臣所率軍隊自嶽州東下時，水陸兩軍萬餘人合為一路。如今卻分調成四、五支兵力，麾下得力將領如塔齊布中途病逝，羅澤南、楊載福分兵馳援湖北，無法合兵作戰。因此長期困守一隅，未能肅清賊寇。臣內心焦灼，愧疚惶恐難以言表！江西西路四府，賊寇蹤跡遍佈，時值冬春枯水季節，贛江處處可涉水而過。賊寇又在上遊劫掠民船，兼造小艇，有東犯撫州、進逼省城之勢。臣已嚴令彭玉麟、劉於潯率戰船往來截擊，並命周鳳山所部駐紮樟樹鎮，與水師戰船全力扼守要衝。
十八日，青山陸營出兵在九江與敵軍交戰，取得勝利。
二十二日，曾國藩緊急上奏，報告周鳳山部分兵力雖遭小挫，但隨即以全軍出擊取得大勝。水師在樟樹鎮連續三次擊敗敵軍。奏摺附片中彙報了青山陸營同知林源恩、都司黃虎臣等率軍擊敗敵軍的事蹟，請求提拔嘉獎數人，待戰後統一保舉。又奏稱：楚軍在江西境內每月需軍餉六萬餘兩，而收入來源主要有三項：一是調撥漕糧折銀，二是督辦捐輸籌餉，三是借運浙江鹽稅。
如今賊寇主力儘集江西，漕糧折銀難以征收，捐輸籌餉無法辦理，鹽引無處銷售，餉源儘斷，我軍已陷入困境。經查江蘇上海縣商賈雲集，懇請皇上降旨，命該省督撫轉令道府官員在上海抽取厘金，撥解至臣軍營，專供楚軍使用。如此臣軍可免斷糧潰散之危，得以專心籌劃戰守，不必再因請餉之事屢次煩擾聖聽。臣去年曾奏請借運鹽稅充餉，待鹽引運抵江西時，正值賊勢猖獗，無法銷售。江西與兩湖之間，文書傳遞受阻，已數月不通訊息。
賊軍圍攻吉安，外援遲遲未至。贛州周汝筠部前來增援，在泰和被賊軍阻截，無法前進。文俊派遮克敦布率兵馳援，行至樂安。二十五日，吉安府城失守，周玉衡（諡貞恪）等人殉難。文俊於是命遮克敦布駐軍樂安，扼守撫州、建昌要道。
二十九日，青山營水師在姑塘與賊軍交戰，損失戰船六艘。
二月初五日，接到上諭：“文俊剛剛到任，對該省地形和軍情尚不熟悉。如今正值萬分棘手之時，倘若部署稍有疏漏，難免貽誤大局。曾國藩自抵達江西以來，時日已久，對賊情深為瞭解。眼下江西匪患幾乎蔓延全省，既不能處處調兵，又不能顧此失彼，自應選擇最緊要之處先行攻剿。著令曾國藩與文俊迅速妥善商議，務必統籌全域性。不可徒然虛張聲勢，也不可隻顧一處。軍情變幻無常，關乎大局，應從何處著手，身在軍中之人必能把握要領。該侍郎與該巡撫權衡機宜後，即刻聯名上奏，以慰朕心。欽此。”
賊軍攻陷吉安後，大股東竄，江西官軍在樂安潰敗。賊軍進犯撫州、建昌，所屬城池大多失守。十四日，賊軍進攻樟樹營，被周鳳山擊退。十七日，賊軍大舉進攻營壘，周鳳山率軍出擊，遭遇挫敗。十八日，周鳳山再次率軍出戰，大敗潰退，營壘全部陷落，兵勇潰散逃回南昌省城，城內人心大亂，百姓爭相奪門逃命，無法製止，甚至有人因踩踏而死。曾國藩立即乘船趕赴南昌，途中聞報軍情緊急，急調青山陸營馳援南昌，命水師退守吳城鎮，又令李元度部從饒州繞道回師，進剿撫州之賊。二十日，曾國藩抵達南昌，收攏潰散兵勇暫時代為統領，籌備城防，安撫居民，人心稍定。
