十八日，塔齊布率領陸軍在擂鼓台擊敗敵軍，陣斬太平軍首領曾天養。
二十一日，曾國藩緊急上奏水師失利、陸軍獲勝的戰況。奏請對陣亡的總兵陳輝龍、道員褚汝航、同知夏鑾、遊擊沙鎮邦、千總何若澧、府經曆唐嶸等人給予撫卹。同時保舉陸軍將領童添雲、周岐山、黃明魁三人，並自請交吏部嚴加議處。當時，水師營官道員李孟群之父李卿穀（諡湣肅）在湖北代理按察使任內殉難。曾國藩附片奏報李卿穀殉難情形，請求按按察使規格賜予撫卹。
同時奏稱李孟群忠勇奮發，誓為父報仇剿滅逆賊，請求將其留營效力。並請破例委任其統領水師前營，以專責成。奉上諭：“覽奏不勝憤懣！曾國藩身為水路督軍，在陳輝龍出戰時未能周密調度，足見水師軍紀渙散，即便以貽誤軍機之罪論處亦不為過。惟念曾國藩此前已被革職，此時不必再交部嚴議，仍責令其督率水師將弁奮勇作戰。”
皇帝又下諭旨：“決不可因一次受挫就畏縮不前。欽此。”同時奉上諭：“李孟群現處丁憂期間，準其繼續留在軍營，率領兵勇剿賊。欽此。”
此時城陵磯一帶仍有大批賊軍盤踞，諸殿元等將領在進攻中陣亡。二十六日，大批賊軍來犯，被羅澤南率軍奮勇擊退。二十八日，湘軍從陸路進攻賊軍營壘。二十九日，水師在城陵磯摧毀賊船，賊軍大敗潰逃。
閏七月初三日，曾國藩緊急上奏嶽州水陸官軍四戰四捷的奏摺。隨折保舉知府羅澤南、守備楊名聲、千總唐得升、李榮華四人，併爲陣亡的都司諸殿元、千總劉士宜請求撫卹。奉上諭：“塔齊布、曾國藩自統兵以來，從未因戰敗而畏怯，想必也不會因連勝而驕縱。務必在迅速行動中保持謹慎，如此方能逐步肅清湖北賊寇。欽此。”
初二日，塔齊布率領陸軍攻破敵軍十三座營壘，斬殺敵軍兩千餘人。李孟群、楊載福等率領水師用火攻焚燒敵船，乘勝追擊，徹底掃平沿江兩岸敵軍堡壘，窮追猛打二百餘裡，直至嘉魚縣境內，敵軍潰敗逃竄。曾國藩親率水軍出江，進駐螺山。
初九日，曾國藩緊急上奏水陸兩軍大獲全勝、敵軍堡壘儘數掃平、殲滅大批敵軍的奏摺，同時保舉周鳳山、李續賓、何越珽、佘星元、滕國獻、蕭捷三等六人。另附片奏請調湖北佈政使夏廷樾總理行營糧台，暫駐嶽州，負責糧餉轉運。又附片奏稱：新任四川按察使胡林翼才略過人且辦事縝密，實為軍中不可或缺之才，請旨命其統領貴州兵勇，並酌情撥調其他部隊，自成一軍隨同東征。知府羅澤南雖經江西巡撫調令赴援，但該員現統率湘勇屢建戰功，以少勝多獨守要隘，亦請準其隨軍東征，免赴江西增援。
逆賊進犯時，沿江城鎮村落皆遭蹂躪。嶽州城陵磯以下江岸修築營壘，妄圖負隅頑抗。經官軍水陸連戰告捷，乘勝追擊，賊壘儘數蕩平，百姓焚香跪道相迎。曾國藩治軍嚴明，秋毫無犯，釋放脅從，安撫傷患。大軍進抵湖北境內，與官文將軍、楊霈總督所部漸通聲氣。奉上諭：“塔齊布、曾國藩奏報水陸官軍大獲全勝，調度甚為得宜。塔齊布著交部從優議功，曾國藩賞賜三品頂戴，仍命其統率水陸各軍直取武漢，與楊霈所部會師，速清妖氛。欽此。”
