾國藩統領軍隊剿滅賊寇，節製東南數省軍務，儘心籌劃，使地方叛亂依次平定，舉薦賢能，依靠眾人之力，著令吏部從優議定嘉獎。欽此。”當年，在地方督撫中受到朝廷優敘嘉獎的共有五人，分彆是官文、駱秉章、左宗棠、李鴻章。
十七日，唐義訓、毛有銘兩軍在楊村與太平軍交戰，官軍大敗。太平軍勢力日益強盛，大股部隊流竄至婺源，進入江西境內。曾國藩調派朱品隆率軍緊急增援徽州，命令鮑超率部返回東壩，並調周寬世、金國琛兩軍渡江進駐饒州一帶。
二十日，鮑超率軍收複金壇縣城。
曾國藩上奏江西牙厘稅收的奏疏後，言辭激烈，沈葆楨也隨即上奏請求辭官，但被朝廷下詔慰留。戶部最終議定將江西牙厘稅收的一半撥給金陵、皖南大營，另一半留作本省軍餉。當時金陵尚未攻克，江西流竄的太平軍又聲勢複盛，曾國藩統領的軍隊眾多，軍餉需求巨大。他既擔心軍餉匱乏導致戰事崩潰，又因手握兵權、掌管財權而遭人忌憚，於是萌生了功成身退的念頭。
二十五日，曾國藩緊急上奏摺報告：鮑超部攻克句容縣，生擒兩名太平軍首領，摧毀五座敵軍營壘。隨折保舉總兵馮標、譚勝達、唐仁廉等二十名將領，併爲陣亡的知府田芬、參將陽茂泰等六名官員請恤。另附片奏報：徽州官軍戰敗後，太平軍勢力蔓延，前鋒已竄入江西境內，後續部隊仍在不斷湧來。
金陵圍城戰事交由曾國荃全權負責，若城池僥倖攻克，將由曾國荃、彭玉麟、楊嶽斌三人聯名速報戰況概要，以慰聖心。陝西漢中地區的髮匪、撚匪流竄至湖北、河南境內，企圖解金陵之圍。長江上下遊均需加強防禦部署。另附片奏報：臣近日患嘔吐眩暈之症，請準假一月在軍營調養。又附片奏請：降職調任的佈政使唐訓方準假回鄉祭掃祖墓。再附片奏請：浙江鹽運使李榕暫緩赴任，留營繼續剿匪。另專摺奏報：已將楊覆成依法處決。
二十七日，曾國藩專折上奏，叩謝朝廷給予京察優敘的恩典。當日接到軍機處寄來的諭旨：“總理衙門奏請將原定撥付輪船經費的五十餘萬兩白銀改解京師，現決定先行撥付金陵軍營，用於發放軍餉。”
二十八日，曾國藩稽覈確定了淮北票鹽管理章程。
本月，左宗棠率軍攻克武康、德清、石門三座縣城。江西官軍收複新城縣，太平軍殘部逃入福建境內。
陝西太平軍聯合撚軍進犯湖北，成大吉在樊城阻擊敵軍並獲勝。敗退的太平軍流竄至河南境內。西安將軍、忠勇公多隆阿在盩厔軍營去世。
四月初三日，曾國藩設立書局，製定刊印書籍章程。江南、浙江自宋代以來就是文化昌盛之地，士紳家中多有藏書，刻版印刷十分精良，但經曆戰亂後，書籍損毀殆儘。曾國藩招募刻工，在安慶設立書局，陸續刊印經史典籍，聘請飽學之士汪士鐸、莫友芝、劉毓鬆、張文虎等人分彆負責校勘工作。初九日，彭玉麟到安慶拜見曾國藩，隨後前往九江佈防。
十二日，曾國藩緊急上奏：徽州防軍作戰失利，未能阻止太平軍西竄，請求朝廷對自己嚴加處分；唐義訓、毛有銘分彆予以革職降級處分；為陣亡將領金茂榮、李祖祥等十三人請求撫卹。另專摺奏報鮑超部收複金壇縣，隨折保舉遊擊張遇春一人，併爲陣亡將領鮑昌齡、宋連升、王正禮請求撫卹。
