二十四日，曾國藩從安慶乘船出發，乘坐火輪駛往下遊，停泊在采石磯。二十五日，抵達金陵大營，接見各營將領並予以慰勞，親自審訊太平軍首領李秀成，同時委派官員尋訪鹹豐三年金陵城陷時殉難的官員士紳遺骨。
二十六日，接到皇帝諭旨：“楊嶽斌、彭玉麟、曾國荃聯名呈報克複金陵大致情形的奏摺已閱。逆賊首領洪秀全等率數十萬部眾長期盤踞金陵，負隅頑抗。曾國荃等率軍圍城，所部兵力不足五萬，兩年來已將城外賊寇營壘儘數掃平。今又在酷暑烈日之下，將士傷亡枕藉之際，全力猛攻，終克此堅城。若非曾國藩運籌得當，曾國荃及眾將士奮勇效命，豈能建此奇功？覽奏之餘，不勝欣慰！此次立功諸臣既已攻破偽都，擒獲元凶，著即從優施恩，同受重賞。欽此。”
二十七日，曾國藩巡視金陵城牆被地道爆破攻破之處，並逐一視察城外各軍營壘。
二十八日，士兵發現洪秀全屍首，將其抬至江邊。曾國藩親自查驗後，下令焚燬。
二十九日，接到皇帝諭旨：“今日官文與曾國藩以六百裡加急紅旗捷報克複江寧省城一折。閱畢奏章，實與天下臣民同感欣慰！自洪逆在粵西作亂至今已十五年，盤踞江寧亦達十二年之久，蹂躪十餘省，攻陷數百城。今終能依次平定，剷除元凶。統兵大臣等櫛風沐雨，曆儘艱辛，自當特施恩典，以酬其功勳。”
欽差大臣、協辦大學士、兩江總督曾國藩，自鹹豐三年在湖南首創團練，建立水師，與塔齊布、羅澤南等屢立戰功，保全湖南各州縣，收複武漢等城，肅清江西全境。東征以來，從宿鬆攻克潛山、太湖，進駐祁門，接連收複徽州各州縣，繼而攻占安慶省城作為根基，分派水陸將士，收複下遊各州郡。
如今大功告成，逆賊首領伏誅！這全賴該大臣運籌帷幄，智勇雙全，知人善任，指揮得當！特恩賞曾國藩加太子太保銜，封一等侯爵，世襲罔替，並賞賜佩戴雙眼花翎。
浙江巡撫曾國荃，以秀才身份投筆從戎，跟隨曾國藩轉戰數省剿滅賊寇，屢建戰功。鹹豐十年在湖南招募鄉勇，攻克安慶省城；同治元年、二年接連收複巢縣、含山、和州等地，率領水陸各軍直逼金陵，駐紮雨花台攻占偽城，在賊軍重重圍困下堅守數月，最終奮力擊退敵軍。
本年正月攻克鐘山石壘後，隨即完成對江寧的合圍。曾國荃督率將士浴血奮戰，親自指揮開挖地道作戰，冒著箭矢炮石衝鋒陷陣，連續半月未曾撤兵。最終克複全城，殲滅元凶！其堅毅果敢、儘忠報國之功實屬卓著。特恩賞曾國荃加太子少保銜，封一等伯爵，並賞賜佩戴雙眼花翎。欽此。
同時奉旨封賞的還有：提督李臣典封一等子爵，蕭孚泗封一等男爵，均賞戴雙眼花翎；提督黃翼升、張詩日等，總兵朱洪章、熊登武等，按察使劉連捷等，共計一百二十餘名將領，均獲朝廷嘉獎！
陣亡總兵郭鵬程、王紹羲，副將陳萬勝等十六名將領，均奉旨從優撫卹。這些都是曾國藩先前奏疏中提請褒獎的將士。
同日又奉聖旨：“太平逆賊長期盤踞江寧，負隅頑抗，實為前所未有之凶悍賊寇。此次水陸各軍在酷暑炎蒸之際奮勇圍攻，迅速攻克堅城，全殲悍匪，生擒賊首，若非曾國藩運籌帷幄、指揮有方，曾國荃等親冒矢石、率先衝鋒，斷難建立如此奇功，成就這般偉業！朝廷嘉許欣慰之情，實難儘述。除已對曾國藩等加恩封賞外，其餘有功將士，著即查明具奏，候旨封賞。特發銀牌四百麵，著曾國藩、曾國荃等擇其戰功最著者先行頒賜，以激勵三軍。欽此。”
