接到聖旨：“朝廷信任楚軍，因曾國藩忠誠勇敢出於至誠，故推心置腹，倚重其挽救東南大局。自各路軍進逼金陵以來，逆匪老巢已成困獸之勢。然值此艱難時刻，確實不易速勝，多次降旨告誡，總以不求速效為要，當先立於不敗之地，靜待可乘之機。”
如今軍中疫病盛行，各軍將士在病痛纏身之際，豈忍心再加苛責！曾大臣更應堅定忠誠，加倍體恤將士，使軍心更加穩固，疫氣自然消退！對各營染病將士，要逐一傳達聖旨，予以優撫慰問！本應公開下旨慰勞，但因事關軍務機密，恐引起人心惶惶，反使奸人有機可乘，助長賊寇囂張氣焰。
我朝施行仁政、廣佈恩澤已二百餘年，值此艱難危急之時，又遭遇疫病肆虐。將士接連折損，深恐軍心渙散而助長敵寇氣焰！此乃無可奈何之事，並非曾大臣一人之過！想來是朝廷政事多有缺失，以致觸怒天意。
我們唯有誠心祈禱，以求消除災禍！君臣應當深刻反省，儘心竭力尋求消災解難之法，為百姓請命，以期感動上蒼，使局勢轉危為安。天災流行，必不會隻降於一方，我軍將士既遭此厄運，賊寇軍中豈能獨免於疫病？
曾大人心中鬱憤，卻未及細問詳情。眼下在京城，確實冇有合適的人選可以派遣，縱觀朝野內外，像曾國藩這樣才德兼備、氣度恢宏的大臣，一時也難以找到替代之人。曾大人向來學識淵博，值此時局艱難之際，更應當以堅毅之心擔起重任，時刻保持謹慎，一刻也不能鬆懈。欽此。曾公接到這道聖旨，讀罷不禁潸然淚下！
十七日，派遣專人上奏三份摺子：一是關於增加皖南地區科舉錄取名額的奏章，二是為徽州捐納功名的士子請命的奏章，三是淮北鹽稅收支的報銷奏章。
二十日，蘇州太平軍派出大批部隊增援金陵，圍攻官軍營地。敵軍構築二百多座營壘，日夜輪番進攻。曾公之弟曾國荃率軍奮力抵抗。
鮑超的軍隊在新河莊遭遇挫敗。太平軍進犯寧國府，鮑超率部退入城中堅守。二十三日，李續宜啟程返回原籍，唐訓方到任接替其職。
二十四日，呈遞恭賀皇帝萬壽聖節的奏摺。
二十七日，緊急上奏陳述皖北一帶楚軍兵力薄弱，無法分兵支援。李續宜部下五位將領才能地位相當，難以統一指揮。同時奏明苗沛霖狡詐多變，難以輕易招撫，唯有赦免其罪過而不給予兵權，尚可算作中策。另附奏片報告金陵、寧國兩處軍營正遭太平軍大舉進犯，將士深受疾病困擾，防守形勢難以預料。此皆因臣德行淺薄而位居高位，無力扭轉厄運所致，內心憂懼不已。又附片奏報此前調遣的黑龍江馬隊二百餘人隨軍征戰屢立戰功，但因水土不服多染疾病，應遣返原籍休養。
本月，蔣益澧率軍抵達浙江，收複壽昌縣城。
九月初一，安徽佈政使馬新貽奉旨暫時統領臨淮地區的官軍。
初六，寧國縣城被太平軍攻陷。
十二日，曾國藩緊急上奏彙報各路軍情：雨花台營壘遭太平軍大舉圍攻，此乃金陵戰局之隱患；寧國敵軍企圖從小路進犯江西，此乃寧國方麵之憂患；小丹陽敵軍從東壩拖運戰船，意圖進入長江切斷糧道，此乃長江水師之威脅；河南撚軍竄擾湖北，傳聞欲取道皖北迴援金陵，而皖北各城防守空虛，恐敵軍乘虛而入，此乃皖北之危機。現正調遣各軍，從次要戰場抽調兵力馳援危急之處，竭力挽救戰局。
隻是皖北地域廣闊而兵力薄弱，現已調派提督成大吉率軍從三河尖急赴英山、霍山一帶，視情況佈防圍剿。仍懇請皇上降旨命多隆阿迅速東返，駐軍舒城、桐城，兼顧安徽、湖北兩省防務，如此方能保全大局！另附奏片報告寧國縣城失守後，徽州、旌德兩城首當其衝。現由唐義訓防守徽州，朱品隆防守旌德，兩地兵力均顯單薄，不知能否堅守。