當時從鄂渚以南直至梅嶺，賊軍蹤跡綿延千餘裡，號稱數十萬之眾。曾國藩派遣兵勇攜帶密函前往湖南求援，但大多被賊軍截殺，未能送達。湖南巡撫駱秉章派遣劉長佑、蕭啟江等人招募兵勇分路馳援。劉長佑率軍從醴陵攻克萍鄉，蕭啟江率軍從瀏陽進攻萬載。他們都招募敢死之士，攜帶文書，秘密潛行前往南昌，曆經旬月才最終抵達。
曾國藩與文俊共同商議軍務，意見十分一致。二十一日，聯名上奏摺陳述各路堵剿情況，並回覆皇帝垂詢事項。奏摺稱：江西全省被贛江一分為二，其中樟樹鎮最為關鍵要地。石達開長期盤踞臨江，其精銳部隊必聚集於此，企圖切斷我軍外圍，圍困省會南昌。至於德安縣城被賊軍占據，乃是湖北新到的匪部，隨後又竄入武寧，與石達開部會合。周汝筠部未能救援吉安，現擬令其退守贛州。
贛州地勢險要，自古為兵家必爭之地。若此處有失，兩廣、湖南的賊匪都將以贛州為據點，後患無窮。懇請皇上降旨，命兩廣總督、巡撫速派數千兵勇赴贛州，協同防守，保住這一重鎮，以顧全大局。又奏稱江西賊勢日益猖獗，形勢危急，請旨命湖北巡撫速令羅澤南部日夜兼程來江西增援剿匪。另奏江西軍餉緊缺，請旨命兩江總督、巡撫從上海關稅中借撥十萬兩白銀，火速解送江西，以解燃眉之急。又附片奏報：臣曾國藩乘輕舟趕赴省城，途中聽聞周鳳山全軍潰敗的警報，立即調遣湖口、青山的水陸各營回防省城，以固守根本。
曾國藩又專門上摺奏謝皇帝年終賞賜的福字、荷包等物。同時上奏請求為捐輸實職的官員頒發吏部執照。另附片奏稱：佈政使司銜羅澤南、鹽運使司銜李續賓經湖北巡撫胡林翼奏請，蒙皇上特旨恩準授予二品、三品封典。臣所統水陸各營將弁中奮勇出力卻尚未補授實缺者，實在為數不少。
懇請依照羅澤南、李續賓的先例，允許臣擇優按照晉升品級，谘請封典，以示激勵。另附片奏報水師在姑塘小敗，請求將營官陳炳元、劉國斌參劾處分，陣亡勇弁周華堂請予撫卹。又奏稱：知府李瀚章、知縣黎福疇、張秉鈞三員在軍營中接到喪報需丁憂守製，但該員等經辦臣軍糧台事務，實為得力熟手，仍請留營當差。
二十二日，賊軍攻陷撫州府。二十九日，又攻陷建昌府，並分兵從安仁、萬年竄入徽州境內。李元度率領平江勇從湖口拔營趕赴饒州，與耆齡會合駐守。曾國藩調回青山各軍後，南康府也被賊軍攻占。此時統計，賊軍已攻陷江西八座府城、五十餘座州縣城池。賊軍多次分兵，向南進犯贛州，向東騷擾廣信。公文傳遞、糧餉運輸僅剩廣饒一路尚可通行，但也時常出現賊軍蹤跡。
三月初一日，曾國藩上奏報告周鳳山陸軍在樟樹鎮戰敗情況，請求將副將周鳳山革職，營官嶽炳榮、黃玉芳分彆參劾革職，並自請交吏部議處。陣亡官員馬丕慶、杯長春、李清華請求撫卹。另附片奏稱：廣信府是奏報進京和江浙轉運軍餉的要道，一旦有失，四麵交通都將受阻。現調李元度部由饒州繞道返回，進剿撫州，以保全廣信。
去年駐守九江、湖口的水陸軍隊萬餘人，如今已全部撤入江西內地。前功儘棄，回想起來令人痛心，但除此之外也彆無良策。廣東增援贛州的部隊，懇請皇上再次下旨催促其速來江西，並命浙江、福建總督巡撫嚴防賊匪流竄。曾國藩在南昌孤立危急之際，每次奏報軍情都以贛州、廣信為當務之急。後來戰局得以扭轉，也正有賴於這兩座城池的堅守。