駱秉章上奏稱：“東南戰局，水戰至關重要。自逆賊占據江湖船隻數以萬計，致使數省淪陷，氣焰日盛，官軍處處受製。自奉詔組建水師以來，方有湘潭、嶽州等大捷，使危局轉安，足見水陸並進之效。曾國藩所率水師船炮本就不足，交戰失利後損失頗多。現曾國藩整軍東進，統籌防剿大局，船炮最為關鍵。現命地方士紳設局捐辦船炮，既固本省防務，又供前線補給。”又奏請留胡林翼所部仍駐嶽州，所請均獲準允。
賊軍主力逃回武漢，但長江沿岸支流港汊仍有殘匪藏匿。崇陽盤踞賊眾近兩萬人，蒲圻、鹹寧等縣匪徒皆以崇陽為巢穴。曾國藩與塔齊布商議後決定分兵進剿。曾國藩親率水師清剿沿江賊船，進駐金口扼守要道。賊軍多次來犯，均被擊退。塔齊布率陸軍急赴崇陽，接連攻破賊軍關卡。二十六日，在羊樓司大敗賊軍。
賊軍敗逃，塔齊布率軍追擊，直抵崇陽。八月初四日，收複崇陽縣城。初九日，在鹹寧追擊賊軍，將其擊潰。荊州將軍官文派遣魁玉、楊昌泗等率兵五千，與金口駐軍會合，水陸並進，又在沌口大敗賊軍。曾國藩於初四日進駐嘉魚，急奏水陸官軍連戰連捷及當前剿匪部署的奏摺。朝廷批覆：“自湘潭大捷以來，你部屢戰屢勝，軍威正盛，豈可畏縮？然兵貴神速，切勿拖延對峙，以致師老兵疲，糧餉匱乏，此乃大患。塔齊布務必避免被崇陽一股賊軍牽製。欽此。”
十一日，曾國藩率軍進駐金口。
十九日，他緊急上奏收複崇陽、鹹寧大捷及水師連日作戰獲勝的奏摺，同時呈遞謝恩折，奏稱：“臣本在守喪期間，卻身著素服從軍征戰，常感愧對神明，不敢奢求朝廷封賞。今蒙聖恩嘉獎，更覺惶恐。此後湖南軍若再立戰功，無論何種褒獎，臣一概不敢接受。”
皇帝硃批批覆：“知道了，何必如此固執！你能為國忘家，鞠躬儘瘁，正是告慰亡親的最好方式。儘孝之道，莫過於此！論功行賞乃國家製度，豈能因你一人請求而更改？你的心意，朕明白，天下人也都知道。欽此。”
胡林翼率軍抵達通城後，因駱秉章奏請留駐，隨即回師駐守嶽州。
塔齊布與羅澤南從鹹寧向北進軍，在橫溝橋擊潰賊軍，隨後與曾國藩在金口會師。此時崇陽殘餘賊眾再度集結攻陷縣城。曾國藩統籌水陸各軍分兵進剿，並與塔齊布、羅澤南商議進攻武昌的作戰計劃。賊軍在城外洪山、花園兩處要道均駐有重兵，修築堅固營壘。羅澤南主動請纓攻打花園一路，塔齊布負責進攻洪山一路。二十一日，羅澤南連破九座賊軍營壘，塔齊布亦攻克洪山賊壘，水師則擊毀賊船五百餘艘。
二十二日，曾國藩緊急上奏水陸兩軍連日獲勝及進兵武漢作戰部署的奏摺。當日，水軍奮勇攻擊賊船，幾乎將其全部焚燬；陸軍攻克武漢城外所有賊軍營壘，先後殲滅賊軍萬餘人。二十三日，官軍收複武昌省城及漢陽府城，賊軍全麵潰敗。湖廣總督楊霈率軍駐紮漢陽以北，急奏武漢收複的簡要戰況。
朝廷諭旨批覆：“曾國藩等攻剿武漢的詳細戰報尚未呈遞，塔齊布所率陸路官兵此時應已與曾國藩水師會合。待楊霈抵達省城後，應會同商定，挑選精兵水陸並進繼續追剿。朕日夜期盼捷報傳來。欽此。”
