曾國藩之子曾紀澤前來安慶探望父親。
江西官軍韓進春在洋塘受挫，湖口一帶的敵軍勢力再度擴張。江忠義與李榕率軍奮力反擊，敵軍稍受壓製。
鮑超率軍進攻鐘山敵軍堡壘，成功攻破，隨後回駐江岸。由於軍中士兵多染疾病，未能繼續進剿。
初四日，苗沛霖部攻陷壽州，知州毛維翼戰死。成大吉駐守三河尖，周寬世、毛有銘等部退守六安州境內。
十二日，曾國藩緊急上奏，彙報金陵圍城軍隊的部署情況，並陳述壽州失陷後擬采取的補救措施。奏請追贈殉難的知州毛維翼為道員，並給予優厚撫卹，以表彰其忠貞氣節。同時自請處分，稱調度各軍時顧此失彼，請求朝廷交吏部嚴加議處。對救援不力的道員蔣凝學、提督成大吉，奏請撤銷其升銜和勇號以示懲戒。
另上奏摺建議裁撤南洋通商大臣職位，改由各省督撫兼管華洋交涉事務。隨奏附片陳報已派員赴口外采買戰馬二千四百匹，請兵部查驗後免稅放行。
十六日，石埭的敵軍攻陷黟縣。十八日，劉典等率軍收複黟縣，敵軍退回石埭。
十九日，江忠義與李榕率軍在堅山擊敗敵軍，取得勝利。
二十二日，曾國藩專折上奏第十五批忠義事蹟的采訪結果。隨奏附片請求撫卹歙縣殉難紳士程枚功及其家屬十人。
二十七日，曾國藩緊急上奏彙報各路軍情。目前金陵城下暫時難以完成合圍，皖南、江西沿江沿湖地區敵軍活動猖獗。苗沛霖部攻破壽州後，對蒙城的圍攻更加猛烈。因距離遙遠難以救援，隻能深感憂慮。隨奏附片說明：馬新貽遠在蒙城，形勢危急，其安徽按察使印務暫由萬啟琛代理。
本月，李鴻章率軍攻克吳江縣城。
毛鴻賓升任兩廣總督，上奏調派張運蘭招募兵勇前往廣東。
七月初三日，江忠義等部在湖口文橋擊敗敵軍，收複該地。敵軍沿江潰逃，江西全境得以肅清。
郭嵩燾奉旨賞賜三品頂戴，代理廣東巡撫。李榕補授浙江鹽運使。
初八日，曾國藩之弟曾國荃攻克印子山敵軍堡壘。
十二日，曾國藩緊急上奏彙報各路軍情，共列六條：
其一，敵軍主力正增援金陵，蘇、常等地或有機可乘；
其二，張運蘭奉調赴粵，其原統老湘營現分守寧國府、涇縣兩處要地，不可調動，應令其另募新勇；
其三，太平、石埭敵軍越嶺竄犯黟縣，被王文瑞迅速擊退，剿辦極為迅捷；
其四，江忠義、李榕兩軍肅清湖口敵軍後，即令其由皖南進攻東壩；
其五，李世忠部近來有所收斂，因其與苗沛霖積怨甚深，若坦誠相待，應不至另生事端；
其六，周寬世、蔣凝學、成大吉、毛有銘各部均駐守要害，難以抽調，目前實無精銳可援蒙城。
隨奏附片陳明：黃翼升率水師馳援臨淮，應令李朝斌暫代江南提督職務。另附片奏報陝西巡撫英棨請求調撥陝省餉鹽一事，因苗沛霖叛亂阻斷淮河，鹽運無路可通，請朝廷不必再議此事。同時上奏第十六批忠義事蹟采訪結果，請求撫卹歙縣殉難紳士汪士勳及其家屬。
十七日，吳坤修率軍在雙鬥門擊敗敵軍。
二十日，從江西流竄而來的大批敵軍圍攻青陽縣。朱品隆帶病督軍，頑強堅守。