另附奏片陳述江西省厘金稅收事務：數月以來，上繳數額寥寥。佈政使李桓總辦糧台兼管厘局，因管理不善，現已增派甘肅按察使劉於潯訪查商情，並委任署理鹽法道孫長紱專責月度奏報，以整頓積弊。臣統領軍隊過多，拖欠軍餉日久，空負把持江西財權之名，卻無實際接濟蘇皖缺餉軍隊之實，不得不竭力尋求彌補之策。
另附奏片請求查明巢湖水師營官黃國堯於鹹豐八年在廬州府陣亡的詳細情況，建議從優撫卹。
當時太平軍戰船突破東壩後，分散在固城湖、南漪湖等水域，企圖衝出長江。楊嶽斌（楊載福）雖身患疾病仍竭力扼守金柱關。曾國藩調派數營陸軍前往增援防守。
金陵的太平軍包圍雨花台官軍營壘，日夜猛烈進攻，使用西洋開花炮從空中轟擊，喊殺聲震動天地。曾國藩的弟弟曾國荃督率軍隊頑強堅守不退，麵部被子彈擊中，血流滿麵，仍包紮傷口巡視軍營以穩定軍心。其弟曾貞乾駐軍江岸，奮力作戰保障糧道暢通。大營軍火物資得以接濟，與敵軍相持二十餘日。初五日擊退敵軍進攻，十二日再次擊退，敵軍攻勢稍減。都興阿派兵一千八百人渡江增援防守。曾國藩憂慮湘軍在瘟疫之後又遭大股敵軍進逼，恐戰局崩潰，日夜焦慮，連續多日寢食難安。而江西協餉屢遭拖延，更令他深感憂患。
十四日，曾國藩撰寫《三字箴》。其中“清”字箴言寫道：“淡泊名利，清心寡慾。一絲不苟，鬼神欽服。”“慎”字箴言寫道：“如履薄冰，死而後已。行事不順，反求諸己。”“勤”字箴言寫道：“親力親為，殫精竭慮。知難而進，晝夜不息。”曾國藩表示這十二句話應當終身恪守，遭遇重大憂患挫折之時，或可藉此避免過失與悔恨。
十八日，水陸兩軍聯合在金桂關攻擊太平軍，大獲全勝。二十一日再次擊敗敵軍，幾乎全殲其戰船。金陵的太平軍挖掘地道，企圖用火藥炸燬官軍營壘。曾國藩的弟弟曾國荃率軍奮力抵抗，成功挫敗敵軍攻勢，並命令士兵在營內挖掘隧道進行反製，使敵軍計謀未能得逞。李世忠在九洑洲進攻太平軍時，曾請求分兵增援金陵，曾國藩批覆予以製止。
二十七日，曾國藩緊急上奏軍情摺子，彙報金陵、寧國、蕪湖、金柱關等地戰況概況，並說明對各路軍隊的調度安排與先前奏報有所出入，是根據各戰場形勢緩急而調整。同時上奏第十批忠義事蹟采訪結果。另附奏片稱：宿州二郎山團練首領馬維敏、喬元功等人據守山寨抵禦太平軍，寨破後兩千餘人殉難，請求按陣亡條例予以撫卹並建立祠堂表彰忠節。又上奏請求旌表績溪縣孝烈婦女胡程氏。
這個月，李鴻章率軍攻克嘉定縣城。太平軍再次進犯青浦，李鴻章在四江口大敗敵軍，上海周邊防務徹底肅清。太平軍進攻鎮江，被馮子材在湯崗擊潰。
多隆阿率軍進入陝西督戰。
十月初五日，曾國藩的弟弟曾國荃率軍擊敗太平軍，取得大勝，俘虜斬殺敵軍數萬人。自閏八月二十日以來，三十餘萬太平軍圍攻官軍營壘，用儘各種方法猛烈進攻。曾國荃率軍苦守四十六天，終於在此戰中大獲全勝，太平軍被迫解圍逃往江北。
十一日，唐訓方啟程前往臨淮關駐防，袁甲三則卸任返回原籍。