同日，朝廷又下旨嘉獎東南各路統兵將領及地方大員，普遍給予特殊恩賞。欽差大臣僧格林沁親王、官文、李鴻章、楊嶽斌、彭玉麟、駱秉章、鮑超等均獲不同封賞。左宗棠、沈葆楨等人則另有安排。
當月，左宗棠率軍攻克浙江孝豐縣城。
蕭孚泗接到家中喪報，依製離職守孝。
七月初一，曾國藩巡視金陵城北的太平軍城防工事及清軍挖掘的地道遺址，委派龐際雲、知府李鴻裔共同審訊李秀成，命其親筆書寫供狀，前後共計四萬餘字。
七月初二，忠壯公李臣典在軍中病逝。攻克金陵之役中李臣典戰功居首，曾國藩之弟曾國荃聞訊悲痛不已。
七月初四，曾國藩親自巡視金陵城牆，委派官員負責修繕工程，同時決定裁撤湘軍，設立善後局以安置難民。
鮑超率軍在撫州許灣大敗太平軍，殲滅四萬餘人，敵軍全線潰敗。
七月初六，曾國藩親自審問俘虜，下令處決李秀成、洪仁達、洪仁發三人。
七月初七，曾國藩緊急上奏：洪秀全、李秀成二賊首已分彆處置，偽幼主洪福瑱經查尚無確切下落。現將李秀成供詞抄錄呈送軍機處，以備查覈。多年來，朝野紛傳逆賊資財豐厚，金銀堆積如山，然克複賊巢後竟未發現任何財貨，實屬意料之外。目前籌辦善後事宜需款孔急，開支浩繁，諸如賑濟災民、修葺城垣、駐防八旗等皆屬善後要務。其餘百端待舉，左支右絀，欣喜之餘反添焦灼！
攻克金陵後，太平軍所建宮殿行館儘數被官軍焚燬。曾國藩遂於水西門內擇取結構尚完好的房屋，派員修繕作為臨時衙署。偽幼主洪福瑱逃往廣德，殘餘叛軍紛紛前往迎奉。
七月初十，曾國藩在城內設宴犒勞各軍將領。
七月十一，鮑超率軍收複東鄉、金溪兩座縣城。十二日，江忠朝等部相繼克複崇仁、宜黃兩縣，江西東路太平軍勢力漸趨衰微。
七月十三日，曾國藩下令裁撤湘軍二萬五千人，留一萬人駐守金陵，另派一萬五千人由劉連捷、朱洪章、朱南桂等統領，作為安徽南北遊擊部隊。同時行文湖北、湖南督撫，要求籌措補發裁撤士兵的欠餉。
七月十六日，曾國藩專折上奏，叩謝朝廷封侯之恩，並呈繳繳獲的三方太平軍金印、玉印，送交軍機處備案。
七月十七日，曾國藩巡視江南貢院，委派官員進行修繕。釋出告示勸導百姓恢複生計，並製定金陵房產管理章程，共計八條。
七月二十日，曾國藩緊急上奏：福建陸路提督蕭孚泗接到喪報需回鄉守製，請求解除職務。另上奏摺為一等子爵李臣典病故請求撫卹，並附李臣典戰功清單呈報皇帝禦覽，建議在江西吉安府及安慶、金陵三地為其建立專祠。隨奏附片說明：李秀成已處決，未能押送京城；洪秀全屍身被戮屍焚化，未能傳首各省示眾。
另附奏片舉薦金陵各軍將領熊登武、朱南桂、張詩日、伍維壽、朱洪章均具備獨當一麵的才能，請求朝廷依次授予提督、總兵實職。現駐守寧國的總兵劉鬆山亦能獨當一麵，實為後起之將才。
