二十一日，船隊停泊在黃石磯。曾國藩的弟弟曾國荃、曾貞乾以及楊載福都前來會麵。曾國藩派遣官員勘察皖南山區的道路情況。
二十三日，曾國藩發公文給江西糧台，撥付白銀數千兩，委派守備成名標前往廣東采購西洋火炮。
二十六日，曾國藩向巡捕、門印、簽押等各級屬員釋出訓令，訂立三條禁令：一不準欺壓地方官員，二不準收受賄賂禮品，三不準舉薦私人關係。全文共計六百餘字。二十七日，曾國藩離船登岸，抵達東流縣。
二十八日，曾國藩抵達建德縣，視察普承堯所部軍營，並接見各營哨官。
當月，張玉良被革職但仍留營效力，由瑞昌公統率江南各路軍隊。江蘇巡撫薛煥駐守上海，暫時代理兩江總督職務。鬆江府一度失守，官軍隨即收複該地。
六月初三日，曾國藩駐守建德縣。他緊急上奏稱：安慶圍城之軍不可調動，此舉意在形成以上遊壓製下遊的戰略態勢。臣所率南岸部隊當先固守徽州、寧國等要地，暫不深入敵境，以免賊軍包抄我軍後路。至於地方政務，亦不可視為次要之事而延誤處置。
臣在皖南設立行營駐紮，同時在安慶江畔設立老營，其規製與行省官署相仿。曆年文書檔案均存放於江畔官署，專門委派司道級官員負責管理。地方日常事務即交由該署代為處理，重要事項則彙總密封送至行營稽覈辦理。此乃臣為兼顧軍務與地方政務所采取的權宜之計。
另附奏片：請求恢複已革職守備成名標的原官職。又附片奏請：水師各營候補候選官員，請依照鹹豐六年奏準的先例，按各自晉升的官階給予封典。再附片奏請：調四川萬縣知縣馮卓懷來營任職。又上奏副將成發翔恢複原姓歸宗一事。初四日，拔營啟程。
初九日，行軍途中接到聖旨：曾國藩現已調集兵勇萬人，由宿鬆進駐祁門，待鮑超、張運蘭、李元度到齊後，即刻分路進兵。足見其胸有成竹，謀定後動。但江蘇軍情緊急，該署督應催促鮑超等速來會師，共商進剿。援軍早到一日，百姓便早一日脫離苦難，朕甚為期盼。該署督現統兵力尚顯單薄，不可輕率冒進，務必持重行事。欽此。
十一日，曾國藩率部抵達祁門縣。各路軍馬陸續集結，他親自調派兵力擇要地駐防。
十三日，曾國藩專門委派官員管理地方文書檔案。由於當時公文日益增多，便仿照常規官署製度，分設吏、戶、禮、兵、刑、工六科，選派書吏分類收存，最終彙總至安慶老營統一保管。
十六日，上奏報告抵達祁門日期的奏摺。同時奏明：鮑超、張運蘭都難以按期到達安徽，左宗棠、李元度新招募的兵勇，要到七八月間才能陸續前來。臣目前兵力過於單薄，不敢貿然進軍。
另具奏摺稱：楊載福、彭玉麟原為臣之舊部，現又奉旨歸臣調遣，自當遵旨辦理。但軍情瞬息萬變，奏報不可延誤。楊載福統領水師，其謀略、勇略、器識均遠超諸將。所有江麵戰守事宜，仍令該提督自行具折上奏。
另附奏片：臣奉到諭旨，徽州、寧國等府本屬臣兼轄範圍，該處軍務亦由臣督辦，以統一事權。經查徽、寧兩地兵勇戰力不足。臣初至祁門，對當地情形尚不熟悉，兵將尚未到齊，不便立即接管皖南軍務。張芾所轄各軍，應暫由該副都禦史繼續統籌調度。
同日，又與官文、胡林翼聯名上奏，請求調派左宗棠率軍來皖。當時張芾在徽州遭人彈劾，而左宗棠此前已奉旨前往四川督辦軍務。
曾國藩統兵八年，轉戰兩湖、江西、安徽等省，與地方大員形成主客分治之勢。此時兼任封疆大吏，政務紛繁。於是以安慶江畔為總營，設立行營衙門，奏請派遣要員統管地方文書，委任官員分管銀錢、軍械、司法等事務，頒佈軍營製度條例，整訓各營將士。
