四月初五日，水師部隊向金柱關發起進攻。
四月初六日，曾國藩外出檢閱湘軍操練。
四月初七日，曾國藩巡視穀米局和火藥局。
四月十五日，曾國藩緊急上奏，報告水陸各軍聯合攻克魯港，陸軍收複南陵縣城，彭玉麟趕赴下遊銅陵、西梁山一帶勘察進軍形勢。同時上奏徽州防軍收複旌德縣城一事。另奏報江南鄉試目前難以舉行，仍請延期酌情辦理。附片奏請恢複餘述祖被革職的處分。
多隆阿率軍攻克廬州府城，敵軍潰逃至壽州。多隆阿率部追擊，大敗敵軍。賊首陳玉成逃至壽州，被苗沛霖擒獲，押送至勝保軍前處斬。
四月二十日，曾國藩之弟曾國荃率軍渡過長江南岸，會同水陸各軍攻克太平府城。二十一日，攻占金柱關、東梁山敵軍據點。二十二日，收複蕪湖縣城，水師繼續進攻沿江敵軍堡壘，向南推進至大勝關。
曾國藩審定了賑濟災民的章程，確保向饑民發放錢糧時公平無偏。同時釋出告示安撫城內外的居民，維持秩序並加以約束。
李鴻章聯合外國軍隊收複了青浦、奉賢兩座城池。
四月三十日，接到皇帝諭旨：“該大臣調度有方，實堪嘉獎！曾國荃等效力軍旅，連克要隘，確實足以震懾賊寇而大快人心！若不予以恩賞，如何彰顯朝廷激勵之意？頭品頂戴江蘇佈政使曾國荃著交吏部從優議敘。候選同知直隸州知州曾貞乾，著賞給迅勇巴圖魯名號，以示鼓勵！朝廷賞功罰罪，一秉至公，並非獨厚於該大臣！該大臣應當督率曾國荃等乘勝進攻，儘殲賊寇，同受重賞，不必再行推辭。欽此。”
本月，都興阿率軍在揚州擊敗賊軍，李世忠追擊逃竄之敵，將其擊潰。江北地區得以肅清。浙江官軍收複台州府城，上海的外國軍隊從海路收複寧波府城，浙東的賊軍勢力有所削弱。皖北的賊軍從河南流竄進入陝西境內，陝西局勢動盪，回民趁機作亂。朝廷下詔命多隆阿率軍進入陝西。曾國藩與官文商議後，決定留下多隆阿部將石清吉等十營兵力，繼續駐守廬州。
五月初三日，曾國藩緊急上奏，報告水陸各軍收複太平府城、蕪湖縣城、金柱關、東梁山等要隘，並附名單保舉王明山、李成謀、李朝斌等二十七人。另附片保舉道員黃冕、李瀚章、趙煥聯等九人，派往廣東協助晏端書辦理厘金分卡征收事務。又附片回覆聖旨，建議江蘇巡撫應駐鎮江，地處適中，占據形勝要地，並責成新任巡撫李鴻章負責辦理。另附片奏結莫祥芝被參劾一案，仍留其在軍營差遣委用。同日，又上密摺陳述勝保、袁甲三辦理軍務的優劣情況，建議責成李續宜專辦安徽軍務。此前曾接到密諭，命其籌議此事。
湖州失陷，趙景賢（諡忠節）被俘後寧死不屈，後來在蘇州遇害。
曾國藩之弟曾國荃率軍攻占大勝關、秣陵關、三汊河等處的敵軍堡壘，聯合水師攻克頭關、江心洲、蒲包洲的敵軍據點，隨即進軍至金陵城外，在雨花台紮營駐守。
五月初四日，鮑超在寒亭、管家橋等地與敵軍交戰，大獲全勝。
五月初五日，覈定削減江西丁漕規費，製定永久章程。
五月初十日，覈定皖南茶引捐厘章程，釋出告示曉諭茶商，要求統一執行。
五月十三日，對在安徽任職的官員進行考覈測試。
曾國藩之弟曾國荃在六郎橋擊敗敵軍。