另附奏片陳述：近年來隻見增兵，不見裁撤，無論軍餉取自何省，消耗的都是百姓的血汗，損耗的都是國家的元氣。先前因賊勢猖獗，不得已增兵以解燃眉之急。如今大局初定，已與臣弟曾國荃商議決定，將金陵駐軍裁撤半數；鎮江馮子材所部，全部裁撤；揚州富明阿一軍，暫時難以立即裁撤。
戰事持續日久，將士們普遍厭倦軍旅生涯，隻要欠餉問題得以解決，應當不會引發其他事端。同時奏明曾國荃在攻克金陵後因過度勞累而病倒，現暫留金陵調養並處理善後事宜。“臣近日將返回安慶一次，部署長江上遊軍務。待江西戰事取得進展，即由楊嶽斌主筆會銜上奏。”
曾國藩上奏後乘船西行。七月二十五日，船停泊銅陵夾時，行文廣東督撫停止征收厘金，改由本省自行收取。委派錢鼎銘、丁日昌等人辦理上海捐輸事務，並分撥淞滬厘金以補充軍餉。
鮑超所部收複南豐縣，繼而攻克新城縣，招降數萬敵軍。殘餘叛軍向南逃竄，導致南安、贛州、寧都三郡戒嚴，戰火逐漸蔓延至福建、廣東邊境。
七月二十七日，李鴻章、左宗棠聯軍攻克湖州府城。
七月二十八日，曾國藩乘船抵達安慶。
七月二十九日，曾國藩緊急上奏關於廣東厘金一事：兩年來廣東厘金對軍餉供應幫助極大，臣內心深感不安，如同揹負重債！懇請皇上降旨，命廣東督撫截至本年八月停止解送厘金。並請按照一百二十萬兩的數額，永久增加廣東省鄉試文武舉人中額四名，以表彰粵人急公好義之舉。另附奏片稱：湘勇最初招募時，多選擇本鄉有產業的農民，無業遊民較少，隻要欠餉問題得到解決，應當能順利遣散回鄉。
昨日接奉諭旨，其中提到挑補綠營額兵一事，臣擔心湖南百姓必定不願填補三江綠營兵額。臣認為湘勇應遣返原籍，綠營兵則另行招募本地人，各歸其本，方能長久施行。至於諭旨要求查明天王洪福瑱（洪天貴福）確切下落一事，待查明後再行續奏。另附奏片補送李秀成供詞。又附片奏報軍情：江西官軍士氣大振，無需增派援軍；目前擔憂的是皖南廣德與皖北英山、霍山一帶。現陳國瑞進剿麻城，英翰進駐商城，蔣凝學進駐英山，李榕調防桐城，防禦部署尚屬周密，唯缺精銳主力部隊予以徹底清剿。
當日，曾國藩上奏結案，處理周汝筠、石昌猷一案。
左宗棠率軍攻克安吉縣城，至此浙江全境平定。李鴻章派遣劉銘傳部收複廣德州城，殘餘叛軍挾持洪福瑱逃往寧國山區。
本月，僧格林沁率軍由河南進入湖北，剿滅太平軍、撚軍等各部，取得勝利。
八月初一日，湖州、廣德一帶的太平軍殘部流竄至徽州南部，劉鬆山率軍截擊，將其擊敗。
八月初三日，左宗棠在昌化、淳安一帶截擊流竄的太平軍，大獲全勝，斬殺太平軍將領黃文金。
八月初七日，唐義訓、易開俊在歙縣南部截擊流竄的太平軍，取得勝利。八月初九日，易開俊再次率軍進攻太平軍，大敗敵軍。
八月十三日，曾國藩緊急上奏，就欽奉諭旨逐條回覆：第一，江寧省城（南京）被太平軍占據時間最長，百姓流離失所尚未返鄉，現委派記名按察使黃潤昌立即修建貢院，以便吸引學子聚集，商民也能逐漸迴歸。第二，駐防八旗軍營待貢院完工後依次修繕。現存旗兵八百餘人，待營房初步修整完畢，再商議補充兵額。