刊印《居官要語》一書，用以訓誡下屬官員，並秘密行文各司道官員，要求舉薦或彈劾屬員；同時發文各營統領，要求舉薦或彈劾營官哨弁，均可用密信直接上報。又行文命令道府州縣官員，查訪地方利弊、山川險要，留意轄境內有才乾的士紳百姓及農桑畜牧情況。對於當前急需辦理的事務，均以書麵函件形式批覆處理。
釋出告示曉諭江南江北士民共六條：第一，禁止官民奢侈之風。指出吳地民風本善，而遭禍患的根源在於過於繁華。第二，命士紳百姓舉薦人才。認為以兩江本地人才，足以平定兩江之亂。第三，妥善安置流民。凡世家大族、飽學儒士與為國殉難者家屬，均令地方官特彆撫卹，貧困者發放口糧。
第四，征求批評意見。凡本人過失及軍中弊端，允許據實直言舉報。第五，表彰忠義節烈。在行營設立忠義局，委派專員查訪覈實，詳細記錄事蹟，或由地方官上報，或由家屬鄰裡直接呈報，定期彙總奏請朝廷。申請建立總祠總坊，對殉難尤為壯烈者，另建專祠專坊，以告慰忠魂，匡正風氣。
第六，禁止擅自辦團練。自戰事興起以來，各省團練從未見守城殺敵之功，反多有斂財擾民之害。此後若非指定地區、特定人員，不得擅自組建。凡此前各地練丁支領口糧者，一律予以裁撤。又釋出告示曉諭軍中兵勇，嚴禁騷擾百姓，三令五申，措辭極為懇切。
接見各地方官員時，教導他們要以廉潔沉靜為根本，以善於聽訟斷案為要務。即使在軍務繁忙之際，各項事務依然井然有序。
二十日，其子曾紀澤來軍營探望。
江蘇境內城池幾乎全遭賊軍侵擾攻陷，百姓紛紛逃往上海避難。賊軍又攻陷鬆江，進犯上海，薛煥率官軍堅守。進入浙江的賊軍包圍湖州，逼近杭州，並分兵攻占周邊州縣。皖南賊軍加緊圍攻寧國，形勢危急。官紳紛紛請求曾國藩率軍救援，每日收到的公函私信多達數十封。但因軍隊尚未集結完畢，曾國藩無法立即出兵增援。
曾國藩在軍營時，天未亮就起身，黎明時分便出巡營壘，檢閱操練。正午時分處理公文，接見幕僚賓客，剩餘時間則研讀經史典籍，不讓自己有片刻安逸。他常說時局艱難，唯有勤勉勞心者方能補救。數十年來，無論是治軍還是為官，即便身處困苦險境，乃至功成名就之時，始終保持著這樣的作風。
二十四日，接到皇帝諭旨：任命曾國藩為兩江總督，並授予欽差大臣銜，督辦江南軍務。欽此。
七月初三日，曾國藩緊急上奏，就奉旨斟酌進兵併兼顧皖南軍務一事呈遞奏摺。奏摺稱：臣自抵達祁門後，瑞昌、王有齡多次催促臣增援浙江，張芾也催促調兵救援寧國。臣奉諭旨，奉命權衡處理。因鮑超尚未從湖北返回，張運蘭部雖已進入江西境內，又被江西巡撫毓科留下駐防。
袁州新招募的軍隊尚未集結完畢，統兵將領也還未到任，若此時往返商議調兵之事，不過是空談而已。不如等兵將齊備後，觀察敵軍勢力最盛之處，迅速進兵全力圍剿。至於徽州、寧國兩處防軍，多年來支取浙江軍餉累計約千萬兩，浙江方麵視其為重要屏障。如今該省自身並無其他防守兵力，一旦防線儘失，任由敵軍長驅直入，致使杭州百姓慘遭劫難，周天受、張芾二人難辭其咎。
皖南地域廣闊，處處與江蘇、浙江接壤，如今賊寇肆虐，幾乎全境淪陷。但此地既屬臣兼轄範圍，自當竭力統籌兼顧。若奉旨由臣督辦皖南軍務，則實在無力再顧及浙江防務。另具折保舉道員李鴻章，懇請朝廷授予其江北地方實職，負責籌建淮揚水師。