二十七日，曾國藩緊急上奏，彙報湖口各軍屢次擊退敵軍進攻，聯合攻克文橋敵營，敵軍潰逃，陣亡將領張儀卿等十三人請予撫卹。隨奏附報金陵、蕪湖、青陽等地軍情及淮甸水陸防務部署情況。另專摺奏請嘉獎蕪湖金柱關水陸防守及攻克灣沚、黃池的有功人員，並附名單請求封賞。附片奏明江西茶商已開始征收落地稅，同時上奏彈劾廬江知縣吳變和，請予革職處分。
三十日，曾國藩之弟曾國荃率軍攻占上方橋敵軍堡壘。
本月，李鴻章部攻克太湖敵軍營地，隨即向蘇州進軍。
袁甲三（諡號端敏）在家中去世。
曾國藩每日編錄《訓詁小記》、《雅訓雜記》數則，作為日常功課。
八月十一日，易開俊、劉鬆山在涇縣擊敗敵軍。
十二日，曾國藩緊急上奏，回覆朝廷近期諭旨，陳述軍情：淮河附近各軍扼守要地，難以調動；皖南各部正忙於剿敵，無法抽調支援淮上；李世忠部雖奉命剿滅苗沛霖，但不足為憑。待皖南戰事稍緩，再另派精兵馳援臨淮會剿。隨奏附片：查獲武官周瑞、知縣賈連城勾結苗沛霖叛亂，請革職查辦。
曾國藩的弟弟曾國荃率軍攻克江東橋敵軍堡壘。
十八日，敵軍突襲寧國府，劉鬆山從涇縣回師救援，擊退敵軍。
曾國藩調派鮑超部從金陵北上增援青陽。
二十四日，易開俊在涇縣擊敗敵軍。
二十七日，曾國藩緊急上奏，彙報金陵陸軍攻克上方橋、江東橋等敵軍堅固堡壘，並全部摧毀。隨奏附片報告青陽、涇縣等地軍情：目前皖南地區匪患猖獗，幾乎與去年冬季情況相似。壽州苗沛霖黨羽氣焰再度囂張。周寬世、成大吉、蔣凝學、毛有銘等部實力相當，互不統屬。李續宜病情日益嚴重，短期內難以東下。深恐各部軍心不齊，貽誤大局。請旨調派降職道員金國琛迅速趕赴皖北軍營，統籌周寬世等四軍營務，務必協調聯絡，避免軍心渙散。另附片奏請：去年奏派委員管理廣東厘金事務，現應調回原省任職，候補知縣丁日昌等人調回皖營，仍請酌情予以保舉嘉獎。
朱品隆率軍死守青陽縣城，曆時三十八天。江忠義所部、道員席寶田一軍及李榕一軍先後馳援，合力擊潰敵軍，斬殺賊兵上萬人。敵軍敗退，全部撤往石埭、太平一帶。
自從長江水道受阻以來，湖南、湖北依靠四川鹽和廣東鹽供應，江西則依賴浙江鹽，兩淮鹽區的銷售區域全部喪失。如今長江航道恢複暢通，曾國藩便與熟悉鹽務的委員杜文瀾等人商議，決定先恢複江西地區的傳統鹽業銷售區域，試行官方運輸淮鹽在江西銷售。同時製定江西鹽票章程，招募商人承辦鹽運事務。
本月，李鴻章分兵攻克江陰縣城，左宗棠部收複富陽縣城。左宗棠調劉典、王文瑞率軍返回浙江，準備進攻杭州。唐訓方奉旨統領皖北各軍，劉蓉被任命為陝西巡撫。
九月初八日，易開俊在涇縣擊敗敵軍。
十二日，曾國藩緊急上奏，彙報朱品隆率軍堅守青陽，援軍大獲全勝，成功解除城圍，並請求對陣亡將領李殿華、許和山等十六名官兵予以撫卹，同時開列名單保舉江忠義、李榕、朱品隆、席寶田等人。隨奏附片報告蒙城方麵軍情漸趨穩定，有望解圍；劉典已回浙江，徽州防務兵力薄弱；鮑超軍抵達南陵，準備進攻東壩；江忠義等部分兵進剿石埭、太平一帶敵軍。隻要能將皖南各股敵軍徹底肅清，戰局便可順利推進。
十九日，曾國藩之弟曾國荃分兵攻克博望鎮敵軍堡壘，將其全部蕩平。