另有一摺奏報江北地區已全部肅清，提督李世忠遣散所部兵勇，並陸續交出全椒、天長、來安、滁州、六合五座城池。李世忠呈請辭去官職，回鄉安葬親人，懇請朝廷恩準其解職歸鄉，以保全其聲譽。所空缺的江南提督一職，懇請朝廷儘快選派合適人選接任，以重視軍務要職。
另附片奏報：接到戶部來文，稱湖北、湖南、四川、江西、廣東、江蘇每月應協濟臣營的軍餉數額巨大。經覈查，湖南省除東征局半厘外，並無奏定協餉款項。去年夏季雖曾奏請撥用江西洋稅，但隨即退還；廣東厘金一事，是臣最為愧疚之處，然而本年該省僅解送過九萬兩餉銀。
江蘇厘金本屬臣職責範圍內應籌措的餉銀，但本年該省僅解送過三萬兩。至於四川、湖北兩省，則根本冇有向臣營協解餉銀的記錄。戶部所稱六省供餉之事，不知依據何處奏報谘文，竟懷疑臣廣攬財權、收支钜額款項。
臣才識平庸，卻謬承重任，如今局勢龐大，事務繁雜。論兵力，我軍已成強弩之末；論糧餉，長久以來如同無米之炊。萬一戰事失利，臣如何擔得起這般重責？懇請皇上降旨，將皖北軍餉籌措之責交由喬鬆年、吳棠、富明阿共同承擔；至於蕭慶衍、毛有銘等部原由湖北供應的軍餉，請飭令官文、嚴樹森全力支應。若能使臣稍減籌措軍餉之憂，實乃莫大幸事！
另附片奏報軍情：圍攻金陵的部隊挖掘地道攻城，官兵傷亡近三千人，目前隻能嚴密封鎖、猛力進攻，以切斷敵軍補給；江西境內新竄入的太平軍，可能再度侵擾內地；而撚軍主力已突破隨州、棗陽一帶，意圖借道安徽、湖北，東進增援金陵。
彭玉麟現已趕赴長江上遊，負責江麵防務，但皖北兵力薄弱，防務空虛令人擔憂。另附片奏報江西南康知縣石昌猷供詞含糊不清，請革除其職務以便嚴加審訊。
十四日，丹陽的太平軍向上遊流竄，鮑超率軍截擊，大敗敵軍。常州的太平軍竄入徽州境內，唐義訓、毛有銘、金國琛率軍截擊並將其擊潰，殘餘匪軍逃往江西。
十九日，接到聖旨：“曾國藩奏報徽州軍失利，自請嚴加議處一事，特加恩寬免。欽此。”又奉聖旨：“江南提督一職，由李朝斌補授。江南水師提督一職，由黃翼升補授；江南淮揚鎮總兵員缺，由陽利見補授。欽此。”
二十七日，緊急上奏報告鮑超截擊丹陽敵軍取得大勝。另奏報蘇州敵軍繼續流竄至徽州，官軍進剿獲勝，擒獲斬殺及招降人數超過大半。附片奏稱：蘇浙一帶敵軍從徽州向上遊流竄的，大致分為六股：第一股目前盤踞在江西南豐，並分兵竄入福建汀州境內；第二股侵擾鉛山、湖坊等地；第三股曾進攻撫州，後撤退占據許灣；第四股被徽州守軍擊敗，進入江西境內的殘部人數不多；而廣德、湖州兩地敵軍首領仍有兩股，企圖進犯徽州並竄入江西。當前軍情以江西最為緊要。另上奏請求推遲江南地區本年鄉試。
另附片奏報：臣上月曾請假休養，現假期已滿，但病情尚未痊癒。隻是湖北敵軍正向下遊流竄，金陵戰局緊張，江西境內敵軍活動頻繁，局勢危急動盪，臣已勉強支撐病體，照常處理軍政事務。
