二十七日，塔齊布與曾國藩在青山大營會麵，共同商討進攻敵軍的作戰方略。
七月初六日，曾國藩緊急上奏九江陸軍獲勝、水師在徐家埠取勝但湖口小敗的戰況，並奏請撫卹陣亡將領黃明魁、洪建勳、李文田。附片奏稱：九江陸營長期未能建功，麵對堅城久攻不下，徒耗軍餉。臣擬於七月與塔齊布移駐青山，渡湖東進，會剿湖口，此乃扭轉戰局之策。另附片奏：新任湖北督糧道萬啟琛現於樟樹鎮協辦鹽餉事務，請暫緩赴任。
羅澤南率領陸軍抵達義寧。初八日，在梁口擊敗敵軍。十三日，在乾坑再次擊潰敵軍。十四日，於鼇嶺雞鳴山取得大捷，殲滅敵軍六千餘人。
水師將領蕭捷三在鞋山擊敗敵軍，李元度率領平江勇渡湖向東進軍。十五日，在徐家埠與敵軍交戰並取得勝利。羅澤南率領陸軍進攻敵營，大獲全勝。十六日，成功收複義寧州城。十八日，湖南提督忠武公塔齊布在軍中去世。十九日，曾國藩緊急趕赴九江陸軍大營，悲痛哀悼，並指派副將周鳳山接管其軍隊。曾國藩親自巡視營壘，安撫穩定軍心，同時派遣副將玉山等三百名官兵護送塔齊布靈柩至南昌。
李元度率軍在文橋與敵軍交戰。二十一日，李元度率部進攻蘇官渡的敵軍，取得勝利。
二十三日，平江營與水師聯合進攻湖口，攻破敵軍多座營壘，幾乎焚燬全部敵船。水師船隊駛入長江後，仍返回青山停泊。當日，蕭捷三在戰鬥中陣亡。
平江勇進攻鐘山敵營未能攻克，仍駐紮在蘇官渡。
周鳳山指揮部隊聯合操練時，敵軍突襲營寨，被清軍奮力擊退。曾國藩坐鎮大營，再次督軍攻城，仍未攻下。
二十四日，曾國藩緊急上奏：提督塔齊布因病去世，臣已趕赴大營處理喪事，並暫代統領陸軍，安撫將士，以保全這支精銳部隊。懇請朝廷下旨，將提督塔齊布交部從優撫卹，並準許在湖南省為其建立專祠，以告慰忠魂，順應民心。附片奏稱：已派廣東羅定協副將周鳳山統領全軍，隨即取得勝仗，士氣依然高昂，暫無軍心渙散之憂。另附片奏報：義寧、湖口水陸三路戰事大捷概況，雖值名將新喪之際，但戰局仍較順利，軍威足以自振，可稍慰聖心。當日，曾國藩得知蕭捷三陣亡，立即率數百名陸軍趕赴青山，安撫水師將士。二十五日，曾國藩返回南康水營駐紮，並下令調彭玉麟來江西統領內湖水師。
二十七日，平江營在流澌橋與敵軍交戰。二十八日，在柘磯焚燬敵軍柵欄。八月初四日，敵軍進攻平江營，被擊退。
初七日，曾國藩緊急上奏，報告羅澤南陸軍在義寧連戰連捷，最終收複州城。隨奏摺保舉羅澤南、李續賓、李杏春、唐訓方、蔣益澧五人。又奏報水陸兩軍在湖口連戰告捷，湖內敵船幾乎全殲，並請求按副將規格撫卹陣亡都司蕭捷三。
羅澤南攻克義寧後，軍威震動南方。當時湖南各地都有敵軍活動，兩廣的匪徒攻陷郴州，氣焰尤為囂張。駱秉章上奏請求調湘軍回湖南剿匪。羅澤南從義寧單騎趕到南康曾國藩的船上，分析吳楚兩地的形勢。他認為當前要奪取江西、安徽，必須先收複武昌；要收複武昌，必須先肅清嶽陽、湖北之間的敵軍。於是決定率軍從崇陽、通城出發支援武漢。曾國藩采納了他的建議。