二十二日，曾國藩上奏陳述京城糧倉急需米糧，表示將遵照戶部決議認真籌劃，並詳細說明近年形勢變化，認為不宜再拘泥舊例，計劃對漕運和鹽引兩大政務采取變通辦法。隨奏附片請求將道員黃冕留在江蘇、安徽，負責漕政和鹽務管理。另附片奏報安徽、湖北軍情。此時黃冕到安慶麵見曾國藩，建議在安徽設立米鹽互市機構，招攬湖南米商運米至安徽，再由安徽轉運至上海，最終抵達天津；同時招攬兩淮鹽商運鹽至安徽，與湖南米商進行交易。這是對鹽政、漕運的變通方案，但後來未能實施。
二十四日，曾國藩之弟曾國荃率軍攻克上方門、高橋門、土山、方山、七甕橋等二十餘處敵軍堡壘。二十五日，又攻占中和橋敵壘。
二十七日，曾國藩緊急上奏，報告寧國、涇縣駐防部隊連戰連捷，並請求對陣亡將士鄧光武、雷國英予以撫卹。另上奏摺，彙報已革總兵黃彬被參劾一案的審訊結果。
曾國藩的弟弟曾國荃攻克秣陵關的太平軍據點，至此金陵（南京）西南、東南兩麵的交通要道已被切斷，清軍逐漸形成合圍之勢。
本月，朝廷頒下文宗皇帝（鹹豐帝）禦製詩文集。二十八日，曾國藩專折上奏謝恩。
石埭太平軍將領古隆賢率部投降，清軍收複石埭、太平兩座城池。易開俊部收複旌德縣城。彭玉麟率領水師攻克水陽、新河莊等地的太平軍營壘。
二十九日，曾國藩的夫人歐陽氏攜家眷抵達官署。
本月，撚軍流竄侵擾湖北德安、蘄州、黃州一帶，湖廣總督官文調派成大吉、石清吉兩軍前往湖北增援剿匪。
十月初一，彭玉麟率領水師攻克滄溪、長樂鎮的敵軍堡壘。初二，清軍收複高淳縣城。
初三日，易開俊率軍收複寧國縣。
蔣凝學、成大吉部收複潁上縣。
初六日，曾國藩之弟曾國荃率軍攻破金陵城東五處敵軍關卡及二十餘座營壘，全部掃平。
初七日，鮑超會同水師攻克東壩。
十二日，曾國藩緊急上奏，報告金陵陸軍接連攻克東南沿河八處險要，並收複秣陵關太平軍據點，逐漸形成合圍之勢。另上奏摺，彙報敵軍歸降，收複石埭、太平、旌德三城，請求授予降將古隆賢虛銜頂戴。附片奏報淮上軍情：皖南水陸官軍攻克東壩，占據這一要隘後，皖南有望肅清，金陵、蘇州的進攻更有把握。又附片奏明石埭、太平、旌德、寧國四縣先後失陷的經過。另上奏摺，保舉金陵一軍連克城隘的有功人員，共六案，並附名單請求嘉獎。
鮑超率軍攻克建平縣，並收複溧水縣，派遣營官宋國永招降廣德州的太平軍，但未能成功。
江忠義率軍撤回江西饒州境內駐防。
十五日，曾國藩之弟曾國荃率領蕭慶衍等部進駐孝陵衛，扼守要地。
僧格林沁率軍抵達淮北，苗沛霖部眾潰散敗亡，蒙城之圍解除，地方團練勢力瓦解。唐訓方收複淮南各城鎮。
曾國藩審訂湖北鹽務章程，印發給經辦官員，招募商人辦理鹽運事務。
二十七日，曾國藩緊急上奏，彙報水陸官軍采取剿撫並施策略，接連收覆水陽、東壩等要地，以及高淳、溧水、寧國、建平四縣，現派鮑超駐守東壩，並調遣各軍分守各城關隘。奏請授予歸降的張勝錄等三人虛銜頂戴。另附片奏報提督王明山因丁憂回籍。
同日，曾國藩又上密摺陳述彭玉麟的戰功，並保舉金陵大營將領李臣典等四人，奏請補授提督、總兵等實缺。
