南贛道汪報閏在春季於泰和剿匪失利，退守贛州。多隆阿、遮克敦布均率潰敗兵勇入城協助防守。敵軍多次進犯贛州城，均被擊退。五月，廣東援軍抵達贛州入城駐守。當月，官軍出城攻破敵軍營地，平定戰事，贛州解除戒嚴。
三十日，曾國藩緊急上奏撫州戰況一折，建昌府城西麵戰況一折，併爲陣亡都司黃虎臣請求撫卹。隨折保舉李大雄、胡應元、江永和三員將領。又上奏水師收複南康府城一折。另奏報饒州失守後旋即收複一折。佈政使耆齡專責饒州防務，與知府張澧翰等本應受處分，但因迅速克敵，奏請免予追究。
為陣亡將領李鶴齡、李遐齡請求撫卹。另附片奏報福建援贛部隊已抵達建昌者共二千六百人；湖北援軍已攻克新昌、上高，兩湖地區軍情聯絡得以恢複；廣東援軍已進駐贛州，當可確保這一戰略要地安全。此前敵軍四處活動，贛州、吉安、袁州、瑞州等地軍情長期無法傳至南昌，至此各地通訊逐漸恢複暢通。
太平軍進入江西後，清軍水師屢次阻擊獲勝，使其難以得逞。於是太平軍在吉安、袁州、瑞州、臨江等地趕造戰船，製造攻城器械，趁夏季河水暴漲之際，集中兵力進犯南昌。他們在瑞河口、臨河口、塘頭堎、生米司等地都設立了營壘。七月初一，太平軍戰船順流而下發動進攻，劉於潯率水師在瑞河口迎擊，成功將其擊退。
湖北援軍抵達瑞州。初二日，在城西門外紮營。初三日，攻克瑞州南城。曾國藩派軍迎接援軍時，太平軍主力進犯省河西岸，在沙井一帶修築營壘。初四日，營官羊瀛、萬泰、胡應元、李大雄、滕加洪率領五營兵勇渡河進攻，擊潰敵軍。
初五日，援軍進攻瑞州，未能攻克。水師攻打生米司的敵軍營壘，敵軍潰敗逃走。
初九日，彭山屺、李新華率軍拔營前往瑞州。瑞州城內的敵軍多次出城襲擊援軍營地，均被援軍擊退。
湖北援軍中劉騰鴻的謀略和勇略最為突出。曾國藩派彭山屺、羊瀛等率領四千兵勇，委任彭山屺總理營務，又命訓導羅萱兼管各營事務。十五日，部隊抵達瑞州與援軍會合。曾國藩命羅萱與劉騰鴻合為一營，以聯合江西、湖北兩軍的力量。十七日，瑞州敵軍出城襲擊軍營，江西軍稍退，劉騰鴻、普承堯率軍將其擊退。
曾國藩的弟弟曾國華因在酷暑中行軍，病情嚴重，乘小船到南昌見曾國藩，曾國藩既感傷又欣慰。吳坤修一同到南昌領取軍餉，隨後返回瑞州。曾國藩與文俊共同籌措撥發白銀五千兩，用以犒勞援軍。曾國華留在南昌養病，十餘日後逐漸康複。
二十七日，瑞州敵軍出城襲擊軍營，湖北軍與江西軍合力將其擊退。
彭玉麟率領水師在南康攻擊敵軍，將其擊潰。劉於潯的水師在臨河口襲擊敵軍船隻，取得勝利。
二十八日，水師進攻臨河口的敵軍營壘，全部攻克。
收複饒州時，都司畢金科戰功最為卓著。佈政使耆齡上奏彈劾畢金科，曾國藩與文俊商議後調佈政使回省城任職，委派畢金科駐守饒州負責防禦和剿匪事務。
湖北援軍抵達瑞州後，新昌、上高兩縣仍被敵軍占據，吳坤修率軍收複這兩座縣城，隨後回師清剿奉新敵軍，作為援軍的機動部隊。
當月，吉安與建昌交界處出現邊錢會匪亂，他們勾結廣東流竄的太平軍殘部，聚集了一千多人，先後攻陷廣昌、南豐、新城、瀘溪等地，又流竄至貴溪縣境內。建昌府官軍分兵圍剿，但匪寇行動飄忽，難以遏製。
八月初一，大批敵軍增援瑞州，城內的敵軍也出城襲擊軍營，官軍迎戰並將其擊退。初四日，瑞州官軍進攻敵軍堡壘，成功攻破，敵軍潰逃。至此，湖北軍和江西軍的營壘才真正穩固下來。