五月十五日，鮑超在抱龍崗擊潰敵軍，隨後越過敬亭山，向寧國府發起進攻。
五月十七日，曾國藩緊急上奏，報告官軍水陸並進，接連收複秣陵關、江心洲等六處要隘，官軍已進駐金陵雨花台。另附片奏報浙江、徽州、寧國等地軍情，並稱曾國荃所部進逼金陵，駐紮城南一隅，洪秀全叛軍對此習以為常，並未表現出驚慌畏懼之態。
此時應當集中力量會剿江南，先收複財賦重地，其餘各省便可依次剿平。又上奏專折彈劾擅自離營的將領以整肅軍紀。鮑超所部營官陳由立、餘大勝、鄭陽和雖已保舉至總兵銜，卻擅自遠逃，請將這些人革職。並請下旨令湖南巡撫派員將他們押回皖南原營，同時通令各軍，不得擅自收留投效的將弁，以懲治驕橫跋扈之風，杜絕效仿之患。另附密片陳述軍營積弊，建議嚴加懲處，並請將分統霆字營的宋國永實授總兵職務。又附片奏報查覈馮子材所部兵勇鬨事的情況。
五月十九日，曾國藩緊急上奏，報告鮑超所部進攻寧國府，在寒亭、管家橋等地擊敗敵軍，掃平所有敵壘，陣亡將弁鄭永福等十八人請予撫卹。另附片奏請淮揚鎮總兵黃翼升統領水師戰船，已於本月十二日駛過金陵，前往鎮江、上海一帶，建議命其暫代江南水師提督職務，統轄鬆江、上海各軍。又附片彈劾江西河口厘務委員向紹先舞弊巧取，請即革職。另上奏遵旨覈查克複沿江兩岸城隘的六起戰事中出力員弁，並附名單請予獎賞。
五月二十日，釋出告示曉諭江西全省軍民，並下發公文命令各府州縣，永久執行統一製定的丁漕征收章程。
五月二十三日，楊載福（諡號公）休假期滿返回軍營，到安慶拜見曾國藩，隨後前往金陵視察水師。
李世忠歸降的部眾共計數萬人，不領取朝廷糧餉，專靠兩淮鹽利維持。他派員到安慶請求補給，曾國藩調撥軍火、銀兩和糧米供給，李世忠感激喜悅。
五月二十八日，曾國藩呈遞慶賀皇帝萬壽的奏摺，並專折代弟弟曾國荃、曾貞乾叩謝皇恩。
本月，李鴻章率軍收複南彙縣、川沙廳。太平軍大舉進犯青浦、嘉定，外國軍隊戰敗撤退，上海宣佈戒嚴。李鴻章在虹橋迎擊敵軍，取得大勝，鬆江之圍解除，上海防務也隨之解除警戒。李鴻章多次接到移駐鎮江的諭旨，因上海軍情緊急，最終上奏請求直接進攻蘇州，不再移師鎮江。
六月初三日，曾國藩與彭玉麟（諡號公）共同修繕元朝名臣餘闕（諡號忠宣公）的陵墓。工程完成後，親自前往墓前祭奠。
當時安徽省內各級官職多有空缺，缺乏合適官員委派。曾國藩決定每日接見三名州縣佐雜官員，與他們長談，並教導為政之道。
西洋軍隊被太平軍擊敗後，有傳言稱將調遣印度軍隊來上海協同大規模圍剿。曾國藩接到總理衙門公文後，深恐江浙百姓遭受嚴重戰禍，對此深感憂慮。
六月初六日，曾國藩上奏摺回覆：請求不要裁撤南洋通商大臣一職，建議改為長江通商大臣，專門處理沿江四省的中外交涉事務。廣東、福建、浙江三省的交涉事宜，則由當地海關道員負責。同時上奏選拔官員代理安徽各府州縣空缺職位，並附名單呈報。另附片奏稱：安徽地區逐漸收複，急需整頓吏治，請吏部在本年新科進士和拔貢生抽簽分配時，多派十餘名到安徽，以充實官員隊伍，使吏治氣象一新。又附片奏報：上海四麵受敵，李鴻章無法移駐鎮江；多隆阿率軍進入陝西，不能參與合圍金陵。並附陳鮑超、曾國荃兩軍的大致情況。另附片奏明新任甘肅按察使劉於潯因江西本省防務緊要，暫時難以赴任。最後上奏江西士紳商人捐輸軍餉的名單，請予獎賞。