初八日，羅澤南渡湖督率平江勇進攻湖口下鐘山敵營，未能攻克。當天，水師在梅家洲與敵軍交戰，遭遇大敗，損失戰船二十一艘。當時江西境內敵軍僅剩九江、湖口兩座城池和梅家洲、下鐘山兩處營壘未被攻克，敵軍堅守難以攻破。羅澤南隨即返回南康，認為湖口的水陸官軍應當堅守陣地，不宜頻繁進攻，以免軍隊疲憊、士氣受損，應等待江漢上遊取得戰果後，再形成居高臨下之勢。曾國藩再次采納他的建議，命令水師避免輕率出戰，並抽調九江大營一千五百名寶勇交由羅澤南統率，從義寧進軍剿敵。十六日，羅澤南返回義寧軍營。
胡林翼攻打武昌未能攻克，於是決定先攻漢陽。他率軍從金口渡江，駐紮在奓山，向漢陽發起進攻。楊載福、彭玉麟率領水師進駐沌口，擊毀敵軍戰船數百艘。南岸崇陽、通城等地的敵軍進攻金口李孟群的陸營，導致陸營潰敗。德安的敵軍回援漢陽，奓山的陸營也被擊潰。隻有沌口的水師巋然不動。胡林翼判斷難以繼續進攻，便率領水軍退守新堤，以控製荊州、湘江的要道。他委派都司鮑超增募數千湘勇，作為增援部隊。同時上奏請求調羅澤南率湘軍支援湖北。此時曾國藩已命令羅澤南從義寧拔營向湖北進發。
二十一日，曾國藩緊急上奏，彙報陸軍在湖口取得勝仗而水師遭遇小挫的經過。奏摺稱：去年湖南水師在靖港、城陵磯的戰役，都因順風作戰無法及時收隊而遭挫敗。臣曾多次告誡水營不得在順風時開戰，但各營官兵輕率冒進，重蹈覆轍。請將營官吳嘉賓、秦國祿等人分彆撤職查辦，對陣亡千總葛維柱予以撫卹。另奏請調派羅澤南所部由崇陽、通城回師剿滅武漢敵軍。附片奏稱：提督塔齊布病故後，周鳳山接管全軍，表現尚屬勤勉。臣已令其專注防守，暫不主動進攻。又附片奏報已派員護送塔齊布靈柩回京。因長江航道受阻，塔齊布靈柩取道南昌經長沙、荊州北上。
曾國藩又專摺奏報安徽道員何桂珍在江北英山、蘄水、羅田等地剿匪獲勝的戰況。附片奏稱：蘄州、黃州、英山、霍山地處湖北安徽交界，匪患最為嚴重，與粵匪相互勾結。何桂珍僅率二千疲憊之師，在盜匪橫行的地區轉戰，與當地士紳百姓以信義相待。懇請下旨命何桂珍督辦皖楚交界英山、麻城等地的團練，肅清土匪，此舉對大局實有裨益。
曾國藩先前曾奏請調何桂珍所部歸入東征大營調遣，但因敵軍阻隔未能會合。何桂珍率領孤軍轉戰，曆儘艱辛屢建戰功，先後收複英山、蘄水兩城，斬殺賊首田金爵。然而軍中缺糧少餉，安徽巡撫不予接濟，隻能依靠勸捐米麥維持軍需。何桂珍多次派遣探卒冒險穿越敵境，抵達曾國藩大營求援。曾國藩詳細列舉其十餘件戰功上奏，奏請授予其團練職務，實為設法救援，但因形勢所限未能如願。
羅澤南迴到義寧軍營後，向曾國藩上書重申先前的建議。曾國藩調撥的九江寶勇部隊，由參將彭三元、都司普承堯統領，加上湘勇各營共計五千人。劉蓉在曾國藩幕府任職兩年，此時也隨羅澤南部隊前往湖北。二十七日，部隊從義寧州出發，直取通城。
彭玉麟接到曾國藩的調令後，因敵軍阻隔未能及時赴任，曾國藩便委派劉於潯暫時代理內湖水師統領職務。九月初三日，曾國藩親赴青山巡視水陸各營防務。