八月初七，曾國藩緊急上奏，報告湖北援軍進攻瑞州府城，江西派兵四千前往會合，接連取得勝利，江西與湖北之間的通道逐漸打通，整個戰局出現轉機，關鍵就在於此。奏摺中保舉知縣劉騰鴻智勇雙全為全軍之冠，參將普承堯、同知吳坤修戰功卓著，請求朝廷予以嘉獎。曾國華是臣的胞弟，不敢請求獎賞。又奏報劉於潯率領水師在瑞河口、臨河口取得勝利，彭玉麟水師在南康獲勝。隨奏摺保舉劉於潯，請求賞賜花翎。
又上奏彙報進攻撫州獲勝的奏摺，並附片奏請朝廷命令山西、陝西兩省每月各籌措白銀三萬兩，調撥至江西瑞州等地，專供湖北、湖南援軍使用。另奏報虎字營哨長周萬勝私自逃回原籍，請旨飭令湖南巡撫嚴拿正法。同時奏報已遵照諭旨發函催促廣東提督昆壽速赴江南大營。並陳述：江西敵軍勢力龐大，黨羽眾多，目前官兵兵力不可謂不雄厚，作戰不可謂不艱苦，卻至今未能收複重要郡縣，扭轉整個戰局。
臣唯有堅持鎮定，力求將大事化小，以安定軍民之心。又上奏摺報告贛州府城解除戒嚴，並陳述防守與剿匪情況，這確實是江西全域性出現轉機的重要表現。同時奏請查明吉安府陣亡及殉難的文武官員，請求朝廷從優撫卹。另附奏瑞州獲勝戰況的附片。
建昌城外的官軍在新城縣設立糧台。會匪攻陷新城後，何栻率兵前往救援。此時駐守建昌的僅剩福建援軍。敵軍出城襲擊軍營，被福建援軍擊退。
江西練勇組成的廣義營，由道員石景芬等人率領，從廣信前往貴溪迎擊會匪，結果作戰失利。匪徒勢力迅速擴大，從弋陽流竄攻陷河口鎮和鉛山縣，進而進逼廣信府城。當地官吏百姓驚慌逃散，城中為之一空。代理知府沈葆楨登上城牆堅守，緊急發信向浙江總兵饒廷選求援。當時饒廷選正駐防玉山，立即率領兩千浙江兵趕來支援。十五日，浙江軍隊在廣信城外擊敗敵軍。賊寇潰敗逃竄，進入徽州境內，廣信府由此平定。
瑞州援敵雖已撤退，但城內敵軍仍不時出城襲擾，均被官軍擊退。吳坤修率軍在奉新擊敗敵軍，並分兵收複靖安、安義兩縣。曾國藩之弟曾國華病癒後，仍返回瑞州軍營。
曾國藩之弟曾國荃在長沙招募湘勇一千五百人，周鳳山抵達長沙後也募集一千七百人，由黃冕、夏廷樾統率出發。這支軍隊從南路直取吉安，成為湖南援江西的第三路部隊。當時黃冕已奉旨出任吉安府知府。
三十日，緊急上奏官軍圍攻瑞州屢獲大勝，並分兵進剿奉新，收複靖安、安義二縣。隨折保舉營務處彭山屺、羅萱，並請授萬泰、滕加洪、詹榮清、黃純珍、黃在玉七人官職。同時奏請撫卹陣亡千總黃兆麟。
又上奏摺報告邊錢會匪流竄攻陷多地，並圍攻廣信府城，經浙江援軍解圍。奏摺稱：近年來江西接連失陷數十郡縣，皆因地方官員先存棄守之心，唯獨沈葆楨堅守廣信，申明大義，有益全域性。參將榮壽、知縣楊升、千總胡再升協同固守，請分彆予以保舉嘉獎。
在新城殉難的官紳楊坤、諸葛槐、馬長葛、吳毓浚、周光裕、陳德亮、陳濟之、何彥琦八人，均請朝廷予以撫卹。何栻之妻薛氏及其三個女兒、八名仆婢全家儘節，請旨表彰。並請分彆建立祠堂、樹立牌坊，以告慰忠魂。