第三，關於蘇皖兩省疆界跨越長江、淮河的問題，禦史陳廷經曾建議調整行政區劃。臣認為地方軍政事務的興廢關鍵在於官員是否賢能，不必輕易更改既定製度。第四，楊嶽斌應赴陝西就任新職，江西軍務可交由鮑超負責北路，劉典、席寶田、王文瑞、江忠朝等將領分剿南路，無需另派大員督辦。
第五，皖北局勢緊張，已緊急催促劉連捷等部渡江增援防剿。以上共五條事項。另附奏片舉薦道員龐際雲代理江寧鹽巡道一職，仍負責善後局事務。同時上摺奏請表彰攻克金陵的陸軍有功人員，列名單請朝廷嘉獎。陣亡、傷亡及病故將士共五百零一人，列名單請予撫卹。
另附奏片陳明：臣自擔任兩江總督統兵東征以來，曆年奏請保舉的案卷累計已達二十二件。因軍務繁忙，未能逐一詳加考覈。懇請朝廷敕令兵部，對臣所呈報的保舉名單，均按原單內容統一登記備案。
另附密片奏報：如今大功初成，臣兄弟及前後文武官員均蒙受朝廷特殊恩典。追憶當年患難與共的同僚，其中在世者如李元度一人，仍懷失意之感；已故者如江忠源、何桂珍、劉騰鴻、畢金科四人，臣心中皆有未儘之憾。現謹略述一二，懇請聖上施恩。
十四日，易開俊率部追擊流竄敵軍，將其擊潰。十六日，唐義訓、金國琛繼續追剿殘敵，再獲勝利。殘餘叛軍挾持洪福瑱逃往江西廣信境內，浙江官軍繼續追擊。
十七日，專程呈遞安徽全省地圖及《長江圖說》折本，奏稱：知府劉翰清、縣丞方駿謨學識淵博辦事精細，臣特派此二人實地勘測精心繪製，現已裝訂成冊，恭請皇上禦覽。
叛軍圍攻英山縣，蔣凝學率部堅守並擊退敵軍。劉連捷、朱洪章、朱南桂率領湘軍一萬餘人渡江北上。曾國藩調派湘軍從桐城進軍剿滅英山之敵，同時派遣李榕、王司升、何紹彩等部八千人，由六安進軍增援霍山。
二十七日，緊急上折代奏：臣弟曾國荃病情日益加重，懇請準予免職回原籍調養。另上摺奏報湖州、廣德敗退之敵進犯歙縣南部，官軍截擊屢獲勝利，陣亡參將唐遠請予撫卹。附片奏稱：長江水師新定章程，應責成彭玉麟全麵巡察，統籌各項事務。安慶善後事宜，已行文令佈政使馬新貽、按察使何璟、總兵喻吉三協同妥善辦理。另附片奏報江西、皖北軍情，調兵剿辦，並呈報定期啟程，駐紮江寧舊治。又上奏請求暫停淮北餉鹽、恢複票鹽舊製一折。
本月，楊嶽斌前往贛州督師防剿，王文瑞率軍收複雩都縣城。
九月初一日，曾國藩從安慶乘船啟程前往金陵。
初八日，船抵金陵，黃潤昌監督修建的貢院工程竣工。初九日，曾國藩入城巡視貢院工程。初十日，正式入住官署。
覈定安徽全省地丁漕糧征收章程。當日接到上諭：“曾國藩統兵多年，收複江寧省城，功勳卓著，朝廷深為倚重。然而他櫛風沐雨，曆儘艱辛，以致病情日益加重。若不允其所請，不足以體現朝廷體恤之意！現已明發諭旨，準曾國荃開缺回籍調養，並賞賜人蔘六兩以供調理。該巡撫當安心靜養，善自保重，待病癒後即刻進京覲見，以備朝廷任用。所有江寧善後事宜，即命曾國藩速赴江寧，審時度勢，妥善籌辦。欽此。”
同日接到上諭：“浙江巡撫一職由馬新貽補授。英翰補授安徽佈政使。安徽按察使由何景補授。欽此。”