初五日，曾國藩駐紮在屏風水營，上奏摺保舉陸軍收複廣信、水師肅清鄱陽湖兩場戰役中的有功人員，並附名單請求嘉獎。另附奏片請求浙江巡撫補發五月以後的軍餉。又附片奏稱：羅澤南部隊距離臣營日漸遙遠，湖北巡撫胡林翼尚在江北，恐怕也會被敵軍阻隔。現擬令羅澤南自行具摺奏報軍情。
曾國藩又上奏稱：臣自抵達江西整頓水師已半年有餘，軍隊久無戰功，徒耗軍餉，請交吏部嚴加議處。至於協助臣辦理軍務、確有功勞不可埋冇者：侍郎黃讚湯督辦捐輸，全力挽救大局；南昌知府史致諤支應軍需；候補知州李瀚章辦理糧台，權衡緩急；湖南巡撫駱秉章與其幕僚同知左宗棠全力支援，接濟軍餉，照料船炮；知府彭玉麟堅守金口，堅忍不拔；主事胡大任勸捐籌餉，曆儘艱險始終不渝；知府黃冕監造火炮精良，實為難得之才。
除黃讚湯、駱秉章二人不敢冒昧請求恩賞外，其餘史致諤等官員，擬歸入義寧戰役案內，列單保奏。朝廷下諭：“曾國藩奏稱軍隊久無戰功，自請嚴加議處，並保舉勞績突出人員等語。兵部侍郎曾國藩統領水師，屢立戰功。自駐九江以來，雖未能迅速克複城池，但鄱陽湖賊匪已基本肅清。其自請嚴議之處，著加恩寬免。”
前刑部侍郎黃讚湯督辦捐輸事務，籌措軍餉尤為得力，著加恩賞戴花翎。欽此。
初六日，曾國藩渡湖前往蘇官渡巡視陸軍營地，停留兩日後返回屏風營。
羅澤南率軍進攻通城，初六日攻克該城，敵軍大敗潰逃。十四日，又攻克崇陽縣城。
二十三日，曾國藩緊急上奏羅澤南所部進剿獲勝、攻克通城戰況，併爲陣亡把總李懋勳請恤。另附片奏稱：經查湖北巡撫胡林翼駐軍嘉魚縣六溪口，與羅澤南部隊可互通軍情，此後援鄂部隊軍報改由胡林翼轉奏。又遵旨保舉堪任總兵人選，舉薦副將楊載福、周鳳山及參將彭三元三人。
湖南增援湖北的兵勇在羊樓司遭遇大敗，江忠濟（諡壯節）戰死殉國。羅澤南駐軍崇陽期間，先派李續賓等五營進剿羊樓司，繼派彭三元等營進剿濠頭堡。二十四日，賊軍大舉來犯，彭三元（諡勤勇）、李杏春等將領陣亡，部隊潰敗。二十六日，羅澤南親率大軍至羊樓司迎戰，大破賊軍。
二十七日，接到聖旨：“任命曾國藩為兵部右侍郎。因曾國藩現督辦軍務，兵部右侍郎一職暫由沈兆霖兼任。欽此。”
夏秋之際，貴州、廣西匪徒侵擾湖南西南邊境，而東北部嶽陽、湖北交界處賊勢正盛。曾國藩的弟弟曾國潢、曾國華均在鄉裡操辦團練。其弟曾國荃考取本年優貢，也參與辦理鄉團。當月，廣東匪徒從茶陵流竄至吉安境內，江西西部邊境又陷入動盪。
十月初三日，羅澤南在羊樓司大敗賊軍。十三日，胡林翼抵達羊樓司會商軍事。十七日，率軍進剿蒲圻。二十日，曾國藩上折謝恩授任兵部侍郎。同時奏報羅澤南部在濠頭堡失利、在羊樓峒獲勝的戰況，併爲陣亡參將彭三元、知府李杏春及將弁彭獻傑、蕭馥山、李光熾、劉碧山請恤。奏摺中說明：此次軍情本應由湖北省呈報，但因彭三元是臣軍中屢立戰功的將領，不應埋冇其忠勇事蹟，故仍具折上奏。另附片陳請：此前獲準在湖南省城為塔齊布建立專祠，現懇請將去年陣亡參將童添雲與彭三元一併入祠配享。