初二日，太平軍進犯吳城鎮，被水師擊退。初四日，彭玉麟前往吳城水營指揮防剿，分派水師駐紮饒州南河。曾國藩又調派戰船分彆駐守省河及市汊，扼守要道。同時與巡撫文俊商議，調派駐守省城的平江勇二千人，委派候選知府鄧輔綸、同知林源恩率領進攻撫州，另派周鳳山、畢金科等帶兵協同作戰。鄧輔綸乃按察使鄧仁坤之子。羅澤南在武昌攻城未果，親自督戰時受傷，初八日卒於洪山大營。胡林翼奏請派李續賓接掌湘軍指揮權。
曾國藩回到省城後，重新整編陸軍，裁汰冗員並加強訓練，每日親自巡視操場。不久後移駐軍營，即便在軍民惶恐不安之時，仍保持從容鎮定。他時常以吟詩作文自娛，即便軍情緊急、文書往來頻繁之際，也不中斷詩文創作。為教導將士，他創作了《陸師得勝歌》和《水師得勝歌》，對戰守技藝、紮營佈陣等軍事要領闡述詳儘，官兵們爭相傳誦。
十一日，鄧輔綸、林源恩率軍在羅溪與太平軍交戰。十二日，清軍收複進賢縣城。彭玉麟在吳城擊退來犯之敵。十四日，水師在塗家埠大敗太平軍。
二十日，李元度率軍攻克東鄉縣城。二十二日，鄧輔綸、周鳳山等部在東鄉會師。曾國藩派都司黃虎臣率三營兵力前往吳城鎮與水師會合。二十三日，清軍收複建昌縣城。撫州太平軍進攻東鄉，被李元度、林源恩等部擊退。二十四日，黃虎臣率軍返回南昌。二十五日，李元度等部進駐江橋，準備進攻撫州。
二十六日，曾國藩緊急上奏，彙報陸軍平江營在湖口羅溪取得勝仗並收複進賢縣城的戰況。同時奏報吳城水師三戰三捷及水師在各處佈防的情況。又奏報湖南援軍劉長佑等部收複萍鄉的戰績。另附片奏稱，太平軍主力已分兵竄至徽州、婺源一帶，江西境內敵軍勢力有所分散，剿辦起來較為容易。還附片說明正月二十一日所上奏摺未收到批覆，推測是因戰事緊急導致奏摺在途中遺失，請求軍機處抄錄原折寄交軍營。又專門上摺奏請獎賞樟樹、新淦兩戰中有功的水軍官兵，並附名單請獎。至於陸軍後來潰敗致使前功儘棄，決定不予保奏，以示懲戒。
文俊多次上疏請求增派援軍，湖北、廣東、福建、浙江各省督撫都接到朝廷諭旨，要求調派兵勇前往江西支援剿匪。江西戰事剛告急時，眾人建議調羅澤南的部隊回援。曾國藩致信胡林翼和羅澤南，認為東南大局應當力爭上遊，希望儘快攻克武漢，使水陸兩軍能順江東下，不願讓羅澤南部在崇陽、通城一帶疲於奔命去支援瑞州、臨江。後來戰事吃緊，才采納眾人建議，上奏請求調羅澤南的湘軍回援江西，但此時羅澤南已經陣亡。
曾國藩的弟弟曾國華奉父親曾麟書（竹亭公）之命，前往湖北請求援軍。胡林翼選派知縣劉騰鴻、劉連捷率領湘勇一千五百人，同知吳坤修率領彪勇七百人，參將普承堯率領寶勇一千四百人，交由曾國華統一指揮，前往江西支援。曾國華派勇士懷揣蠟丸密信，秘密潛行抵達南昌。曾國藩這才得知羅澤南戰死的訊息，以及湖北援軍即將到來的訊息。
二十七日，李元度、林源恩率軍進攻撫州的太平軍營壘，成功將其攻破。