又上奏報告福建援軍在建昌府前後作戰獲勝情況，陣亡士兵曾瑞英請予撫卹。另附片奏報：福建軍都司玉亮在建昌軍營病故，請按陣亡例給予撫卹。又附片奏請命令湖南巡撫籌撥硝磺火藥十萬斤，迅速運往江西，以供作戰使用。再附片奏稱：臣營發審委員李沛蒼，原係何桂珍軍營差遣人員，因案革職交刑部治罪，現於營中辦事得力，懇請免其治罪，留營當差，仍令其出具詳細供詞，送安徽結案。奉上諭：“李沛蒼著準免罪，仍留江西軍營，交曾國藩差遣。欽此。”
九月初三日，曾國藩到瑞州犒勞軍隊。他巡視各營營壘時，見劉騰鴻治軍嚴整，對此大為讚賞。
九月初二日，李元度等部圍攻撫州數月，曆經大小五十餘戰，雖未能攻克，卻為江西東路十餘州縣提供了屏障，使其免遭戰禍。廣信、饒州作為連接蘇州、杭州的通道，許灣、河口等地商賈雲集，軍餉物資得以源源不斷接濟。曾國藩命令平江各營堅守陣地，並令其後撤十裡駐紮，暫緩進攻。但李元度一心想要攻下城池，未能遵從指令。當月初二日，李元度分兵進攻撫州附近縣城。
九月初四日，官軍收複宜黃縣。初九日，收複崇仁縣。撫州城內的太平軍出城襲擊官軍營壘，另有援軍侵擾東鄉並進逼撫州。十七日，官軍大營被太平軍攻破，林源恩等人戰死，李元度奮力突圍而出。崇仁方向的太平軍聲勢更盛，南昌城進入戒嚴狀態，廣信、建昌兩地均受震動。二十日，曾國藩從瑞州大營返回南昌。他發文請求留駐浙江軍隊饒廷選部防守廣信，調派李元度收攏潰散兵勇駐守貴溪以保護河口，又命吳坤修率部馳援廣信。因吳坤修被奉新當地士紳百姓挽留，最終未能成行。
九月二十七日，瑞州官軍分兵清剿南路太平軍。二十八日，太平軍出城襲擊官軍營壘，被官軍擊退。連日交戰，官軍皆取得勝利。上高縣再度失陷，知縣傅自銘戰死。
十月初四日，瑞州官軍分兵收覆上高縣。初十日，官軍返回瑞州途中遭遇太平軍，將其擊潰。
十月十一日，曾國藩緊急上奏瑞州勝仗及收覆上高縣一事，並請求對陣亡的知縣傅自銘、守備詹榮清予以撫卹。同時奏報撫州官軍被太平軍攻破的經過，指出李元度指揮失當，建議將其降為知縣任用；對殉難的同知林源恩，請求追贈道銜並按道員規格撫卹；營官唐得升、耿光宣及委員周尚桂，均請求從優撫卹。
另附奏片請求皇上降旨，命浙江巡撫行文總兵饒廷選，令其率領得勝之師繼續駐守廣信府城。臣等已行文命令李元度駐紮貴溪，如此則河口商民可恢複生計。饒廷選所部仍可隨時支援各處，此舉既不影響浙江防務，又對江西籌餉大有裨益。
另附奏片：新任吉安知府黃冕與前湖北佈政使夏廷樾在湖南籌款募勇，計劃收複吉安。被革職副將周鳳山因樟樹戰敗之恥，亦欲另募精兵掃蕩賊寇。兩軍合併後兵力更為雄厚。臣等已令其直取吉安，占據上遊有利形勢。懇請頒發部照兩千張，交由黃冕、夏廷樾辦理捐輸事宜，專供該軍使用，由臣處糧台統一覈銷。
另附奏片：江西捐輸事宜，請依照湖南章程，以一千六百文製錢摺合白銀一兩，以此激勵捐輸者踴躍捐獻，切實補充軍餉。瑞州官軍攻城未克，雖屢次截擊敵軍補給線，仍未能完全斷絕。劉騰鴻等將領督率兵勇民夫，摧毀瑞州南麵城牆，新建兩座營壘，派精兵五千人駐守；同時分調各軍多路清剿，以切斷敵軍增援。吳坤修部在奉新多次擊潰來犯之敵。
撫州戰敗後，建昌的太平軍多次出擊攻打官軍營壘，江西本地的兵勇和福建派來的援軍均被擊潰。二十五日，官軍大營失守，福建援軍副將陳上國等人戰死，張從龍率領福建殘兵退守杉關。
新淦縣再次被太平軍攻占，劉於潯率領水師重新收複該地。