本月，江西贛江以東的廣信、撫州、建昌、寧都等地，敵軍四處侵擾，攻陷十餘座城池。江西官軍與浙江援軍先後在玉山擊敗敵軍，又在撫州城外、弋陽、貴溪等地取得勝利，但敵軍勢力仍未減弱。
張運蘭所部軍隊原駐廣東，奉聖旨調任福建按察使，隨即率軍進入福建境內駐防剿匪。
李鴻章率軍攻克常州府城，揚州、鎮江兩地官軍聯合收複丹陽縣城。至此江蘇全境基本平定，僅剩金陵尚未攻克。李鴻章調派劉銘傳等部進駐句容、東壩一帶駐防。曾國藩隨即調遣鮑超所部沿長江西進，增援江西剿匪作戰。
楊嶽斌奉旨統領皖南及江西軍務，劉典協助辦理軍務。
李朝斌率領太湖水師進攻湖州城外敵軍堡壘，成功攻破。
李鴻章派員押送上海餉銀二十二萬兩抵達。曾國藩將其中十三萬兩撥付金陵大營，五萬兩撥給鮑超軍營，剩餘四萬兩留存安慶糧台。
竄入湖北的敵軍人數眾多，護軍統領舒保（諡號貞恪）在戰鬥中陣亡。僧格林沁率軍在隨州截擊敵軍，取得勝利。
五月二十七日，太平天國首領洪秀全服毒自殺，李秀成擁立其子洪天貴福（福瑱）繼位，繼續堅守金陵，並隱瞞洪秀全死訊，連城中太平軍士兵都不知曉。
五月初六日，曾國藩專程上奏摺叩謝皇恩，感激朝廷寬免對他的嚴厲處分。
鮑超率軍從蕪湖出發，北上增援江西戰場。
楊嶽斌統領水陸兩軍共萬人馳援江西。初十日，楊嶽斌到安慶拜見曾國藩，隨後趕赴江西督戰剿匪。曾國藩派提督黃翼升接管水軍，加強對金陵的圍攻。
十二日，曾國藩緊急上奏：浙江提督鮑超請求請假四個月，返回四川原籍安葬親人。其所率部隊將交由楊嶽斌統一指揮，必能調度得當。懇請皇上體恤鮑超多年苦戰立功，準其回鄉儘孝，以彰顯朝廷以孝治天下的仁德。
另附片奏報軍情：湖州、廣德仍被敵軍占據；江西省城戒嚴，已調派水陸各軍入城防守；湖北的太平軍和撚軍南下流竄，逼近安徽，已調李榕等部渡江加強北岸防務。
奏疏呈上後，奉上諭：“曾國藩所奏帶兵大員請假葬親一事，已明發諭旨，命鮑超待攻克金陵、肅清江皖後再準假回鄉，以成全其孝心。欽此。”
十四日，曾國藩接到朝廷諭旨，命李鴻章率軍會攻金陵。他當日即發公文催促李鴻章迅速行動。
十七日，鮑超率軍抵達九江，隨後趕赴南昌，與沈葆楨商議防剿事宜。鮑超所部軍隊由瑞州方向進剿敵軍。
二十二日，曾國藩緊急上奏稱：蘇州、常州收複後，本擬行文請李鴻章親赴金陵會剿。此前接到李鴻章來函，稱將士過於疲勞，應稍作休整，待攻克湖州後再分兵協助進攻金陵。不明內情者，或許會認為臣弟曾國荃貪圖獨攬戰功，不願與他人分享，但這絕非臣兄弟報效國家的本意！如今欣聞朝廷降旨，臣已恭敬抄錄諭旨，並加急行文催促李鴻章。臣本欲親赴金陵督戰，但因安徽防務緊要，暫時不能離開，懇請皇上降旨催促李鴻章速赴金陵，實為至幸！