十二日，曾國藩緊急上奏：水陸官軍連續獲勝，成功守住蕪湖、金柱關等戰略要地，敵軍戰船所剩無幾，江西境內已肅清。請求對陣亡副將郭明驁按提督規格給予撫卹，並請撫卹陣亡將弁洪得勝、王明元。另奏報毛有銘部在潁州西路連續攻破撚軍據點，摧毀其老巢後仍回防皖豫邊境。附片奏稱圍攻金陵的敵軍已撤退，蕪湖等地防務穩固。此前奏摺中提到的四大隱患，如今三處已緩解，目前主要擔憂寧國戰線。若能堅守一個月，待新募兵勇陸續集結，或許能有效遏製敵軍攻勢。
同日，曾國藩又上奏摺，為鮑超部連續攻克青陽、石埭等四座城池請功，並附上立功將士名單請求嘉獎。同時為曾國荃部接連攻克太平、蕪湖等地城隘的將士請功，也附上名單請求嘉賞。附片奏稱，請功名單中有將士在事後病故，未能及時覈查剔除，既讓逝者獲得榮譽以慰其一生，也能激勵生者感恩圖報。鮑超部駐守寧國府時，因太平軍襲擾灣沚導致糧道被斷，曾國藩遂派陸軍從繁昌、南陵改走陸路運送糧餉接濟。
太平軍進攻旌德縣，曾國藩發函與左宗棠商議，調派左部王文瑞軍增援旌德。
十七日，太平軍大舉進攻九洑洲李世忠軍營，隨後渡江向北逃竄。
十八日，張運蘭離開軍營到安慶麵見曾國藩。曾國藩命他乘船回鄉養病，其統領的老湘營改由總兵易開俊、劉鬆山分彆接管。
朱品隆等部在旌德擊敗太平軍。十九日，太平軍撤圍退走。
駐守壽州正陽的湘軍士兵屢遭苗沛霖部練勇殺害。僧格林沁在河南督軍時，曾上奏建議招撫苗沛霖以協助剿滅撚軍。苗沛霖致信僧王，極力詆譭湘軍過失。曾國藩察覺苗沛霖蓄意挑釁，擔心其破壞大局。加之皖北兵力薄弱，而太平軍正向北流竄，便調蔣凝學部移營南下，同時令毛有銘、蕭慶衍等部移駐廬州一帶，既避開苗練勢力，又兼顧皖北防務。
二十七日，曾國藩緊急上奏，詳細陳述金陵守軍苦戰四十六天、最終擊退敵軍解圍的經過，並附上道員劉連捷等七十三人立功名單請求嘉獎，同時呈報陣亡副將倪桂等二百零七名將士名單請求撫卹。另附奏片說明：雖然金陵援敵已退，但官兵傷亡慘重；寧國、旌德兩城形勢危急；從金陵到徽州戰線過長，敵軍兵力龐大；皖北十餘座城池毫無防備，恐戰局崩潰導致前功儘棄。因此仍懇請朝廷另派大臣協助軍務，分擔職責壓力。
同日，曾國藩另附奏片稱：湘軍駐防壽州正陽關，與苗沛霖部練勇駐地過近，雙方摩擦不斷，衝突難止。目前皖北正苦於無兵可調，計劃撤出蔣凝學部，並抽調霍邱守軍，改駐廬州、巢縣一帶，既滿足苗練私願，也配合僧格林沁急於剿滅撚軍的戰略。
同日，曾國藩又上奏摺，為張運蘭、朱品隆、唐義訓等部在徽州攻防戰中立功的將士請功，並附名單請求嘉獎。另附奏片稱：張運蘭因病返鄉，請朝廷正式任命易開俊、劉鬆山為總兵，以便統轄部隊。同時上奏請求暫緩對三省軍隊的例行檢閱。
流竄至江北的太平軍攻占和州後，又攻陷含山縣。二十八日，巢縣失守。曾國藩隨即下令暫緩調遣新招募的張樹聲、吳長慶等淮軍赴上海，改派其分守無為州與廬江縣，同時調駐霍邱的湘軍移防舒城。曾國荃則派軍回防西梁山，不久又派兵駐守東梁山。
廣德州的太平軍攻陷績溪縣。
同月，浙江東部清軍聯合外國軍隊收覆上虞、嵊縣、新昌三座城池。
江忠浚被任命為安徽佈政使。
十一月初一日，太平軍攻占和州。
初二日，唐義訓、王文瑞率軍收複績溪縣。
初三日，旌德的太平軍流竄侵擾太平縣、黟縣一帶，直逼祁門。
初四日，太平軍圍攻涇縣，易開俊率軍入城防守，成功擊退敵軍。