十一日，緊急上奏摺稱江南貢院修建工程已竣工，已通令所屬各地張貼告示，定於十一月舉行鄉試。兩江地區士子聞訊深受鼓舞，流亡者紛紛返鄉，商賈聚集，懇請皇上選派考官。附片奏稱：已行文令江西佈政使司趕製江南鄉試朱墨卷各一萬八千套，限期運抵金陵。另附片奏稱：已調佈政使萬啟琛同駐江寧，鹽運使忠廉由泰州移駐揚州。
湖北境內的太平軍和撚軍大舉圍攻英山縣城。蔣凝學率部堅守，敵軍撤退。其中一股敵軍轉向太湖方向。劉連捷等部軍隊抵達太湖時，敵軍已全部退回湖北蘄水、羅田一帶。曾國藩下令調派朱南桂、朱洪章兩部駐守宿鬆、太湖，劉連捷部駐守安慶。
二十日，曾國藩的弟弟曾國荃奉旨前往明孝陵舉行祭奠儀式。
江西、浙江兩省官軍在廣信府境內聯合追擊流竄的太平軍殘部，取得大捷。太平天國幼天王洪福瑱逃往石城。江西東部地區至此完全平定。
二十五日，席寶田率部追擊並擒獲幼天王洪福瑱，將其押送南昌處決。
二十六日，正式設立發審局。
二十七日，緊急上奏摺報告官軍已將敵軍驅逐出境，安徽全境徹底肅清。隨摺奏請嘉獎易開俊、唐義訓、劉鬆山、金國琛四位將領。另上奏摺繼續保舉彭玉麟水軍、王可升陸軍以及在青陽、溧水、高淳、東壩各戰役中表現突出的官兵，並附名單請求封賞。又上奏繼續保舉江忠義、席寶田兩軍在青陽戰役中表現優異的官兵，附名單請求封賞。當日還上奏摺稱：安徽與湖北接壤，自湖北軍隊入境以來，接連收複州縣，按畝征收捐錢以供應軍需，百姓負擔沉重。安慶收複後，已停止畝捐，改為抵征。現正下令全麵恢複地丁漕糧征收，此前征收的抵征款項應專案列入正式報銷。
二十八日，正式委派鄉試內外場各職司官員。
本月，鮑超率軍在寧都州城外大敗太平軍，成功解除州城之圍。潰敗的太平軍殘部逃往福建、廣東境內。至此江西全省宣告平定。左宗棠奉旨晉封一等伯爵，鮑超晉封一等子爵。楊嶽斌從贛州返回南昌省城，上奏請求回湖南增募陸軍勇營，準備赴甘肅剿滅回民起義軍。
逃往廣東的太平軍攻打南雄州；竄入福建的太平軍攻陷武平縣城，張運蘭在此戰中陣亡。隨後太平軍四處侵擾汀州所屬地區，並攻占漳州府城據守。
湖北境內的太平軍和撚軍大舉圍攻蘄水官軍營盤，石清吉在此戰中陣亡。
十月初一，曾國藩的弟弟曾國荃乘船返回湖南，曾國藩送行至采石磯後返回。十月初四，曾國藩回到官署。
初五日，曾國藩專程上奏摺，感謝朝廷批準其弟曾國荃開缺的恩旨，同時上奏感謝朝廷對其弟曾國華、曾貞乾追加賞賜的恩典。
初七日，曾國藩在總督衙門主持書吏考覈。
李鴻章派員解送上海協餉銀十七萬兩到營，用於補發江西、安徽各路湘軍拖欠的軍餉。曾國藩決定裁撤湘勇，裁減比例達十之八九。
十二日，曾國藩上奏摺代提督鮑超請假六個月，準其速回四川原籍辦理父母喪事並調養傷病，同時命令其部將宋國永、婁雲慶分彆統領霆字營部隊。另附片奏報金陵遣散湘勇後，士兵陸續返回原籍，沿途秩序良好。同時報告安徽、湖北軍情，已調派劉連捷等部赴湖北增援剿匪；調易開俊部渡江北上，與李榕、王可升等部共同擔任後路策應部隊。又上奏呈報第十九批忠義事蹟采訪結果。附片奏請：為在壽州殉難的安慶通判達淩阿請求撫卹，併爲蘇州從九品官員蔣映杓、訓導梅振鑣及其家屬十一人請求撫卹。