皖南地區曆經戰亂，民生凋敝尤為嚴重。收複後，曾國藩立即派遣官員賑濟貧民，每縣籌措數千兩白銀，購買耕牛和種子分發給農民。百姓深受感動，流亡人口逐漸迴歸。
這個月，李鴻章收復甦州省城。曾國藩奉旨交吏部從優議功嘉獎。
李續宜在家中去世。
江忠浚調任四川佈政使。
十一月初五日，金陵官軍挖掘地道炸城，未能攻克。
十二日，曾國藩上奏摺彙總報告李世忠所部接連攻破苗沛霖各圩寨，並協同攻克懷遠縣，奏請撤銷其革職處分。另附片奏報金陵城東百餘裡內已全部肅清，太平軍糧道已被切斷。長淮一帶的潁上、正陽、壽州、上蔡等地均已收複。又上摺奏請保舉肅清皖北戰事中表現突出的水陸官兵，共四案，並附名單請求嘉獎。同時代水師提督楊嶽斌上折，奏請準其回籍奉養雙親。另上折保舉員外郎範泰亨、禦史周學濬、知府陳濬、孫衣言、同知李鴻裔、知縣鄧瑤、塗宗瀛、黎庶昌、訓導向師棣等九人，稱讚他們學問品行端正，可堪任用。當日接到上諭：“兵部侍郎彭玉麟著加恩賞穿黃馬褂，以示優獎，欽此。”這是采納了曾國藩的奏請。
十三日，金陵城內的太平軍出城襲擊湘軍營壘，曾國藩的弟弟曾國荃率軍將其擊退。十六日，太平軍在城外修築營壘，再次被湘軍攻破。
太平軍大舉進犯建平、溧水二城，官軍堅守將其擊退。
曾國藩每日的功課安排：傍晚後，閱讀詩賦古文，誦讀經書和諸子著作一卷，時常研讀《孟子》，並分四條記錄心得：一是關於心性與天道的精要言論，二是關於廉潔節操的根本原則，三是關於立誌高遠的境界，四是關於反省自身、反求諸己的修身之道。
二十七日，曾國藩上奏摺彙總報告水陸各軍陣亡、受傷及在營病故的官兵，共計八百四十三人，並附名單請求撫卹。其中周萬倬、曾正明二人，奏請入祀湖南昭忠祠。另上摺奏報安徽巡撫李續宜病故，並抄錄其臨終遺書呈送禦覽，以表明其忠憤憂國的赤誠。附片奏報太平軍首領李秀成從蘇州逃脫後已進入金陵；官軍兩次攻城獲勝，並已調派各軍嚴密防守江西邊境。又奏報第十七批忠義事蹟采訪結果。附片奏報定遠縣人陳鼎霈全家殉難，男女共七十六人，請求分彆予以表彰和撫卹。
二十八日，曾國藩在安慶接見所屬各縣新入學的生員共七百餘人。
本月，李鴻章率軍攻克無錫縣城，分兵進入浙江境內，接連收複平湖、嘉善、海鹽等縣。
十二月初二日，曾國藩主持修建多寶倉，用於儲備糧食，並製定賑濟發放的詳細章程。
初十日，稽覈確定皖南地區開墾荒田的具體章程。
十二日，曾國藩緊急上奏，就近期接到的多道諭旨逐條回覆。第一條，查明李世忠在壽州、下蔡與提督陳國瑞因爭功而引發衝突的案件。第二條，查明蔣凝學收複正陽關時，其部下副將康錦文所率兵勇因開炮誤傷友軍的案件。第三條，太平軍主力分兵駐紮梅渚，意圖突破關隘西進，鮑超部全力扼守東壩，暫時無法繼續進攻以配合金陵圍城。第四條，周寬世部已調回安慶加強防守，毛有銘部移駐皖南作為機動部隊，成大吉、石清吉兩部現正前往湖北，或可調往陝西，具體由官文統籌安排。共四條內容。另上摺奏報江西全境肅清、青陽解圍等戰事中表現突出的官兵，並附名單請求嘉獎。附片奏報：說明李世忠近期的動向和表現。