二十七日，曾國藩緊急上奏水陸兩軍大獲全勝、武昌漢陽兩城同日收複的奏摺。奏摺中稱：“臣等已率部先後入城安撫百姓，併火速行文代理總督楊霈立即渡江，妥善籌劃後續剿匪事宜。”隨折保舉水軍將領道員李孟群、遊擊楊載福、守備蕭捷三，陸軍將領知府羅澤南、知縣李續賓、都司彭三元、守備唐得升、文生李光榮，同時保舉荊州將領已革都統魁玉、總兵楊昌泗等共計十人。
另附奏片稱：“軍務繁重，差遣人員不足，不得不臨時起用丁憂守製及被降職革職的官員，權宜辦理軍務。若這些人能奮勇效力，臣仍當奏請皇上恩準，給予同等保舉嘉獎，以激勵將士，鼓舞軍心。”
又專摺奏報：“六、七月以來，水陸兩軍屢戰屢勝，此前已奏請對有功將弁兵勇予以保舉，蒙聖旨恩準。現謹將保舉名單分為三批，先呈上第一批名單。其中糧台各員晝夜操勞，經各營官開列請保，臣等覈實後，恭謹繕寫名單呈請禦覽。”
關於收複武漢的奏摺，皇帝硃批道：“覽閱奏章，深感欣慰！取得如此大勝，實在出乎意料！朕唯有謹慎自持，祈求上蒼早日解除百姓苦難。另發諭旨。欽此。”
又奉上諭：“此次收複兩城，三日之內焚燬敵船千餘艘，蕩平賊寇營壘，運籌帷幄，決策得當。理當厚加封賞，以酬其功：曾國藩賞賜二品頂戴，署理湖北巡撫，並加恩賞戴花翎；塔齊布賞穿黃馬褂，並賜騎都尉世職。欽此。”
又奉皇帝諭旨：“湖北大局已定，應立即分路進剿。由九江、安慶直抵南京，肅清長江沿線。具體如何分兵進擊、如何留兵駐防，著楊霈、曾國藩、塔齊布共同籌劃商定，迅速上奏。曾國藩既以剿賊為己任，必能謀定後動，確保萬無一失。長江沿線剿匪事務，朕就托付給曾國藩與塔齊布。湖北防堵賊匪回竄及清剿江北等地殘餘匪患事宜，朕則責成楊霈負責。務必同心協力妥善部署，切不可稍有疏忽。欽此。”
武漢收複後，仍有大量敵軍船隻盤踞在襄河一帶，企圖從漢口突圍順流而下。曾國藩派遣魁玉、楊昌泗率軍進剿，同時命令楊載福率領數十艘水師舢板逆流而上駛入漢口，縱火焚燒敵軍船隻千餘艘，幾乎將其全部殲滅。
三十日，曾國藩緊急上奏水師在襄河繼續清剿並取得重大勝利的奏摺。奏摺中稱：“此次水師戰船出力不多，卻收穫巨大戰果。如今江漢一帶敵軍船隻所剩無幾。我軍可全力東進，再無後顧之憂。然而臣仔細考量當前局勢，仍有幾處隱憂：一是軍隊士氣容易渙散，二是流民數量過於龐大，三是軍隊離湖南越來越遠，軍械糧餉運輸日益困難，恐有物資短缺、軍心渙散之患。臣不得不深思熟慮，詳細陳明。”
另附奏片請求聖旨飭令江西巡撫籌措白銀八萬兩，廣東、四川兩省各籌措白銀數萬兩，火速解送軍營。現因陸軍兵力過於單薄，擬增募陸軍勇丁二千名，率領東下作戰。
又附奏片稟報：湖北省城收複後，查獲賊軍文書檔案，其中記載七月十八日城陵磯之戰中，賊首曾天養被擊斃情形，此前奏報未能詳細說明。另經審訊俘虜，獲悉武漢賊軍內情曲折，現一併具奏陳明。