初七日，祁門縣被太平軍攻陷。
初八日，接到聖旨：“江蘇佈政使曾國荃特賞江綢黃馬褂料一件、小卷江綢袍料一件、白玉喜字翎管一枝、白玉柄小刀一把。曾貞乾加恩以知府任用。欽此。”
初十日，唐義訓、王文瑞率軍收複祁門縣城。太平軍敗退後流竄回石埭方向。
十二日，曾國藩緊急上奏軍情折，彙報江北含山、巢縣、和州相繼失守後的防剿部署，並陳述寧國各軍戰況及績溪、旌德、太平、黟縣等地敵軍動向。奏摺稱：入秋以來，賊寇四起，南北夾擊，先前曾奏請調多隆阿部東進剿匪，如今陝西百姓正陷水深火熱，豈敢再行請調？唯懇請朝廷敕令貴州提督江忠義率部赴皖協防剿匪，實乃大局之幸！另附奏片稟報祁門失守一事。
同日又附片奏請撤回蔣凝學所部軍隊，分彆駐防潁州和霍邱兩地。調派毛有銘、蕭慶衍兩軍移駐舒城，以防敵軍北上竄擾。當日還上奏保舉水師在攻克沿江城池關隘中表現突出的官兵，並附名單請求嘉獎。另上奏摺對浙江省城失守時潰逃的副將陳步高等人審訊定罪一事提出處理意見。
十八日，曾國藩的弟弟靖毅公曾貞乾在軍中去世。當天接到朝廷批準其以知府銜任用的諭旨。
曾國藩出城巡視鹽河防務，派遣官兵修築壕牆一百八十六丈，並親自驗收工程。
十九日，水師在三汊河擊敗敵軍。
二十日，鮑超接到父親去世的訃告請求回鄉守製。曾國藩因寧國軍情緊急，批示準許其在軍營戴孝。
二十一日，曾國藩再次出城巡視護城壕溝。
二十二日，得知靖毅公去世的訊息，曾國藩悲痛大哭，立即派官兵前往金陵迎護靈柩。
二十七日，曾國藩緊急上奏回覆聖諭，逐條陳述：第一，毛有銘、蕭慶衍所部已從舒城拔營，經巢湖南麵進軍，準備攻打運漕鎮。第二，李世忠駐軍九洑洲，此次敵軍竄犯北岸，該提督雖多次接戰並有所斬獲，但因賊勢浩大未能有效攔截。第三，曾貞乾已於十八日病逝，實因臣德行淺薄，以致禍及手足。蕪湖要地仍留駐重兵防守。第四，洋將白齊文奉調增援金陵卻拖延不進，且軍紀渙散，應由李鴻章從嚴懲處。第五，追查賊首李秀成的行蹤。第六，催促李續宜結束休假返回軍營。共陳述六條事項。同時上奏旌德、涇縣解圍及績溪、祁門收複的奏摺。奏請嘉獎王文瑞、王開琳等五名將領，併爲陣亡的總兵胡太旗、參將劉永勝、遊擊張仁興請求撫卹。附片奏報：寧國一帶軍情逐漸穩定，鮑超因母喪請求離職，建議暫不開缺，改為代理職務。另上奏結案金安清、汪耀奎被參劾一事。又奏請表彰第十一批忠義之士。附片奏報：定遠縣練總陳鼎霈等人殉難，請求撫卹。
太平軍從金陵撤退後，其中一部又從東壩拖出戰船，企圖進入長江。曾國藩派出的水陸防軍在護駕墩將其擊敗，焚燬敵船二百餘艘。
鮑超率軍在馬頭鎮柳鋪迎擊敵軍，取得大勝。
本月，左宗棠收複嚴州府城，李鴻章收複常熟縣城。多隆阿奉旨授任欽差大臣，正式接管關防。勝保被革職查辦。
十二月初五日，石埭的太平軍流竄攻陷青陽縣，朱品隆放棄旌德縣防務，率軍轉攻青陽。
初九日，靖毅公（曾貞乾）的靈柩經過安慶。曾國藩出城迎接，撫棺痛哭，入城後接受弔唁。
初十日，水師進攻三汊河的太平軍營壘，將其攻破。蕭慶衍等部會同水師攻克運漕鎮。曾國藩調派蔣凝學所部移駐舒城。