本月接到上諭：“曾國藩、文俊自八月奏報瑞州、建昌勝仗後，已一個多月未見後續戰報。此前聽聞賊匪多已退回金陵，而江西失陷各府縣至今未收複一處。據江浙各省奏報，均稱金陵賊匪內亂，恐石達開在皖楚受挫後，必會竄入江西。該逆在諸賊中最為凶悍！若任其回竄江西，占據數府，煽動莠民，局勢將更難收拾。命曾國藩等趁賊寇軍心渙散之際，迅速收複數城，使其退無歸路，自不難將其逼入絕境擒獲。若一味拖延，徒耗軍力糧餉，久無戰功，縱使朕不立即追究爾等貽誤軍機之罪，爾等又有何顏麵麵對江西百姓？另聞石達開與韋昌輝不和，頗有歸順之意。若其向曾國藩請降，應如何處置，亦須預先籌劃，權衡變通，以求實效。當前首要之務仍是先收複失陷各城，使賊寇失去依托，不敢退至江西。欽此。”
十一月初一日，劉長佑、蘭啟江等率軍猛攻袁州，成功收複該城。
十三日，曾國藩之弟曾國荃與周鳳山合力攻克安福縣城，隨即向吉安發起進攻。
十七日，曾國藩緊急上奏：瑞州方麵官軍屢戰屢勝，現已新修南北兩城，全力堅守，作為西路官軍根基，確保江西與兩湖要道暢通。同時奏報吳坤修部在奉新取得勝仗，請求撫卹陣亡將領王吉昌。另呈遞奏摺稱：贛州、南安一帶匪患蔓延，官兵長期作戰漸顯疲態。贛南距省城千裡之遙，道路多被阻斷，確有難以兼顧之困，仍請增調廣東軍隊入贛協同剿匪。
又上奏建昌官軍戰敗、營壘失守、福建援軍退回本境的奏摺，為陣亡將領陳上國及殉難軍官蘇廷美、伍連青、呂文炘、丁開第請求撫卹。同時奏報湖南援軍收複袁州的戰況。另呈遞奏摺詳細陳述江西近期軍情。
上奏稱：若石達開率眾歸順投降，應令其獻城作為歸誠憑證，方為可信，不敢貪圖招撫虛名而放鬆防剿實務。目前瑞州、奉新剿匪進展順利。周鳳山所率吉安部隊堪稱勁旅。袁州新近收複，西路戰局大有轉機。水師方麵彭玉麟、劉於潯均表現突出。唯獨撫州、建昌屢遭挫敗，東路防務空虛。唯有嚴令諸將儘快收複失地，以不負聖上拯救黎民之聖意。得硃批：“爾等主張甚為妥當。剿撫固當並用，尤須先剿後撫。可審時度勢妥善處置。欽此。”
此前湖南巡撫駱秉章上奏稱侍郎曾國藩招募鄉勇屢建戰功，請增加湘鄉縣學額。江西巡撫文俊奏請保舉曾國華以同知銜選用。均獲聖旨批準。曾國藩當日即上兩折恭謝皇恩。又上奏保舉饒州、豐城等六次戰役中出力官兵，開列名單請予嘉獎。為陣亡官兵汪煥文、趙德溶、黃邦治請恤。另附片奏稱彭澤、都昌、湖口、鄱陽四縣長期陷於賊手，當地多有忠義之士堅守節操，組織團練殺賊，忠勇奮發不避艱險，請將四縣出力士紳開列名單保獎。
袁州收複後，賊軍逃竄至樟樹鎮，聚集的黨羽日益增多。劉於潯率領水師連日進攻，最終將其擊潰。
畢金科駐守饒州數月，先在泥灣擊敗賊軍，後在陶溪渡再破敵軍，又在線洲取得勝利。鄱陽境內由此肅清。
叛軍起事之初，以行動迅疾見長。去年再次攻陷武漢後，流竄侵擾江西各府州縣時，便采取修築堅固營壘、深挖壕溝的戰術圍困官軍。官兵仰攻數月未能攻克。官文、胡林翼所部進攻武漢兩城時，多次接到朝廷嚴旨催促。李續賓、楊載福率軍擊退各路增援叛軍，幾乎將其全殲，唯獨兩座城池仍未收複。
江西八府中唯有南康城叛軍數量較少，其餘各城均有數千悍匪駐守。曾國藩在軍營中終日肅穆莊重，奏章文書均親自處理，從不假手他人。更勤研典籍，吟誦詩文未曾間斷。他常說軍事變幻莫測，每當麵臨危急震撼之時，越要靜心定慮，不可倉促決斷。這正是他多年來領悟的要訣，故而能從容補救，轉危為安。