皇帝下諭旨道：“曾國藩等人既以剿滅賊寇為己任，雖應乘此良機迅速順流東下，逐步收複沿江各城，但必須謀劃周全，穩紮穩打，方能避免失利。若能由九江、安慶直取金陵，將長江數千裡逆匪掃蕩一空，朕定當破格封賞隨征將士，以酬其功勳。欽此。”
總督楊霈從德安移駐武昌時，敵軍已撤出黃州。南麵占據興國州，北麵聚集在蘄州、廣濟一帶，仍以船隻作為據點。曾國藩與楊霈商議後決定分三路進剿：由塔齊布率領湖南兵勇，進攻興國、大冶為南路；派遣提督桂明等帶領湖北兵勇，進剿蘄州、廣濟等地為北路；曾國藩親自統率水軍，順長江東下。
九月初七日，曾國藩緊急上奏統籌三路進兵、分水陸兩軍直搗下遊的奏摺。另附奏片請求諭令陝西巡撫籌措白銀二十四萬兩，解送軍營。又附片彈劾都司成名標在監造戰船時虛報款項，請旨革職查辦。同日，還上呈了第二份保舉有功將士的名單。
皇帝下諭旨道：“曾國藩等所奏統籌三路進兵直搗下遊的奏摺，朕已閱悉。所陳各路軍務部署，甚為妥當。就長江戰局而言，湖北上遊既已漸次肅清，各路官軍乘勝東進，自當勢如破竹。然用兵之道變化無常，賊情又詭譎多變，務須隨機應變，穩紮穩打，避免孤軍深入，方能穩操勝券。”
皇帝諭旨道：“桂明所率湖北軍，與湖南兵勇相比，實力是否相當？若彼強此弱，南岸官軍進剿緊急時，逆賊必會伺機北渡。此事曾督等可曾考慮？此次東征之師關係全域性成敗，務必謀定後動，隨機應變，做到製賊而不為賊所製，方能逐步肅清。所請調撥陝西餉銀一事，已諭令王慶雲如數籌撥，持續接濟。欽此。”
十三日，曾國藩緊急上奏謝恩，並陳述道：“臣奉命暫代湖北巡撫一職，於公事無甚裨益，於臣心實難自安。臣正統領水師即將出征，無暇兼顧武昌善後事宜。且臣母喪未滿，若倉促就任官職，既有違名教，又將何以自處？故臣不敢接受巡撫印信，仍請由總督大人代為保管。”
皇帝此前已下諭旨：“曾國藩雖暫署巡撫，但剿賊軍務重於地方政務。”在曾國藩奏摺尚未送達時，又降旨：“賞曾國藩兵部侍郎銜專辦軍務，不必再署理湖北巡撫。湖北巡撫一職由陶恩培補授，在其到任前暫由楊霈兼署。欽此！”
曾國藩的奏摺呈上後，皇帝硃批道：“朕早料到你必定推辭，又考慮到你即將率軍東征，署理巡撫不過虛名，因此已降旨免去你湖北巡撫署理之職，改授兵部侍郎銜。你這份奏摺雖非全然固執，但竟不署明巡撫官銜，好名之過尚小，違旨之罪實大。著嚴加申斥。欽此。”
皇帝又下諭旨：“曾國藩既已卸去地方職務，自當全力進剿。但須統籌全域性，嚴防逆匪南北流竄，方為妥當。並須隨時聯絡江蘇、安徽巡撫及托明阿、向榮等部，四路合圍，以期直搗金陵。切不可遲疑觀望，坐失良機；亦不可冒進貪功，致生差池。朕料曾國藩等必能權衡利弊，速建大功！欽此。”
水師楊載福等率領戰船先行出發，曾國藩與李孟群等隨後跟進。南路陸軍於二十三日拔營進剿，北路陸軍魁玉、楊昌泗等部於十七日開拔。十九日，水師在蘄州城下擊敗賊軍。二十一日，塔齊布率軍收複大冶縣城，羅澤南等部攻克興國州城。