另附奏片：江南河道總督一職奉旨裁撤，擬增設總兵一員，特此保舉水師營官副將黃翼升，請朝廷授予其淮揚鎮總兵職務。又附片奏報湖南平江縣捐資修建忠義祠，集中祭祀陣亡將士，請將其列入國家祀典，並命地方官員每年春秋兩季舉行祭奠。
另附奏片：臣在行營設立忠義局，負責查訪江蘇、安徽等省曆年剿賊陣亡及遇難的官紳士女，隨時奏報朝廷，分彆予以表彰撫卹。現以寧國縣殉難紳士程枚一家男女十人作為首批呈報案例。
初七日，兵部通過緊急驛遞送達補授兩江總督的諭旨。同日接到上諭：薛煥偏居上海一隅，兵力薄弱，恐難有效剿敵。目前蘇南、常州一帶缺乏重兵進剿，都興阿仍駐守英山。江北各部清軍無人統一指揮，朕深恐賊寇北竄，屆時剿辦將更加棘手。曾國藩現已被任命為欽差大臣，軍政大權歸於統一，責任無可推卸，長江南北兩岸均需妥善部署。朝廷命其立即催促左宗棠、李元度、鮑超、張運蘭等將領率部集結，從池州、廣德分路進軍，收復甦州、常州等地。江北地區防務尤為緊要，應如何安排調度，也須提前籌劃妥當，避免臨事倉促。該大臣肩負如此重任，務必統籌全域性，迅速掃清逆賊，以不負朝廷重托。欽此。
初十日，在軍營門外設置木製意見箱，允許軍民人等投遞書信陳述事務。
十二日，曾國藩呈遞謝恩折。皇帝硃批批示：愛卿多年在軍營曆練，經驗已深。但不可固執己見，務必虛心用人，與同僚和衷共濟，但也不可缺乏主見。欽此。曾國藩又上奏了通盤籌劃全域性的奏摺。
奏摺中陳述：左宗棠、李元度、鮑超、張運蘭等將領均未抵達安徽。近日聽聞流竄杭州的賊匪回攻廣德，州城已經失守。寧國府城現被賊眾四麵圍困，孤立無援。目前皖南局勢岌岌可危。待臣所部軍隊集結完畢後，必須先攻取廣德，救援寧國，無法繞過安徽境內直接進軍蘇州、常州，致使上海、嘉興等地更加難以兼顧。
由於文書傳遞受阻，實在難以兼顧全域性。至於江北軍務，雖多次接到聖旨催促都興阿速赴揚州，但至今未能成行。依臣之見，淮安、徐州民風強悍，不愁招募不到兵勇，隻愁缺乏訓練有素的將領。臣準備立即致函與官文、都興阿商議，請他們酌情率領楚軍千人先行趕赴。
抵達江北後，將采用楚軍的營製來訓練淮安、徐州的兵勇。倘若能從中培養出一兩名傑出將領，那麼兩淮地區的精銳部隊，其聲威將不亞於三楚之師。臣定當竭儘所能勤勉行事，若力有不逮，也絕不敢欺瞞掩飾。另又上奏保舉新授浙江溫處道李元度調任補授皖南道一職的奏摺。
江浙地區賊寇氣焰囂張，紛紛向曾國藩請求增援。十四日，接到朝廷命其派兵增援寧國的聖旨。十五日，接到要求從嚴州轉戰東進馳援浙江的聖旨。十七日，接到統帥部隊南下收復甦州、常州等郡縣的聖旨。二十一日，又接到派兵救援浙江省的聖旨。
二十三日，曾國藩緊急上奏回覆四次諭旨的奏摺，奏稱：臣從皖南進軍，以緊急救援寧國、迅速攻取廣德為首要任務。若兵力無法兼顧，則以全力救援寧國為優先。徽州、寧國等地賊寇猖獗，皖南局勢動盪，臣的軍隊尚且岌岌可危，如何能保護浙江？更遑論收復甦州、常州？
目前兵力尚未集結完畢，對上不能分擔皇上日夜操勞的憂慮，對下無法滿足江南百姓翹首期盼的願望，臣內心深感愧疚，惶恐至極。另附奏片陳述：團練一事實為地方大害，皖南山區道路複雜，若能修築碉堡、設立關卡，尚可加強防禦。