二十七日，曾國藩緊急上奏：再次接到諭旨，火速催促李鴻章會剿金陵。此前撥付的輪船經費銀兩，已解送二三十萬兩分發各軍，轉瞬用儘。不敢抱怨籌餉太少，卻深悔招募兵勇過多，惴惴不安唯恐生變，貽誤大局。既盼望李鴻章率軍來援，更期待他能攜帶餉銀相助。同時奏報：楊嶽斌、鮑超均已趕赴江西，當地兵力雄厚。現改調周寬世所部前往皖北，防範湖北東竄之敵。計劃令陳國瑞駐守壽州，該地處於淮南江北要衝，可作機動部隊，仍須防守戰略要地，嚴控江麵，以免影響金陵戰局。
另附奏片稱：臣前年曾奏請增設長江水師提督一職，後經兵部議準。此次奉旨，李朝斌補授江南提督，係接替李世忠所遺空缺；黃翼升所任水師提督，當屬長江新設職位。懇請敕令兵部擬定官銜字樣，新鑄印信頒發至江南，以明職守。
另具奏摺保舉鮑超所部連克東壩、句容、金壇三城有功將士，列單請獎。又奏保高淳、溧水等城水陸會攻克複戰役中出力將士，列單請獎。
二十八日，曾國藩稽覈定案石昌猷案卷。江西道員周汝筠控告石昌猷包庇匪徒殺害良民一案，卷宗繁雜，曾國藩親自審訊多次，委派佈政使馬新貽、按察使何璟、道員勒方琦及奏調郎中孫尚紱反覆覈查。至此最終定案結案。
三十日，曾國藩之弟曾國荃率軍攻克龍膊子山陰的堅固堡壘——太平軍所稱“地堡城”，隨即督率部隊日夜圍攻，毫不鬆懈。
本月，李鴻章率軍攻克浙江長興縣城。湖北撚軍流竄侵擾英山、霍山一帶，楊嶽斌奉旨升任陝甘總督。
六月初八日，重新審理周汝筠控告石昌猷一案。
十二日，曾國藩緊急上奏稱：近日接連接到諭旨，反覆指示要點，主要涉及迅速剿滅金陵之敵及處理皖北、江西兩路戰事。現將近期籌辦情況逐條詳陳：其一，李鴻章向來作戰勇猛，進軍神速，但此次會攻金陵卻略顯遲緩，並非避嫌推諉，實有謙讓戰功之意。其二，仍有不法之徒暗中接濟敵軍糧草軍火，雖已嚴密搜查防範，但不敢保證全無疏漏，唯有嚴令各營加倍戒備。其三，太平軍與撚軍東進侵入英山境內，雖已調遣江南各軍馳援皖北，但短期內難以迅速抵達。其四，安慶民心不穩，臣不便輕易離開，待皖北局勢稍緩，當即親赴金陵會商剿辦事宜。共計四條。
十六日，金陵官軍挖掘的地道爆破成功，炸燬城牆二十餘丈。曾國藩之弟曾國荃率領將士衝入城內，圍攻太平天國偽宮城。當日即通過驛站八百裡加急奏報金陵收複的初步戰況。當夜攻克內城，展開持續三晝夜的清剿行動。十九日，生擒太平軍首領李秀成、洪仁達。此役殲滅敵軍十餘萬人。曾國藩接到捷報後，先是喜極而泣，久久不能平靜。
二十三日，曾國藩與相關官員聯名以六百裡加急奏報攻克金陵、全殲頑敵的詳細戰況。奏摺中稱：金陵圍城部隊曆時兩年有餘，期間因疫病死亡萬餘人，陣亡將士八九千人，令人悲痛不已，不忍回顧！臣等僥倖執掌兵權，適逢其會，既痛惜先帝未能親見獻俘告捷之日，又哀憫百姓長期遭受戰亂之苦。唯有始終謹慎勤勉，肅清殘敵，以解救倖存百姓之困苦，分擔聖上日夜操勞之憂。此役應撫卹、應嘉獎人員，另列清單，懇請聖恩準予施行。