曾國藩乘船抵達黃州，巡視前任總督吳文節公在堵城修築的營壘，在其殉難之處撰寫祭文悼念，文辭極為悲切。該祭文原稿現已失傳。
二十七日，曾國藩駐船道士洑，緊急上奏陸軍收複興國、大冶及水師在蘄州獲勝的奏摺。另附奏片說明：探明敵軍在田家鎮構築堅固工事抵抗，江麵設置兩道鐵鎖鏈，計劃先攻占半壁山奪取要隘。又專摺奏報：“臣自進入湖北以來，查訪輿論，眾人皆稱武昌再度失守實因崇綸、台湧處置失當。已故總督吳文鎔忠心勤政為國分憂，壯烈殉職，官民至今感念。即便對前任巡撫青麟，百姓也多懷哀憐之情，未見怨憤之詞。”
關於前任總督、巡撫的優劣表現，以及一年多來戰局成敗的始末，此事關係東南大局，臣不敢不據實詳細陳奏。同時上奏第三次保舉出力官兵的請獎名單。奉皇上諭旨：“蘄州賊軍勢力尚強，水師既已取得戰果，為何桂明等陸路部隊未能及時趕到？朕既委派曾國藩剿賊重任，軍權必須專一，自桂明以下文武官員均歸其節製。如有不遵調遣，或拖延畏戰貽誤軍機者，即著該侍郎專折參奏，以整肅軍紀。欽此。”
本月奉聖旨：“胡林翼調任湖北按察使，楊載福補授湖南常德協副將，羅澤南授浙江寧紹台道，均統率所部繼續剿賊。欽此。”
二十九日，蘄州賊軍戰船逆流進犯，楊載福、彭玉麟等率水師縱火將其全部焚燬。
十月初一日，羅澤南率陸軍在半壁山擊敗賊軍，攻占其營壘。初四日，羅澤南等部在半壁山大破賊軍，殲敵萬餘人。初五日，賊軍再次來犯，又被擊退。
初七日，曾國藩緊急上奏陸軍攻破半壁山賊軍營壘、水師再獲勝利的奏摺，併爲陣亡軍官何如海、石熾然、徐國本請求撫卹。另附專片奏請撫卹陣亡營官白人虎。又附片奏報查明前湖北道員劉若珪殉難情況，請旨交部議恤。再附片奏稱軍中彈藥全由湖南供應，現全軍即將離開湖北，距湖南省千餘裡，請旨命江西巡撫選派乾員籌款設局，監製火藥，鑄造鐵彈鉛彈，解送軍營接濟。
當日，曾國藩上折謝恩賞賜兵部侍郎銜。另附片說明前次奏摺未署湖北巡撫新銜，奉旨批諭申斥，承蒙皇上寬宥，特上奏申明謝恩。又代浙江寧紹台道羅澤南呈遞謝恩折，仍請留營繼續剿辦賊匪。
初八日，水師在蘄州攻擊賊船，繞至敵軍前方。初十日，賊船退至田家鎮南岸，江中鐵鏈已被陸營湘勇砍斷。楊載福、彭玉麟於十三日指揮水軍攻斷江中鐵鏈，戰船順流直下，至鄔穴放火焚燒賊船。恰逢東南風大作，賊船四千五百餘艘儘數焚燬，斃敵數以萬計。田家鎮北岸賊軍大敗，燒燬營壘潰逃。
十四日，曾國藩緊急上奏南路陸軍大捷，殲滅賊軍萬餘人，並砍斷江岸鐵鏈，水師屢次獲勝的奏摺。隨摺奏請撫卹陣亡將領李續賓、彭三元、普承堯三人及千總蕭世祥。另附片奏報賊軍四處流竄，驛站郵路多被阻斷，偵察人員難以派遣，軍情文書難以傳遞。江西、安徽各營無法及時互通訊息。請旨命軍機處將江南、江北兩大營當前戰況及紅單船現駐泊位置隨時通報臣行營，以保持軍情暢通。