在籍編修宋夢蘭，深受眾人稱讚，請朝廷賞加侍講銜，命其督導士紳百姓修築碉堡。另附片奏保安徽按察使毛鴻賓足以勝任江蘇佈政使之職，又奏報江長貴收複廣德州城的戰況。
當天，接到朝廷要求設法救援上海危急的聖旨。又接到命令派兵增援寧國的聖旨。二十四日，張運蘭抵達祁門大營。二十八日，率軍從徽州、旌德出發，前往增援寧國。
本月，薛煥率軍擊退賊寇，上海解除戒嚴。張玉良攻打嘉興未能攻克，全軍潰敗，杭州進入戒備狀態。賊寇攻陷金壇縣，周天孚等將領戰死。賊寇屠殺極為殘酷。京口將軍巴棟阿駐守鎮江府，派提督馮子材進攻丹陽。
八月初一日，曾國藩前往漁亭巡視軍營。接到聖旨：張芾立即進京，所有皖南軍務統歸曾國藩督辦，周天受交由曾國藩調遣。欽此。又接到聖旨：薛煥奏報江南賊寇勢力蔓延難以控製，隻有用重兵直取金陵，賊寇必定回救老巢等語。著曾國藩根據實際情況，或可先攻金陵，以牽製賊軍等因。欽此。
曾國藩調派副將宋國永暫代鮑超統領霆字營全軍，進攻涇縣以增援寧國。李元度新招募的平江勇抵達江西貴溪，曾國藩立即調其前來徽州會合剿匪。
初三日，緊急上奏張運蘭、宋國永分路進軍的日期。附片奏報：上海形勢已經緩解，臣的軍隊暫時無法立即進攻金陵。又附片奏報：杭州危急，浙江賊寇勢力龐大，不是幾千人能夠救援的。必須等左宗棠的新軍到達後，配足一萬人，才能前往杭州增援剿匪。駱秉章奉命督辦四川軍務，奏請左宗棠入蜀，導致湖南本省空虛，人心恐慌，左宗棠未能成行。懇請皇上下令駱秉章暫緩入蜀，讓左宗棠日夜兼程趕來安徽，集合兩湖、江西的全部力量，以救援浙江並進攻江蘇，或許能有一線希望。
初七日，李元度率軍抵達祁門。
賊寇再次攻陷慶德州，並進犯寧國府。初九日，朱景山在戰鬥中陣亡。十二日，寧國府城失守，周天受戰死。至此，周氏兄弟已有三人殉難。
十四日，李元度前往徽州接管防務。
二十日，鮑超抵達祁門，曾國藩命其立即趕赴軍營，同時將大營移駐至祁門城北。
二十三日，曾國藩緊急上奏：援軍剛出發，寧國府城即告失陷，徽州進入戒嚴狀態，請求朝廷對自己予以處分；鮑超延誤軍期未能按時抵達軍營，請革除其勇號，但仍責令其率軍進剿；道員廖士彥奉命押送浙江軍餉，聽聞警報後擅自折返，導致寧國守軍因缺糧潰敗，請立即革職查辦；周天受壯烈殉國，待查明詳情後另折請予撫卹。
附片奏報：詳細陳述自己身在皖南卻心繫江浙戰局，待局勢稍穩後必將分兵馳援江蘇，以履行原先承諾。
又附片奏報：臣所率軍隊及皖南防軍軍餉需求巨大，目前從江西牙厘局征收的款項遠不敷用，懇請聖旨飭令江西每月撥解漕折銀五萬兩，以接濟徽州、寧國防務；另請陝西每月協解銀二萬兩，專供安慶駐軍。此項協餉以三個月為限，期滿即行停止。
又因前次奏摺奉到皇上批諭，開導愚昧，指示周詳。特附片陳明臣謹遵聖訓、感激涕零之情。
李元度率軍抵達徽州。敵軍主力從績溪方向大舉進犯徽州，平江勇部隊戰敗潰散，原駐防官軍也隨之潰退。二十五日，敵軍攻陷徽州府城，兵鋒直指祁門。曾國藩緊急調令鮑超率軍回防漁亭，張運蘭率軍回防黟縣，以阻擋敵軍攻勢。
左宗棠率軍抵達南昌，曾國藩緊急發函調其駐守樂平、婺源一帶，以防敵軍竄入江西。當月僧格林沁在天津戰敗，京城宣佈戒嚴。勝保上奏請求急調外省援軍，皇帝車駕移駐熱河，恭親王留守北京。