十三日，接到皇帝諭旨：“現今江寧已徹底平定，軍務基本結束，著令曾國藩酌情率領所部軍隊，立即前往安徽、湖北交界處督軍剿匪，務必迅速行動，不得延誤。李鴻章即刻前往江寧，暫時代理兩江總督職務。江蘇巡撫一職由吳棠暫行代理。欽此。”
十七日，李鴻章抵達金陵麵見曾國藩。二人商議裁撤湘軍、啟用淮軍等事宜。隨即下令調遣劉銘傳、李鴻章等率領淮軍渡江北上，增援安徽、湖北戰場。
十九日，接到皇帝諭旨：“曾國藩所奏提督鮑超遵照先前旨意請假回鄉安葬親人的摺子，朝廷已明發諭旨，準予兩個月假期回鄉辦理喪事。現今甘肅軍務尚未結束，新疆回民叛亂日益擴大，若非鮑超這樣智勇超群的將領前往剿辦，恐難迅速扭轉局勢。著令曾國藩向鮑超傳旨，命其假期結束後立即從四川啟程，率軍出關剿辦回民叛亂。朝廷準許鮑超酌情上奏調遣舊部將士及得力將領隨同出征。先前平定回疆之役，楊遇春作為四川籍將領，在邊疆立下赫赫戰功，名垂青史。鮑超務必統領各軍肅清西部邊陲，威震萬裡，與前賢功業交相輝映。該提督素來忠勇，接旨後定當立即遵行，不負朝廷重托。欽此。”
二十二日，曾國藩上奏摺，表示遵旨趕赴安徽、湖北交界處督軍剿匪。他在奏摺中稱：臣帶兵十年，從未親臨前線作戰，自認為臨陣指揮並非所長。此次計劃仍駐紮安慶、六安等地，派遣劉連捷等部進入湖北，聽候官文調遣。同時調派兩支淮軍隨臣西進，以增強戰力。另附奏片，懇切陳述自己纔能有限、精力不濟，難以勝任如此重任。
湘軍長期征戰，已成強弩之末，不如淮軍士氣正盛。待安徽、湖北平定後，臣即請辭各項職務，調養病體，但仍願繼續效力軍務，處理善後事宜。諸如軍餉報銷、遣散湘勇欠餉、安置降將部眾、部署長江水師防務等，都是臣分內應辦之事！另上奏摺請求在江寧省城建立昭忠祠，集中祭祀湘軍陣亡及病故將士。附片奏請將廣東、江西厘金全數交由本省征收，僅保留饒州、景德鎮厘金的一半，撥解祁門糧台，作為皖南五軍的軍餉。
二十五日，曾國藩撰寫《修治金陵城垣缺口碑記》一文，並將石碑豎立在龍膊子山下官軍攻入金陵的缺口處。
二十七日，上奏彙報淮南地區征收鹽稅第一案的辦理情況。
同月，僧格林沁親王率軍大敗敵軍。官文、喬鬆年調派各軍圍剿，招撫數萬降眾，殘餘叛軍逃竄至德安一帶。
廣東叛軍攻陷嘉應州城和大埔縣城，與福建汀州、漳州的賊寇連成一片，蔓延數百裡。左宗棠移駐衢州，調派劉典等部分路進入福建進剿。朝廷任命劉琨為江南鄉試主考官，平步青為副考官。
十一月初一日，派遣官員選址修建昭忠祠和靖毅公祠。設立工程局，委派官員監督施工，逐步修複學宮及各類祭祀祠廟。
初三日，正式移交兩江總督印信。
初五日，接到聖旨：“安徽省境內已全部平定，湖北境內殘餘賊寇由黃州、孝感逃竄至德安一帶，所剩人數不多，湖北現有兵力足以剿滅。曾國藩不必前往安慶，也無需移交總督印信，仍駐守金陵，妥善調度軍務。李鴻章目前正在貢院主持鄉試監考，待考試結束後，仍回江蘇巡撫原任。欽此。”