接到皇帝硃批：“此次大捷，全賴爾等同心協力，指揮得當，故將士效命，以少勝多。朕閱奏後，欣慰之情難以言表，另降諭旨嘉獎。欽此。”
奉皇帝諭旨：“此次我軍陸路攻占半壁山，水師連戰連捷，逆賊不敢再犯南岸，戰事進展順利。據奏報北路軍作戰不力，桂明所部現駐何處？為何未與南路軍會師？著楊霈親自督率後軍火速前進，為曾國藩等部提供後路支援。不得稍有延誤，以免貽誤軍機。欽此。”
十四日夜間，蘄州城內的賊軍棄城逃竄。水師追擊敵軍，戰船直抵九江城下。塔齊布率領陸軍攻破南岸富池口賊軍營壘。二十日，與羅澤南率軍渡江北上。
二十一日，曾國藩乘船抵達田家鎮，緊急上奏官軍水陸大捷，焚燬賊船四千餘艘，田家鎮、蘄州兩地賊軍全部潰逃的奏摺。隨摺奏請嘉獎副將楊載福、同知彭玉麟、道員羅澤南、遊擊普承堯，以及水師將領劉培元、秦國祿、孫昌國、洪定升等八人。另附片奏報水師前鋒追擊賊軍已至九江城外，陸軍即日將渡江北上進剿。
另附片奏稱：臣等所率軍隊以肅清江麵、直取金陵為主要目標，若賊軍分兵流竄他縣，陸軍恐難兼顧，請旨命各路統兵大臣及各省督撫擇要堵截，防範流寇之患。奉皇帝硃批：“再獲此捷，實因爾等儘心籌劃，朕深為欣慰。欽此。”
又接到皇帝諭旨：“曾國藩、塔齊布自嶽州統兵東下以來，沿江攻克城池，殲滅賊寇，所向披靡。皆因同心協力，指揮得當。朕每次披閱捷報，都深感欣慰。參戰文武官員及將士皆能奮勇效命，奮不顧身，尤應嘉獎。欽此。”
陸軍渡江後沿北岸進軍。二十六日，在蓮花橋遭遇賊軍，將其擊敗。二十八日，收複廣濟縣城。
水師追擊賊軍戰船，二十八日在九江城外交戰，大獲全勝。
十一月初一日，陸軍在雙城驛擊敗賊軍。初三日，在夏新橋再破賊軍。初四日，收複黃梅縣城。
初六日，曾國藩緊急上奏蓮花橋大捷、收複廣濟及水師九江大捷的奏摺，併爲陣亡將領蘇勝、鄭沐、李金梁請恤。另附片奏報黃梅大捷，並說明桂明所部未能參與會剿的原因。又附片奏請撫卹殉難的蘄州州判魏作霖。另附片奏請調湖南永州知府張丞實來營，增募湘勇由其統帶以增強兵力。又附片奏報服喪期滿，現因辦理軍務在營中除服。同日上摺奏請嘉獎收複武漢、興國、大冶、蘄州等戰役中水陸兩軍有功人員共三百四十人，列名單請獎。羅澤南率部從黃梅出發進剿，在濯港大破賊軍。
十一日，曾國藩緊急上奏雙城驛、大河埔、夏新橋大捷及收複黃梅的奏摺。隨折保舉周友勝、餘星元、滕國獻三位將領，併爲陣亡千總王映軫請恤。附片奏報濯港大捷。又上奏陳述近期戰況，稱：九江賊軍戰船雖不多，但我軍兩次苦戰仍未能重創敵軍，皆因兩岸賊營眾多，水陸互相策應，抵抗極為頑強。我軍水師與陸軍被隔斷，晝夜戒備，異常艱苦。並分析當前局勢，列舉數項有利條件和數項隱憂。
當時朝廷多次下達諭旨，命令湖北、江西兩省派兵協同圍剿。湖廣總督楊霈派遣桂明所部駐守黃州，魁玉、楊昌泗隨軍作戰。楊霈親自率軍駐紮在黃梅、廣濟一帶。江西方麵則派按察使惲光宸、總兵趙如勝率軍駐守九江邊境。這些部隊都奉旨歸曾國藩統一指揮調度。