二十二日，湖北官軍水陸並進大舉進攻，一舉收複武昌、漢陽兩城，乘勝沿江東進直逼江寧。都興阿將軍統領騎兵，李續賓統領步兵，楊載福統領水軍，三軍水陸並進。沿江賊軍聞風喪膽，紛紛潰敗。二十四日攻克武昌縣，二十五日收複黃州府，隨後接連收複興國、大冶、蘄州、水四座城池。李孟群、王國才、石清吉等將領率部跟隨都興阿將軍協同作戰。
十二月，官軍攻克廣濟、黃梅。水軍直抵九江，將賊軍船隻儘數焚燬，江麵肅清。各路軍隊合力圍攻九江。李續賓率八千人馬駐紮九江城外，楊載福統領四百艘戰艦停泊江岸兩側。都興阿騎兵部隊得到副將鮑超三千六百步兵增援，扼守小池口，軍威大振。曾國藩從南昌趕赴吳城鎮巡視水師。十八日，他快馬抵達九江，犒勞各軍將士。
二十三日，曾國藩緊急上奏：湖南援軍周鳳山部攻克安福縣一事；饒州守軍畢金科等屢戰屢勝、肅清鄱陽縣境一事；江西水師劉於潯部收複新淦、在樟樹鎮連戰連捷一事。隨奏摺保舉劉於潯、蔡康業二人。又上奏保舉瑞州援軍有功將士，並附名單請求嘉獎。
為陣亡將領潘河清、李經元、咼長源、唐梅洪、李上安、彭益勝、姚長青、劉家全、吳秀山、向秀武等將士上奏請求撫卹。另附奏片稱：臣親赴九江犒勞水陸各軍，見其軍紀嚴明，將士樸實忠誠，實為不可多得的精銳之師。
懇請皇上降旨督促山西、陝西兩省，將每月協撥的軍餉解送湖北巡撫胡林翼接收，專供九江大軍使用。至於江西各府駐軍所需軍餉，另請敕令兩廣總督與廣東巡撫，每月籌措撥付白銀四萬兩，解送湖南巡撫駱秉章，由其轉撥江西各營。
夏季時，曾奉聖旨要求查辦鄧仁堃被參劾的各項罪名。當日上奏摺回覆，請求將按察使鄧仁堃交吏部從嚴議處，並詳細說明鄧輔綸帶兵的緣由。自曾國藩進駐南昌以來，所有軍務奏章均與文俊聯名上奏，但實際執筆起草均由曾國藩負責。
二十八日，曾國藩返回南昌。此時楚軍在江西東路的兵力，李元度駐守貴溪的部隊和畢金科駐守饒州的部隊，兵力較為薄弱，僅能勉強自保。而西路軍勢大振，瑞昌、德安、武寧、建昌、新喻、永寧六座縣城先後收複，劉長佑、蕭啟江等率軍向臨江府推進。南昌、袁州兩府全境已完全肅清。
九江、南康、瑞州、臨江、臨安等地所屬縣城，已收複大半。太平軍勢力日漸衰弱。湖北崇陽、通城一帶雖經官軍多次剿滅，仍被太平軍殘餘勢力盤踞騷擾。王錱招募組建的老湘營，在平定湖南南路各股匪患後，受巡撫駱秉章調遣赴湖北作戰，先後攻克通城、崇陽、通山、鹹寧等縣，徹底掃平當地匪患。
這一年三月，揚州再次失陷，托明阿、陳金綬、雷以諴均被革職。欽差大臣都統德興阿接掌江北大營，翁同書協助軍務，最終收複揚州。太平軍攻陷寧國府城，導致皖南大亂，浙江進入戒備狀態。鄧紹良率軍前往安撫平定。
四月，江蘇巡撫吉爾杭阿（諡號勇烈）戰死沙場，道員劉存厚（諡號剛湣）、副都統繃闊（諡號勇節）亦同時陣亡。
五月，江南大營被太平軍攻破，統帥向榮、張國梁率殘部退守丹陽。
六月，太平軍進犯丹陽，被張國梁率軍擊退。
七月，向榮（諡號忠武）在丹陽去世。
八月，南京城內太平軍發生內訌，首領楊秀清、韋昌輝均被殺，石達開逃往安慶。
和春奉旨接任欽差大臣，從皖北渡江接管江南大營軍務。