九月初一，曾國藩派兒子曾紀澤前往安慶大營，並命其從安慶返回湖南，同時寫信予以訓導。
初四，李續宜率領四營軍隊抵達祁門。
曾國藩聽聞京城的警訊，悲痛難抑。初六日，他緊急上奏稱：臣自恨軍威不振，剛接手皖南防務，短短十天內，徽州、寧國相繼失陷。又聽聞外敵入侵，逼近京畿。東望吳越之地，未能分擔皇上多年憂勞；北望灤陽行宮，驚聞君父遭遇非常之變。臣既慚愧又憤恨，淚下如雨！懇請天恩，在臣與胡林翼二人中選派一人，帶兵北上，略儘微薄之力，稍解滔天之恨。
同時，他上奏徽州失守一事，自請交部議處。並呈送恭親王一道文書。
曾國藩與李續宜商議北上增援的各項調度事宜。李續宜在軍營停留十日後離去。曾國藩又致信胡林翼，擬定八條關於北援的建議。不久因和議達成，朝廷下諭：皖南皖北正值緊要關頭，若該大臣等率軍北上，恐逆匪乘虛而入，侵擾安定地區，江西、湖北皆堪憂慮。曾國藩、胡林翼均不必來京。
該大臣剛接手皖南防務，就接連丟失兩座城池，雖因糧餉短缺、兵力不足，但終究是籌劃不夠周密。現命你立即整頓軍心，再接再厲，不可因一次挫敗就損及軍威。李元度智勇雙全，此次失利實在可惜！人才難得，命你即刻查明其下落並上奏。欽此。
十六日，曾國藩緊急上奏，詳細報告提督周天受壯烈殉國的經過，請求恢複其原職，並給予優厚撫卹，在寧國府為其建立專祠。周天受的胞弟周天培、周天孚先後為國捐軀，一門忠烈，請求在其四川原籍為三人合建祠廟。署理皖南道福鹹、寧國知府顏培文、宣城縣令王乃晉、副將朱景山均請求從優撫卹。
皖南道李元度請革職查辦，徽州知府劉兆璜等人請革職處分。陣亡同知童梅華、守備張斐文二員請予撫卹。另附奏片請求降旨命廣西佈政使蔣益灃率所部三千人，迅速由江西進入安徽，與左宗棠軍會合，共同東征。
另奏報皖南皖北近期軍情及賊寇動向。左宗棠部已抵達樂平縣。賊寇從徽州分兵進犯浙江，攻陷嚴州府城。
十八日，接到朝廷調兵援救上海的諭旨。二十八日，又接到調兵援救鎮江的諭旨。當月，賊軍進攻鎮江府，被巴棟阿、馮子材率軍擊退。都興阿抵達揚州，接掌江北軍務。
十月初四日，曾國藩緊急上奏《統籌緩急機宜折》，奏稱：臣麾下僅左宗棠、鮑超、張運蘭三支軍隊尚堪調用，已呈應接不暇之勢。皖南防務根基未固，實難分兵馳援鎮江、鬆江。另附片奏報鮑超、張運蘭會攻休寧縣獲勝戰況。又附片奏稱：籌辦淮揚水師事宜，擬先於長江上遊趕造戰船，請截留江西應解送江北餉銀二萬兩，暫行挪用以資週轉。
另上奏摺，查明江蘇金壇縣守城殉難官紳，包括總兵蕭知音、參將周天孚、知縣李淮、紳董吳秉禮等七十三人，開列名單請予撫卹，並請求在金壇縣建立總祠，合祀諸殉難者。附片奏報丹陽縣知縣方浚泰陣亡，請予撫卹。又附片奏請延長江南、江西各營將弁考覈舉薦的年限。
初九日，曾國藩離營前往黟縣巡視山嶺道路。
十四日，返回祁門大營。
十九日，賊軍從羊棧嶺突入，黟縣失守。曾國藩下令祁門各營嚴加防守。
二十日，鮑超、張運蘭率軍在黟縣擊潰賊軍，賊軍敗退出嶺外。
廣東韶州一帶的賊匪流竄進入江西贛南地區，進犯建昌，攻陷河口，接連侵擾廣信、饒州所屬各縣。左宗棠率軍抵達景德鎮。二十二日，分兵在貴溪擊敗賊軍，收複德興、婺源兩座城池。殘餘賊匪潰散逃入浙江境內。