又接到皇帝諭旨：“楊霈奏報收複廣濟、黃梅的摺子中所述九江戰況，顯示該地賊軍勢力仍盛。塔齊布率軍渡江北上後，南岸官軍便難以取勝，可見江西陸路兵勇實不可靠，塔齊布仍需渡回南岸。若南北兩岸戰事全賴塔齊布一軍往來追剿，則湖北、江西兩省官兵豈非形同虛設？欽此。”
十二日，塔齊布、羅澤南等率軍在孔隴驛大破賊軍。十三日，小池口賊軍潰逃。十四日，水師焚燬賊軍船排，九江江麵賊船基本肅清。曾國藩當日即進駐九江城外。十五日，塔齊布陸軍抵達小池口。水師擊破賊船後，進泊湖口。賊軍死守九江，久攻不下。十八日，陸軍渡江至南岸，在九江南門外紮營。
二十一日，曾國藩緊急上奏濯港、孔隴驛、小池口大捷及肅清九江江麵、水師進駐湖口的奏摺。隨折保舉朱南桂、童添雲二人。附片彈劾湖北軍營官李光榮所率川勇劫掠擾民，請旨革職查辦。另附片奏稱：圍攻九江的陸軍兵力不足，湖北按察使胡林翼謀略超群，已命其率兩千兵勇駐防田家鎮，現緊急調該軍來九江助剿。
副將王國才、都司畢金科為人樸實勇敢，治軍有方，請調撥精銳部隊歸其統領，由臣調遣；安徽省道員何桂珍、知縣李沛蒼在六安等地率兵防剿，也請歸臣統一指揮。另附片奏請降旨令江西巡撫趕造攻城器械，運送至軍營。以上請求均獲聖旨批準。
又接到皇帝諭旨：“曾國藩、塔齊布運籌帷幄，同心協力，麾下將士奮勇作戰，爭先效命，皆因曾國藩等指揮得當。覽閱奏報，甚感欣慰。特賞賜曾國藩穿黃馬褂，並賜予狐腿黃馬褂一件、白玉四喜扳指一個、白玉巴圖魯翎管一枝、玉靶小刀一柄、火鐮一把，交由曾國藩恭敬領受，以示嘉獎。欽此。”
太平軍占據九江、湖口兩座城池，深挖壕溝加固堡壘，在湖口城下架設木排以阻擋官軍進入鄱陽湖，同時在梅家洲另築石壘，形成水陸聯防之勢。其戰船駐紮在大姑塘，侵擾南康府。二十一日，羅澤南率領的湘軍渡江未畢遭太平軍突襲，回軍將其擊退。胡林翼部也抵達戰場，兩軍均駐紮在九江城外。水軍登岸進攻太平軍，屢次獲勝。太平軍常趁夜偷襲營寨，水師因此徹夜戒備。
十二月初一日，陸軍聯合進攻九江城，未能攻克。初三日，曾國藩緊急上奏水軍屢次獲勝、陸軍圍逼九江城及當前攻剿情況的奏摺。為陣亡將領曾獻成、周福友、羅嘉典請求撫卹。奉皇帝諭旨：“我軍自肅清九江江麵、進駐湖口後，本期望能乘勝攻克九江城，然而連日來雖焚燬賊船、攻破賊壘，但逆賊死黨仍負隅頑抗，實在凶悍。賊情變化無常，著曾國藩、塔齊布審時度勢，謹慎謀劃，切不可輕率行事，以致貽誤戰機。欽此。”
初六日，胡林翼、羅澤南率軍在梅家洲擊敗太平軍。水師乘勝攻破湖口木排防線。
初八日，童添雲（諡號壯節）因攻城負傷，在軍中去世。
初十日，水陸兩軍聯合進攻湖口太平軍營壘，未能攻克。十二日，水軍舢板船衝入鄱陽湖內，焚燬太平軍戰船數十艘，乘勝追擊至大姑塘上遊。太平軍隨即在湖口增設關卡、修築堡壘，加設柵欄切斷退路，致使舢板船無法返回外江。留在長江的主力戰船均為快蟹、長龍等大型船隻，行動遲緩。太平軍趁夜派出小艇突襲，焚燬官軍戰船三十九艘，餘下船隻被迫退回九江大營。