曾國藩的弟弟曾國荃擊退來援的太平軍。
六月初十日，金陵大營營官張勝祿（諡號壯勇公）在作戰中陣亡。
六月十五日，鮑超（諡號公）率軍攻克寧國府城。太平軍將領洪容海獻寧國縣城投降，鮑超予以收編，並藉助其部眾收複廣德州城。曾國藩命令鮑超挑選兩千名降兵留用，其餘人員設法遣散。
六月十六日，金陵太平軍大舉進攻湘軍營壘，曾國藩的弟弟曾國荃率軍將其擊退。
曾國藩正式回覆總理衙門，極力陳述借用印度軍隊協助剿匪的危害，建議應當婉言謝絕這一提議。
六月二十二日，曾國藩上奏摺稱：近日傳聞洋人計劃調遣印度軍隊於秋季大舉來華助剿，臣就此致函與左宗棠、李鴻章商議，二人均認為洋人未必真會采取此行動。然既有此傳聞，應由總理衙門向駐京公使覈實確認，而後以道義為由婉拒，並陳明利害關係加以勸阻。若洋人執意不聽，則須重申此前約定，聲明我軍進攻時無需外援助剿，克複城池後亦不留外兵駐守。
我們正全力與太平軍作戰，不宜再樹強敵，應當以謙遜退讓、忠誠信義的態度與洋人相處，避免猜疑，防止節外生枝，如此方能忍辱負重、成就大事。另附片奏報寧國府收複及各路軍隊情況。又附片奏報浙江失守後，投降太平軍的官員林福祥、劉齊昂、米興朝等人，請由左宗棠審訊後依法處決。又附片奏報提督江長貴請假回鄉安葬親人，其所屬各營暫由唐義訓兼管，並酌情裁撤部分兵力，以節省軍餉開支。又上奏采訪忠義事蹟第七案的奏摺。另附片奏報陽湖、休寧等縣紳士楊錫嘉、汪念祖、胡澤順等人殉難情況，彙總入第七案，分彆請求朝廷賜予表彰和撫卹。
這個月，曾國藩的次子曾紀鴻以縣試第一名的成績考入縣學。
七月初二日，曾國藩緊急上奏：金陵陸軍多次擊退強悍敵軍，陣亡總兵張勝祿請從優撫卹，陣亡軍官劉永祥、鄢蘭亭二人請予撫卹。又奏報鮑超一軍圍攻寧國、克複府城詳細戰況，並開列立功人員名單請獎。陣亡軍官馬勝奎、楚訓武等十一人請予撫卹。附片奏報太平軍將領洪容海率部歸降，建議妥善安置。另上奏摺請求覈查江西受災州縣，減免錢糧賦稅。附片奏請朝廷特旨豁免江西各州縣曆年攤派捐稅款項，使地方官員免於虧累，百姓免受苛征之苦，以整頓吏治。又附奏遵旨推薦西北各省佈政使、按察使人選。另奏請暫緩江南、江西三省軍政考覈。
七月初四日，曾國藩視察輪船機器設備。
七月初六日，李續宜接到喪報回鄉守製，曾國藩暫時代理安徽巡撫職務。李續宜將其麾下成大吉、蕭慶衍、蔣凝學、毛有銘等部軍隊交由曾國藩統一調遣。
七月初十日，曾國藩緊急上奏：安徽巡撫李續宜因喪母請求回鄉守製，請朝廷參照此前胡林翼丁憂之例，準予數月假期，仍令其假滿後回安徽署理巡撫事務。附片奏報近期軍情概況。又上奏采訪忠義事蹟第八案。同時奏請暫緩江南武舉鄉試。另附片奏報水師將領楊載福更名為楊嶽斌。