二十一日，羅澤南攻克蒲圻，乘勝追擊，士氣高昂。楊載福率水師在金口大敗賊軍。湖廣總督官文抵達德安，接任欽差大臣職務。都統西淩阿率軍猛攻德安府城，成功收複，並乘勝收複江北多座重要城鎮。官文督率各軍進逼漢陽，整編王國才、李孟群的陸營部隊統一指揮，與南岸湖北清軍形成南北夾擊之勢。
九江、湖口一帶的陸營數月來未發生大規模戰事，敵軍也未派大部隊進犯。水師駐紮在青山、屏風等沿岸，由兩營陸勇護衛。曾國藩本人駐守屏風水營，時常巡視青山、蘇官渡等營地，采取嚴密防守策略，暫不主動進攻。此時賊首石達開從湖北崇陽、通城等地糾集黨羽，竄入江西境內，攻占新昌縣。同時吉安境內的匪軍接連攻陷安福、分宜、萬載等縣，與石達開部隊會合。贛江以西地區亂民紛紛響應，聚眾達十餘萬。瑞州、臨江、袁州、吉安等地同時告急。代理巡撫陸元烺調兵救援，應接不暇，隻得抽調湖口的陸勇回援江西西部。
十一月初五日，九江的賊軍出營進犯，被周鳳山率軍擊退。初七日，湖口的賊軍出營進犯，被李元度率軍擊退。
初十日，賊軍攻陷瑞州府。十一日，又攻陷臨江府，並進犯袁州、吉安二府。四郡所轄縣城大半失守，省城南昌進入戒嚴狀態。當時江西官軍部署如下：西路由按察使周玉衡、總兵阿隆阿率軍馳援吉安；東路則由道員耆齡、遊擊遮克敦布率軍防守饒州；從湖口調回的平江勇在瑞州剿賊，但營官李錕、劉希洛戰死，部隊隨即潰散。代理巡撫陸元烺隻得再調耆齡、遮克敦布的部隊回援。
十五日，曾國藩調周鳳山的九江駐軍回防南昌，並調水師防守省城河道，另增調一營平江勇駐紮青山，以保護水師。十七日，九江賊軍進攻軍營，被周鳳山擊退。十八日，周鳳山率部拔營返回省城。二十日，湖口賊軍進犯軍營，被李元度擊退。
二十一日，曾國藩上奏謝恩，感激朝廷寬免處分。同時呈遞三份奏摺：一份報告九江、湖口陸師及青山水師交戰情況；一份陳述逆匪攻陷瑞州、臨江並逼近省城，已緊急調派周鳳山全軍及抽調水師前往堵剿；另一份則分條詳述當前軍事部署情況。
第一，江西省腹地缺乏重兵駐守，隻能先撤九江駐軍以解燃眉之急；第二，江西水軍力量薄弱，已抽調戰船前往省城河道，防止敵軍東渡；第三，計劃調羅澤南部回駐通城，既可牽製賊軍後路，又能兼顧湖北防務；第四，決定留遮克敦布部駐守東北四府，確保錢糧征收和奏報傳遞渠道暢通。同時說明自本年三月起，奏報均由湖南轉遞，現因道路阻隔，改由浙江驛站緊急呈遞。
接到聖旨：“曾國藩、陸元烺要妥善籌劃，統籌兼顧，切不可因軍情緊急而慌亂失措，徒然使軍隊疲於調遣，反給賊軍可乘之機。欽此。”又接到聖旨：“石達開所率賊眾雖多，但經羅澤南全力圍剿，已接連受挫，可見兵力不在多少，關鍵在於將領得人。曾國藩等要激勵文武官員奮勇作戰，務必剿滅這股強敵。至於九江方麵，能否有效堵截，若有疏漏，不僅江西內地堪憂，更會危及長江大局，該侍郎等務必統籌兼顧，不得顧此失彼，至關重要。欽此。”
羅澤南率軍攻克鹹寧縣，在山坡大敗賊軍，隨後會師金口，向武昌發起進攻。二十八日，清軍大破武昌城外賊軍營壘，在洪山紮營駐守。賊軍水師則進泊至沌口一帶。