二十日，曾國藩上奏報告水師將領蔡國祥新造的小輪船完工，並親自登船在江麵試航。
二十七日，上摺奏謝朝廷恩典，並彙報近期軍情：太平軍主力企圖進犯江西，已緊急致函左宗棠、沈葆楨協同防守，確保長江上遊安全；金陵城內的太平軍仍負隅頑抗，短期內恐難迅速攻克。另上折保舉攻克九洑洲、肅清江麵的水師有功人員，附名單請獎。附片奏請為總兵喻吉三加提督銜並授予實職。又上摺奏報審查周瑞、賈連城涉嫌勾結苗沛霖一案，查無實據，建議不予追究。
本月，江忠義（諡號誠恪）在軍中病逝。唐訓方因僧格林沁參劾，奉旨降職為按察使，喬鬆年補授安徽巡撫一職。
同治三年（甲子年），曾國藩五十四歲。
正月，曾國藩駐守安慶。
初六日，太平軍從寧國縣北上攻陷績溪縣。初九日，唐義訓率軍收複績溪，並在歙縣南部追擊敵軍，將其擊潰。太平軍敗退至遂安、開化一帶，有向江西流竄的趨勢。
十二日，曾國藩上奏恢複淮南鹽務的摺子。奏摺中稱長江水路已經肅清，運輸通道暢通無阻，楚西各岸鹽務正著手整頓，但籌辦過程中麵臨兩大難題：一是鄰省私鹽長期滲透，積弊深重，難以立即禁止；二是各地厘卡設立過多，各軍依賴其稅收維持，無法全部裁撤。根據當前形勢，參考舊製，唯有采取疏通銷路、減輕成本、穩定鹽價、杜絕私鹽四項措施，切實推行，逐步實現稅收與軍餉的雙重收益。附片奏報近期軍情：金陵城內的太平軍仍負隅頑抗，另有一股從寧國流竄至績溪，意圖突破徽州，進犯江西。又上摺奏報審結貪腐營私的將弁張錄等人，請旨革職並永不錄用。
當時江蘇、浙江的田地因戰亂荒廢已久，官軍雖攻剿收複大半地區，但太平軍缺糧無以為繼，於是突然流竄至徽州、浙江交界處，企圖進入江西獲取補給。十七日，太平軍主力繼續進犯績溪，與遂安的殘部會合後分兵襲擾婺源、玉山，隨後流竄至廣豐、鉛山一帶，廣信、饒州、撫州、建昌等地均進入戒備狀態。
二十一日，曾國藩之弟曾國荃率軍攻克鐘山石壘（太平軍稱為“天保城”），隨即調遣各部駐守太平門、神策門，至此完成對金陵城的合圍。
二十七日，曾國藩緊急上奏彙報太平軍攻陷績溪後旋即被收複的情況。毛有銘部已從安慶渡江，預計可抵達徽州；沈葆楨所派席寶田、韓進春兩軍也將到位佈防。現嚴令各部扼守要地，全力保障江西防線安全。
隨奏附片說明：江寧佈政使萬啟琛應即赴江北督辦糧台事務，安徽按察使英翰駐守蒙城、宿州一帶協助剿撚，請朝廷催促馬新貽儘快赴任佈政使，並委派何璟暫代按察使職務。
另附片奏報李世忠近況：其已交出五河縣城控製權，遣散所部兵勇併發放餉鹽作為返鄉資費，預計不會再生事端。
又附片奏稱：因長江流域米價飛漲，建議本屆湖南漕糧仍折銀解送戶部，由朝廷就近采辦，以簡化流程。
二十八日，曾國藩專折上奏，恭謝朝廷年終恩賞，並呈遞年度官員密考折及學政聲名考覈附片。
本月，李鴻章率軍攻克宜興縣城，左宗棠部收複桐鄉縣城。都興阿奉旨調防綏遠城，朝廷詔令曾國藩選派得力將領接管其部隊。河南的太平軍與撚軍流竄侵擾湖北境內。