二十六日，曾國藩緊急上奏休寧大捷及收複黟縣戰況，並隨折保舉鮑超請加字勇號，張運蘭請交吏部從優議敘。同時保舉營官楊鎮魁、婁雲慶、張玉田、餘大勝四人。附片奏請將鮑超軍中副將宋國永、黃慶、陳由立優先補授實缺。另專摺奏陳已故按察使蕭啟江戰功卓著，懇請賜予諡號並在湖南、江西建立專祠。代奏新任淮揚鎮總兵黃翼升謝恩折。附片奏報安徽學政邵亨豫患病請開缺回籍。又附片彈劾代理懷寧知縣莫詳芝。
二十七日，左宗棠抵達祁門大營，與曾國藩商議軍務。停留數日後返回景德鎮。當月張玉良率軍收複嚴州府，多隆阿在桐城大敗賊軍。十一月初四日，賊軍攻陷建德縣，普承堯部潰敗。隨後賊軍又攻占東流縣。
當時朝廷商議借外國軍隊協助剿滅金陵的賊軍，並委托洋商采買糧食運往天津，以替代南方漕運。奉旨令曾國藩斟酌情況上奏。初八日，曾國藩上折陳述意見，並說明西洋各國的情況，且稱：和議雖成，中國豈能忘記防備？河道既已改道，海運豈能不行？目前借其兵力協助剿匪和運輸糧食，可緩解一時之憂，將來學習其技術製造槍炮船隻，更可謀求長遠之利。附片奏報建德失陷及皖南皖北近日軍情。又附片奏：遵旨查辦安徽道員蕭盛遠在和春軍營失職的實情，請將其革職發配新疆。
皖南鎮總兵陳大富率軍駐守南陵縣，帶領軍民堅守數月，糧草耗儘，援軍斷絕，四麵被賊軍包圍。楊載福率領水師戰船駛入魯港，攻破賊軍營壘，成功救出陳大富全軍及當地百姓十餘萬人，將他們安置在東流縣城，沿江兩岸歡聲雷動。
建德失陷後，普承堯退守九江。賊軍分兵兩路，一路侵擾彭澤、湖口、都昌，一路進犯浮梁、鄱陽、景德鎮。彭玉麟率水師趕赴湖口，收攏陸路潰敗士兵，協助防守湖口，使城池得以保全。十四日，分兵收複都昌、鄱陽；楊載福率水師收複東流、彭澤；左宗棠分兵收複浮梁。十七日，曾國藩派唐義訓率軍攻克建德縣。
曾國藩接管徽州防務時，調集原駐防部隊，命副將楊名聲率一軍駐守上溪口，副將王夢麟、程永年率一軍駐守江灣，扼守東路。同時調鮑超部回防祁門。賊軍攻陷上溪口、江灣各營壘，守軍潰退。曾國藩遂命提督江長貴收攏潰兵，整編成軍。十九日，北路賊軍越嶺進犯。二十日，鮑超率軍返回黟縣，與張運蘭部在廬村合擊賊軍，大獲全勝。
當時，皖南賊軍分三路包圍祁門，企圖圍困曾國藩：一路從祁門西麵進犯，直逼景德鎮；一路從祁門東麵攻陷婺源縣，繼而南竄玉山；一路由祁門北麵越嶺南下，直撲曾國藩大營。廬村大捷後，曾國藩調鮑超部趕赴景德鎮，與左宗棠合力堵截賊軍，確保糧道暢通；張運蘭部仍駐守黟縣。當時賊軍四麵逼近，軍情緊急，文書傳遞、糧餉運輸幾乎中斷，連續十五天形勢極其危險，又逢寒風陰雨天氣。自統軍以來，此時最為艱難危急。二十一日，雨過天晴，賊軍退至羊棧嶺外，軍心才得以安定。
候選知府馮卓懷抵達軍營，曾國藩委派他巡查皖南地區的碉堡防禦工事。
二十八日，曾國藩緊急上奏，彙報左宗棠部在貴溪取得大捷，接連攻克德興、婺源兩城，十日之內轉戰三百餘裡，實屬指揮迅速、將士用命。隨摺奏請嘉獎王開化、楊昌濬、劉典等十三人。同時奏報建德失守後，官軍迅速收複，請求將九江鎮總兵普承堯革職查辦。隨摺奏保唐義訓、朱聲隆、沈寶成、黃惠清、陳玉恒、葉光嶽六人。附片奏稱：自安慶合圍以來，江北戰場在桐城激戰，江南戰場則賊軍麇集徽州，其目的無非是企圖救援安慶。