三十日，賊軍攻陷袁州府城。
彭玉麟多次接到曾國藩催促調兵的文書，從衡州趕赴江西。當時賊軍勢力遍佈各地，彭玉麟化裝潛行，徒步跋涉七百餘裡，最終抵達南康。曾國藩見到他十分欣喜，立即派他率領戰船前往臨江扼守剿匪。何桂珍駐軍英山，本月被降將李兆受殺害，安徽地方官員卻未上奏請求撫卹。曾國藩聽聞此事深感痛心。
十二月初三日，九江賊軍出城襲擊青山陸營。營官林源恩、黃虎臣、胡應元等率部擊退敵軍。賊軍占據臨江後，分兵駐紮樟樹鎮。周鳳山率部返回南昌。初四日，周鳳山部進攻樟樹鎮併成功收複。劉於潯率領水師摧毀賊軍搭建的浮橋。初十日，周鳳山率陸軍進剿新淦縣城，順利攻克該城。
十二日，緊急上奏九江、湖口、青山、姑塘等地水陸交戰情況，為陣亡千總呂國恩請求撫卹。同時附奏在瑞州剿賊殉難的知縣李錕、劉希洛二人，請求追贈知府銜並給予撫卹。另附奏樟樹鎮獲勝戰況的奏片。
十九日，緊急上奏周鳳山所部會合水師收複樟樹鎮、攻克新淦縣城的戰況。同時呈遞奏摺，彙總保舉在收複義寧、進攻湖口兩場戰役中表現突出的文武官員及士兵，列明名單請求嘉獎。曾國藩每逢戰事緊急之時，必定及時獎賞有功將士，優厚撫卹傷亡人員。這兩項工作他都處理得極為細緻謹慎。因此軍心穩固，雖屢遭挫敗，士氣始終不衰。江西巡撫文俊到任履職。
賊軍進攻吉安，按察使周玉衡入城堅守，已持續一月有餘，求援十分急迫。周鳳山收複樟樹鎮、攻克新淦後，本欲率軍馳援吉安。但擔心賊軍捲土重來，便分派八百人回駐樟樹鎮，以保護水師，扼守南昌西南方向的要道。
這一年正月，江蘇巡撫吉爾杭阿率軍收覆上海縣。僧格林沁親王統率大軍全殲連鎮賊軍，生擒賊首林鳳祥，用囚車押送京城處決。黃河以北地區就此平定。二月，僧王攻克高唐州。賊軍逃竄至馮官屯，被官軍圍困。四月，官軍攻破馮官屯。山東全境平定，官軍凱旋撤回。七月，江南大營分兵攻克蕪湖縣。十月，安徽官軍收複廬州府，安徽、湖北的賊軍勢力有所削弱。吉爾杭阿率軍進攻鎮江，未能攻克。蘇州、浙江、湖北、湖南等地都在這一年開始仿效推行厘捐製度，以籌措軍餉，後來逐漸擴展到四川、兩廣地區。
鹹豐六年（丙辰年），曾國藩四十六歲。
正月，曾國藩駐守在南康水軍大營。
正月初二，敵軍進攻樟樹鎮，陸軍受挫潰敗，營官嶽炳榮退往豐城；劉於潯率領水軍攻擊敵船，將其擊潰。正月初三，周鳳山從新淦回師增援樟樹鎮，在瓦山遭遇敵軍，將其擊敗。
彭玉麟率領水師抵達樟樹鎮。初七日，水師攻擊敵軍戰船，將其擊潰。初九日，官軍進攻臨江敵軍營壘，再次取得勝利。
此前禦史蕭浚蘭上奏條陳江西軍務，曾國藩接到諭旨責問，又奉旨要求兼顧臨江戰事並嚴密扼守九江。曾國藩於是詳細複奏各路軍事情況。他在奏摺中稱：瑞州、臨江緊鄰省城，臣與巡撫文俊商議後，已命周鳳山部先剿滅臨江之敵。湖口、青山的水陸駐軍兵力極為薄弱。九江敵軍日夜窺伺。另有湖北興國土匪流竄侵擾德安縣，來去不定。我軍勉力支撐，深恐局勢崩潰。