夏秋之際，氣候異常，暑熱多雨，導致瘟疫大規模爆發，各路軍營中染病者眾多。其中皖南各軍疫情最為嚴重，死亡人數極多；浙江大營次之；金陵大營也受到瘟疫侵襲。各軍被迫暫停軍事行動，休整調養，暫時無法繼續進攻剿匪。
七月十七日，左宗棠率軍在油埠與敵軍交戰，大獲全勝。
七月二十一日，曾國藩上奏摺代李續宜陳情請假回鄉治喪，仍請求參照胡林翼舊例處理。同時奏請袁甲三暫緩移交軍務。附片奏報接到朝廷諭令要求查報軍情，說明袁甲三、李續宜駐地距離較近，軍情奏報較快；而自己奏報需繞道湖北、河南，路途阻滯較慢。現呈上此前三次所發奏摺副本以備覈查，並說明各路軍營因疫病嚴重，近期難以展開軍事行動的情況。
袁甲三派員押解已被革職的鹽運使金安清等人到安慶，交由曾國藩審訊處理。同時，李世忠所部全軍也歸曾國藩統一節製調遣。
李續宜奏報母親去世請求回鄉守製的奏疏尚未送達朝廷，就接到督辦軍務的諭旨，而當時李續宜已病重一個多月。本月朝廷下諭：“該巡撫現遭母喪，著令在軍營中穿孝服守製，改為署理巡撫職務，不必賞假回鄉。欽此。”又下諭：“欽差大臣科爾沁博多勒噶台親王僧格林沁著統轄山東、河南兩省軍務，並調度直隸、山西兩省防兵。所有剿匪事宜，著即與欽差大臣李續宜會商妥善辦理。欽此。”還下諭：“勝保著以欽差大臣身份督辦陝西軍務。欽此。”於是多隆阿所部軍隊，朝廷命曾國藩酌情調度江北裡下河一帶防務；鎮江馮子材所部軍隊，朝廷也命曾國藩統籌兼顧。
李鴻章率軍攻克青浦城，分兵會同外國軍隊渡海進入浙江境內，收複餘姚縣。蔣益澧率領湘軍五千人，從長沙出發，經江西前往浙江。
八月初二日，曾國藩釋出告示，命令鄉民捕殺蝗蟲。
八月初三日，李續宜抵達安慶。苗沛霖率部撤出壽州城及正陽關，李續宜派蔣凝學率軍進駐壽州駐防，蕭慶衍部駐守霍邱縣。成大吉、毛有銘兩軍分彆駐守三河尖和固始縣。總兵王戴駟留守六安州城，而李續宜抱病返回省城，與曾國藩商議上奏事宜，堅持請求回鄉守製。此時撚軍進犯潁州境內，各軍連續出擊，將其擊退。
八月十二日，曾國藩緊急上奏，就接連收到的諭旨逐條回覆：第一，多隆阿部原定增援陝西的計劃中途變更，現返回湖北，應駐紮在南陽一帶，此處為湖北、河南、陝西三省交界，可作為機動部隊使用。第一，裡下河防務，請責成都興阿嚴密防守。現正商議讓楊嶽斌親赴下遊視察防務部署，同時計劃加緊建造太湖水師戰船，用於蘇州、鬆江地區的防禦和清剿，以便騰出黃翼升水軍專門負責淮揚防務，以符合原先的部署方案。
第一，李世忠所部五六萬軍隊占據城池，自成一派，獨攬淮鹽厘金的豐厚利益，難以用常規法令約束。況且他擊退敵軍有功，不可抹殺。現擬暫時維持現狀，不對其耍弄心機，不限製其獲利，也不拒絕其請求，但不過分藉助其力量，也不輕易調動其兵馬，暗中消解其驕矜之氣，或許將來不至於釀成禍端。
第一，李鴻章不能離開上海移駐鎮江，應責成馮子材堅守鎮江，暫不出兵進攻。共四條。另附片奏報：曾國荃、鮑超、左宗棠各營因士兵患病者眾多，未能展開攻勢。李續宜患病未愈，又因母喪哀痛過度，身體消瘦，若強令其留營而不準回籍守製，恐難迅速康複。因此該巡撫自行上奏陳情，不便勸阻。