初六日，前往貢院迎接主考官進入考場。
初八日，尋獲前任兩江總督陸建瀛的遺骸，更換棺木重新入殮，曾國藩親自出城弔唁並致祭。
初十日，撰寫《家訓四條》。
十七日，李鴻章派員送來兩江總督印信，曾國藩正式接收官印，恢複總督職務。
十八日，曾國藩緊急上奏，彙報已移交總督印信並遵旨回任的日期。他在奏摺中提出：湖北、河南、安徽三省均為撚軍頻繁活動的區域，劉連捷等部應駐紮在黃州上巴河作為大本營，由吳坤修負責營務；劉銘傳等部應駐紮在三河尖、固始一帶，由李鶴章管理營務。
同時，他另上奏摺，請求對攻克金陵的水陸各軍及隨營籌餉的官員進行嘉獎，並附上請獎名單。
此外，他附片奏請朝廷下令工部鑄造新的淮揚鎮總兵印信，並頒發至軍營。
又附片奏報國子監典籍錢繼文此前在金陵殉難，請求予以撫卹。
二十二日，主持江南地區拔貢和優貢的聯合考試。
十二月初三日，馬新貽途經金陵拜見曾國藩，隨後赴浙江就任。
初六日，李鴻章返回蘇州。
十三日，上奏回覆近期接到的多道諭旨，逐條陳述如下：
第一，前明孝陵的修繕工程因目前缺乏足夠資金，應暫緩辦理；
第二，李秀成的供詞此前有所刪節，現補錄完整版本呈報；
第三，張國慶（疑為張樂行）的遺骸尚未尋獲；
第四，江北糧台每月稅收僅五萬兩左右，需酌情分配部分解送甘肅，其餘留作安徽軍餉；
第五，池州知府範先謨調至省城接受考察。
以上共計五條事項。
同日，另附奏片保舉四品京堂胡大任，請朝廷予以任用。又附片奏請雲南迤東道黃冕開缺離職。再附片奏報知府範泰亨、主事柯铖均在軍營積勞病故，請求撫卹。
同日，還上奏回覆禦史劉毓楠關於淮北鹽務的條陳，並附片請求延期舉行江南武鄉試。
十五日，鄉試結果公佈，曾國藩親臨考場加蓋官印放榜，共錄取舉人二百七十三名。
二十八日，上奏回覆近期諭旨，分條陳述如下：
第一，剿滅撚軍宜用淮軍，因地勢相宜，淮軍所用火器需經水路運至河南，以周家口為集散地；
第二，西路軍務應先平定甘肅，再進軍關外，楚軍距甘肅過遠，不如川軍便利，宜選用川北保寧、龍安兩府兵勇，其習性與甘肅較為接近，但臣處軍餉匱乏，無力接濟鮑超部隊；
第三，楚軍須大幅裁撤，金陵守軍已裁減七千人，朱品隆、唐義訓、劉連捷等部應立即裁撤，以節省軍餉供給西征部隊。
以上共計三條。
同日，另附奏片陳述何桂珍、劉騰鴻、畢金科三人的忠勇事蹟，請求朝廷賜予諡號以表彰其功績。
同日，又上奏摺請求免除安徽各州縣的錢糧雜稅，並附上清單詳細列明各州縣收複時間及受戰亂影響程度。
另附奏片稱：金壇、溧陽、丹陽、宜興、荊溪五縣遭受賊軍蹂躪最為嚴重，請求豁免兩年錢糧漕糧。
再附奏片呈遞江南鄉試錄取名單。
這年冬天，撚軍從湖北襄陽流竄侵擾河南境內，僧格林沁親王率軍追擊，接連取得勝利，但賊寇來去如風難以遏製。
福建境內的賊寇盤踞漳州，左宗棠率軍進入福建展開圍剿。