四月初二日，平江軍渡過撫河，在五裡塘紮營，隨即進攻撫州城，但未能攻克。
初四日，曾國藩調派黃虎臣率領陸軍，同時派遣劉於潯指揮市汊水師進攻瑞州。初八日發起進攻，未能攻克。初九日，水師撤回市汊停泊。黃虎臣率軍進剿奉新縣的太平軍，遭遇小挫，隨後撤回南昌。與此同時，平江營連日攻打撫州，仍未攻克。
湖南援軍劉長佑等部進攻萬載縣太平軍，因敵軍主力據守未能攻克。湘軍隨後猛攻敵軍營壘，最終將其全部蕩平。二十日，劉於潯率領水師攻克豐城縣。南昌省城周邊各城此前均被太平軍攻陷，其中建昌、進賢、東鄉、豐城四縣雖經官軍收複，但太平軍仍頻繁出冇襲擾。
二十一日，曾國藩上奏報告李元度等部收複東鄉縣並攻破五座敵軍營壘、圍攻撫州的戰況，同時奏報黃虎臣等水陸兩軍收複建昌縣及進攻瑞州、奉新的戰況。另附片奏稱：此前請求調撥上海關稅銀兩的奏請已被戶部駁回，臣等不敢再行煩擾。但江西軍餉來源已枯竭，無計可施，懇請皇上仍令江蘇督撫從上海關稅中撥付十萬兩白銀以解燃眉之急。又附片奏報：吉安、袁州、臨江、瑞州、撫州、建昌等府的太平軍正在深挖壕溝，固守城池。
省城附近的各縣，也有太平軍老部眾占據城池，意圖使省城陷入孤立無援的困境。目前剿敵的策略，應當全力確保廣信、饒州通往蘇州、杭州的糧餉運輸通道；先剿滅撫州、建昌的敵軍，穩固福建、浙江的屏障。南路的贛州，必須依靠廣東的援軍；西路的吉安、袁州，必須藉助湖南的支援。懇請皇上下旨催促廣東援軍火速越過大庾嶺，保全贛州，不勝迫切期盼！另上奏江西士民請求為羅澤南建立專祠以表達敬仰之情的摺子。
二十八日，楊載福率軍火燒漢陽，幾乎全殲敵軍戰船。劉長佑率部向袁州進軍。蕭啟江攻打萬載縣。二十九日，攻克萬載縣，隨後進軍與劉長佑部會合圍攻袁州。
耆齡所部駐守饒州，敵軍多次進犯邊境，曾國藩調派都司畢金科率領千名士兵，在童子渡紮營增援。
建昌府城失陷後，知府何栻與團練首領張家駒等人招募兵勇準備收複。曾國藩派遣都司黃虎臣、彭山屺及訓導羅萱等率領三千餘名士兵，火速前往支援。
五月初一日，楊載福率領水軍沿長江順流而下清剿敵軍，擊毀並焚燒兩岸敵船，敵軍潰敗，無人敢抵抗。初三日，水軍直抵九江城外。初四日，水軍調轉船頭逆流返回湖北。曾國藩派人探知水軍在江麵取得大捷，立即發函告知湖北各營，全軍士氣為之一振。撫州城內敵軍防守更加堅固，官軍多次進攻未能攻克。建昌、臨江的敵軍分彆派出部隊增援，城內敵軍也多次出城襲擊官軍營壘，均被李元度等部擊退。
十二日，黃虎臣等率軍抵達建昌，與何栻、張家駒分兵進攻敵軍。
十三日，敵船進犯吳城，彭玉麟率軍將其擊退。
十五日，畢金科在由墩與敵軍交戰，將其擊敗。
十九日，敵軍增援撫州，李元度等率軍渡河迎擊，成功擊潰敵軍。
二十三日，曾國藩緊急上奏官軍進攻撫州戰況的奏摺，同時奏報饒州防禦戰況及畢金科在饒州取得的勝仗。奏摺中稱：畢金科作戰身先士卒，勇猛超群，軍中將士將他比作僅次於塔齊布的猛將。此次以少勝多，請求朝廷賜予勇號嘉獎。另奏報建昌地方官員和士紳組織防禦作戰，並已從省城調兵協同圍剿的奏摺。