又上奏籌辦廣德州受降事宜一折。洪容海部投降人數達數萬，現僅令其挑選三千人保留，編為五營，其餘全部遣散回鄉。奏請授予洪容海遊擊虛銜，其部下頭目則分彆賞給頂戴。另附片奏請停止河南省招募湘勇一事，以節省軍費開支。
另附片奏請朝廷下旨，命江西按先前定例，每月撥付漕折銀四萬兩，協濟徽州、寧國軍餉。又上奏彙報第九批忠義事蹟采訪結果。同時附奏將烈婦焦王氏等案例彙總，請予旌表。
李續宜上疏陳情後，朝廷下旨準其休假百日回鄉，期滿後仍須回營督師，期間由唐訓方暫代安徽巡撫一職，袁甲三繼續留守督防臨淮軍務。
廣德州降卒發生叛亂，洪容海率其部眾萬人突圍投奔寧國。
二十九日，曾國藩緊急上奏，回覆朝廷關於湖北巡撫嚴樹森被彈劾各事項的調查結果。同時附奏回覆江蘇巡撫薛煥被彈劾事項的調查情況。此前何桂清受審時，曾出示司道官員聯名呈文，主張退守蘇州。朝廷下旨要求查辦薛煥、查文經等人。曾國藩在奏摺中表示，總督、巡撫權力過重由來已久，司道以下官員迎合上司意旨，不敢違抗，此類情況不必深究。封疆大吏應以守城為重，不應因下屬言論而動搖；朝廷判定大臣罪責應考察其本心，不應以聯名呈文作為依據。
另附片奏報廣德州降卒再次叛亂及當前處置情況。賊軍主力正大舉進犯皖南，而鮑超、張運蘭、朱品隆等部軍中疫病肆虐，張運桂已病故，左宗棠所部病員過半，曾國荃金陵大營染病士兵亦超萬人。臣深恐疲弱之師難擋強敵。此皆因臣才疏學淺而忝居高位，招致鬼神責罰，無力挽回厄運，深夜思及此事，不勝憂心如焚！
曾國藩每日將政務、軍務、糧餉、文書等事務分門彆類，按時間順序依次處理，定為日常功課。
本月，太平軍進犯上海，李鴻章率軍力戰，在七寶街大敗敵軍。外國軍隊攻克慈溪縣。浙江官軍收複處州府。左宗棠在龍遊縣迎擊太平軍，取得大勝。
閏八月初四日，製定江西厘金稅局章程。當時厘金稅收逐漸減少，曾國藩發文要求各關卡稅局官員按月比較稅收數額，以增減情況評定政績優劣。
十一日，安葬桐城儒士方東樹、戴鉤衡、蘇厚子等六人，皆因戰亂未能及時下葬。併爲他們立碑，以表彰其生平。
十二日，曾國藩緊急上奏，建議唐訓方暫代安徽巡撫後仍應駐守臨淮，接管袁甲三所部軍隊，使湖北、安徽兩地官軍協同作戰。另附奏片報告長江以南地區疫病盛行，其中寧國境內疫情最為嚴重，金陵、徽州、衢州次之。水師及上海、蕪湖各軍同樣疫病蔓延，官兵接連病亡。
鮑超所部軍隊病亡數千人，麾下猛將黃慶、伍華瀚等相繼去世。鮑超、張運蘭、楊嶽斌均身染重病。皖南道姚體備、營務處甘晉更是一病不起。天降災禍，近世罕見，噩耗接連傳來，令人心膽俱裂！
倘若敵軍大舉進犯，我軍在攻守方麵都無把握，甚至想要暫時撤退以圖重整旗鼓都難以實現。臣自知德行淺薄、纔能有限，不足以扭轉厄運、支撐危局。懇請皇上選派在京城的親信大臣，火速趕赴江南，分擔重任，挽救艱難局勢，或許能稍作補救。臣絕不敢有絲毫推諉之心，以致貽誤軍機。