十二日，曾國藩上奏摺陳述遵照聖旨籌派水師官兵演練輪船火器事宜。奏請保舉總兵蔡國祥可勝任統領之職，參將盛永清等七人可勝任分領之責。同時重申楚軍水勇難以適應海上作戰，若在輪船上配備楚勇，須堅持先前決議，僅用於江麵作戰。另上奏摺彙報敵軍從九洑洲分兵進犯，李世忠部阻擊獲勝的情況。請求朝廷敕令山西巡撫迅速撥付該部應得月餉以維持軍需。為陣亡副將程自有、汪德喜及知縣胡學詩等人請恤。附片奏報各路軍情。又附片奏請調回道員隋藏珠回營任職。
同日，曾國藩又上奏摺保舉李續宜所部成大吉、蕭慶衍等軍在潁州、霍邱剿匪作戰中表現突出的官兵，並附名單請求嘉獎。另上奏摺陳述夏秋以來軍中疫病流行，染病身亡的將士官吏近萬人，其中功績顯著的九十六人，彙總名單請求撫卹。特彆指出張運桂、黃慶、伍華瀚、沈寶成、周成南五人戰功尤為卓著，請求將其入祀湖南昭忠祠。附片奏報伍華瀚之父、文生伍宏鏗於鹹豐四年在寧鄉陣亡，請求予以撫卹。
十三日，接到聖旨：“曾國藩一門忠義，不避艱險，兄弟均在軍中為國效力，深堪嘉許！不料曾貞乾突然病故，覽奏不勝痛惜。”又奉聖旨：“曾貞乾自赴江南軍營以來，屢立戰功，朝廷早有擢用之意，因曾國藩再三懇辭，本擬待江寧克複後從優獎勵。今因帶病督戰，積勞病故，殊深痛惜！雖未經曾國藩奏請撫卹，但曾貞乾係效力疆場、戰功卓著之員，著即追贈按察使銜，並按照按察使軍營立功後病故之例議恤，以示優恤。”
十六日，曾國藩為亡弟（曾貞乾）撰寫墓誌銘一篇。
二十日，靖毅公（曾貞乾）靈柩登船運回湖南，曾國藩親臨舉行祭奠儀式。毛有銘部近日在巢縣芙蓉嶺一帶剿匪，遭遇小挫。
宣城縣金寶圩被太平軍攻陷，百姓慘遭屠戮劫掠。曾國藩對逃出的團練兵勇及難民發放銀米賑濟，將其整編為營伍，安置於蕪湖縣，共計數千人。
二十一日，曾國藩的弟弟曾國荃在穀裡村六郎橋擊敗敵軍。
二十二日，蕭慶衍在銅城閘連續擊潰敵軍。
二十三日，青陽的敵軍逃回石埭。
二十四日，曾國藩上奏摺代弟弟曾國荃、曾貞乾謝恩。
二十五日，朱品隆率軍收複青陽縣城。
二十七日，曾國藩再次上奏，就欽奉諭旨一事併案陳述五條意見：第一，壽州撤回湘軍後，苗練暫未出現據城反叛跡象，應當以誠相待，不必派兵駐守，以免使心懷不安者更加疑慮。第二，李世忠驕縱任性，目前雖無大礙，但將來可能需要加以約束。第三，楊嶽斌軍駐守金柱關以防東壩敵軍船隻，彭玉麟駐守裕溪口以防巢湖敵軍，戰事正緊，不宜移防下遊江麵。第四，洋人用兵長處在於器械精良、軍紀嚴整，短處在於軍費開支過大。若讓官軍效仿其法，恐未得其長，反先增加軍餉負擔。第五，金陵敵軍勢力正盛，不宜輕言招撫。但對主動投誠者，應約束軍士不得濫殺，以引導歸順之路。
附片奏報水師攻占三汊河、陸軍攻克運漕鎮及金陵官軍捷報、皖南各路軍情。另上奏保舉湖南東征籌餉局出力官紳，並附名單請獎。附片特彆保舉江西補用道黃冕、湖南署按察使惲世臨主持東征糧餉事務功績顯著，請旨從優嘉獎。
本月，太平軍又從東壩拖運戰船，企圖進犯蕪湖。前後共有三批敵船通過東壩。
這一年，太平軍與撚軍聯合大舉進犯湖北西北邊境，湖廣總督官文調集湖北駐軍將其擊退，使湖北全境恢複安定。
駱秉章、劉蓉調派湘軍，在敘州境內大敗太平軍首領石達開部。
江忠義在湖南、廣西邊境剿匪。毛鴻賓奉命調回湖南，招募湖南兵勇萬人支援安徽戰場。
都統富明阿協助辦理江北軍務，吳棠代理漕運總督職務。