另附奏片報告水師劉於潯部收複豐城，彭玉麟部在吳城取得勝仗，水師分駐戰略要地均表現得力，但因缺乏陸軍配合，隻能防守而無力進攻。又附片奏報：湖南援軍已抵達袁州，湖北援軍已攻克鹹寧，正向兩湖地區推進集結重兵救援，敵軍亦拚死抵抗。
我們招募了長髮的偵察兵，用蠟丸密信傳遞訊息，但隻能瞭解大致情況，無法掌握詳細軍情。浙江邊防形勢緊急，無暇商議支援江西之事，福建援軍也尚未確定是否入境。臣每每思及贛州乃兵家必爭之天險要地，若不得強援，終究恐有閃失。懇請皇上敕令兩廣總督、巡撫，火速調撥兵勇駐守贛州，此舉不僅是江西之幸，更是廣東防務的先手之策。
曾國藩此時重點關注贛州防務，但因兵力不足，已三次上疏請求增援。他又上奏稱：江西失陷城池眾多，凡負有守土之責的地方官員本應一律嚴懲，但其中確有情有可原者，如建昌府知府何栻、萬載縣知縣李吉言、宜春縣知縣錫榮，這三人雖屬失守城池的官員，但能知恥後勇、奮發有為。臣等責令他們協助辦理各項事務，若確實能儘心效力，再奏請朝廷寬免其處分。
黃虎臣等部進攻建昌未能攻克。二十八日，福建援軍抵達建昌，由副將陳上國、張從龍統領。曾國藩調派參將阿達春率部前往饒州，與耆齡、畢金科會合進行防禦作戰。曾國藩認為軍事行動最忌強攻堅城，多次告誡各營將領不要一味強攻損耗精銳。而敵軍據守城壘，也采取堅守策略企圖拖垮我軍。數月以來未有大規模戰事可記載，隻能勉力維持危局等待援軍到來。
江西學政廉兆綸上奏陳述江西軍務，彈劾按察使鄧仁堃因輿論嘩然，其子捐職知府鄧輔綸本不懂軍事，不應統領兵勇。曾國藩隨即下令撤除鄧輔綸兵權，命其返回省城。
周鳳山率部攻打撫州久攻不下，主動請求取道回湖南招募舊部以增援江西。曾國藩批覆同意。周鳳山便從建昌出發，經福建、廣東繞道返回湖南。其在撫州的部隊則交由李元度、林源恩統一管轄。
六月初二日，建昌增援的敵軍大舉來犯，都司黃虎臣戰死陣亡。
初五日，敵軍突然進攻饒州，耆齡、畢金科、阿達春的部隊均戰敗潰散，饒州府城失守。曾國藩接到警報後，緊急調遣建昌的六營兵力——彭山屺、羅萱、李大雄、胡應元等部撤回撫州，隨後又調回南昌。學政廉兆綸當時駐守河口，曾國藩又與他商議，上奏請求調遣建昌城外的官兵撤往廣信防守，而駐紮在建昌的福建援軍則未調動。
十九日，彭玉麟率水師收複南康府城。因城池荒廢難以駐守，水師隨即撤回吳城鎮停泊。
畢金科返回南昌整頓殘部後，再度率軍開赴饒州。曾國藩調派總兵居隆阿、都司林葆率部協同進剿。二十二日，畢金科等部強攻饒州，最終收複該城。
曾國藩的弟弟曾國華與總領劉騰鴻、普承堯、吳坤修等率軍攻克鹹寧、蒲圻、崇陽、通城四縣，一路轉戰前進，冒著酷暑大雨不停歇，最終進入江西境內。十八日，攻克新昌。二十四日，攻克上高。二十九日，大軍抵達瑞州城外，士氣極為高昂。曾國藩得知上高大捷的訊息後，立即調派彭山屺、李新華、滕如洪、胡應元等率領四千兵勇，先後拔營，火速奔赴瑞州接應。