十四日，曾國藩緊急上奏九江、湖口水陸兩軍作戰情況的奏摺。在奏摺中保舉劉國斌、孫昌國兩名軍官，併爲陣亡的參將童添雲以及士兵葉楚南、楊玉芳、黃韻南、薑陵浩請求撫卹。
水師撤退後，盤踞在湖口的太平軍分兵渡江，占領小池口。同時安徽的太平軍再次進犯湖北邊境。曾國藩派周鳳山率陸軍渡江攻打小池口的太平軍營壘，遭遇重創後撤回。曾國藩緊急調遣胡林翼、羅澤南迴援九江，駐紮在南岸官牌夾一帶。
二十五日，太平軍再次趁夜用小船偷襲水軍，放火燒燬十餘艘戰船。曾國藩的指揮船被敵軍奪取，所有文書檔案儘數丟失。他隻能劃小船逃往陸軍駐地才得以脫險。隨後下令水軍所有船隻停泊南岸，與羅澤南的湘軍陸營相互策應。糧草輜重船隻全部退守至鄔穴，不少戰船也潰散向上遊逃去。曾國藩悲憤至極，欲策馬衝入敵陣以死殉國，被羅澤南、劉蓉及幕僚等人極力勸阻。
三十日，曾國藩緊急上奏兩份戰報：一份是內湖水軍三次獲勝的捷報，另一份是外江水軍兩次戰敗的奏摺。他在奏摺中稱：水軍先前屢獲大捷，聲威顯赫。但在湖口苦戰月餘後突遭挫敗，全因臣曾國藩指揮不當，請求朝廷嚴加處分。同時為陣亡將領史久立、李允升、李選眾、沈光榮、葛榮冊及指揮船官兵劉盛槐等人請求撫卹。
朝廷下諭旨稱：“水師因銳氣太盛，從湖口深入姑塘上遊，導致長龍、舢板等戰船與外江主力艦隊隔絕，致使敵軍氣焰複熾。兩次遭賊軍夜襲營寨，確屬指揮失當。但曾國藩自嶽州出征以來，與塔齊布等同心協力，屢破賊寇，此次小挫無礙大局。其所請嚴加處分之處，著加恩寬免。欽此。”
楊載福原在鄔穴養病，聽聞戰敗訊息後，抱病趕赴前線，指揮戰船擊退敵軍。後因病情加重返回原籍休養。外江水軍由李孟群、彭玉麟統領，與陸軍協同駐守江岸；進入鄱陽湖的水軍則由營官蕭捷三、段瑩器、孫昌國、黃翼升等分彆統率。自此，湘軍水師正式分為內湖與外江兩支艦隊。
當年正月，科爾沁郡王僧格林沁與勝保率軍於獨流大敗太平軍。二月，又在阜城擊潰敵軍。三月，太平軍從安徽分兵進犯山東，攻陷臨清州。四月，勝保率部在臨清殲滅太平軍，僧格林沁主力攻克阜城。五月，太平軍攻占高唐州，清軍隨即將其重重圍困。
去年冬季，江北清軍收複揚州，太平軍敗退至瓜洲據守。本年二月，瞿騰龍在瓜洲戰役中陣亡。太平軍攻陷太平府，孫銘恩殉職。閏七月，江南官軍收複太平府，江北督師琦善在軍中病逝，江寧將軍托明阿接替其職務。
廬州失陷後，皖北各城大多殘破，朝廷任命福濟為安徽巡撫。江南大營又派提督和春率軍增援安徽。五月，清軍收複六安州。此時撚軍趁亂在安徽、河南交界處起事，副都禦史袁甲三率軍駐守臨淮關進行防剿。何桂珍奉旨出任皖南兵備道，因道路阻隔未能赴任，袁甲三便命他統領鄉勇剿匪，駐紮霍山。何桂珍屢立戰功，計劃西進與湖北清軍會師。曾國藩也曾上奏調其來營，但因敵軍阻隔未能實現。