此次南岸賊軍分三路大股兵力包圍祁門，形成大範圍包抄之勢，企圖切斷我軍糧道，牽製我軍行動。賊軍的狡詐圖謀顯而易見。如今西路大股賊軍尚未退卻，但各城已被我軍收複；東路賊軍已向南逃竄；北路賊軍曾遭重創，應當不敢再進犯山嶺，局勢有望轉危為安。這是近日軍情的大致情況。
本月，增援的賊軍進犯安慶，被曾國藩的弟弟曾國荃擊退。
十二月十三日，曾國藩上奏摺報告賊軍進犯湖口，彭玉麟率水師堅守，並派戰船收複都昌縣城。奏請將彭玉麟交軍機處記名，遇按察使職位空缺時優先任用。隨折保舉副將成發翔、都司丁義方二人，併爲陣亡將士李逢貴、吳修霖請恤。又奏報提督楊載福率水師成功解救南陵全軍，保全百姓十餘萬人，妥善安置。楊載福出奇製勝，請賞賜荷包、扳指等物以示嘉獎。其麾下立功將弁由楊載福另行保奏。
又上奏摺，詳細報告官軍在黟縣廬村大捷及在小溪、漁亭等地迎戰賊軍的情況。同時上奏上溪口、江灣兩處營盤失陷一事，請求將副將王夢麟、程永年革職，楊名聲已被參劾革職，不準繼續留在軍營。另附清單呈報上溪口、江灣兩營陣亡將士徐祚明等二十人，休寧、黟縣陣亡及受傷將士陳青雲等二十一人，以及水陸各營前後陣亡、病故將士張繼興等五十四人，請求撫卹。並附奏片陳述皖南、江西全域性形勢。
此前敵軍四麵進逼時，有人建議曾國藩將大營移至江岸，以便與水師相互策應，或退守江西境內。但曾國藩素來不願輕易撤退動搖軍心，堅持固守數十日後，局勢才逐漸穩定。時值隆冬嚴寒，各軍與敵軍相持不下，未發生大規模戰事。曾國藩自述精力日漸衰退，有時幾乎難以支撐，但他胸懷坦蕩，不再計較成敗生死，因此心中不生煩惱。
浙江巡撫王有齡上奏請求調遣處州鎮總兵劉培元、候選道金國琛赴浙江任職。曾國藩接到朝廷諭旨後，於二十八日上奏回覆：劉培元目前仍在湖南，能否赴浙應由湖南巡撫斟酌後上奏；金國琛現於安徽李續宜軍營中負責營務，無法立即趕赴浙江。
又上奏稱，湖南官紳設立東征局，在本省厘捐之外，適當加抽厘金，用以接濟皖南、皖北兩軍糧餉。凡茶商等抽收厘金較多者，應參照江西茶捐先例給予獎勵。請朝廷下令戶部頒發執照，寄交湖南經辦機構填寫使用。
另附奏片稱：湖南向來食用淮鹽，自太平軍作亂後，運輸通道受阻，湖南遂改食川鹽。今年四川鹽井遭賊軍破壞，鹽價飛漲。臣在江西時曾奏請借調浙鹽充餉，現擬參照舊例，借運粵鹽至湖南銷售，並酌收厘金以抵補淮鹽課稅，仍可作為兩江總督任內應籌之餉項。請旨令戶部覈查辦理。
又上奏請求朝廷選派九江鎮總兵人選。同時呈報近期江西、安徽軍情。另奏請將桐城縣知縣杜滋、銅陵縣知縣柴時霖調離現職改任教職。此外奏稱：臣駐紮祁門，距離京城較遠，朝廷公文送達軍營多有延誤，諸多不便。懇請下令軍機處，今後凡遇臣處上奏事項，在批覆發下奏摺當日，將相關諭旨一併抄送下發。
又上奏呈報采訪忠義第二案，包括殉難的官紳士民婦女共二百五十九人。另附奏片報告：常州武進縣舉人趙起全家男女共三十二人，在常州府城殉難；陽湖縣職員曹禾因守城傷亡，均請朝廷從優撫卹，並請為趙起建立專祠。此為第三案。
這一年，東南地區賊寇作亂正盛，唯有陝西、山西較為安定，其餘各省戰事紛雜難以儘述。曾國藩身居要職，統轄範圍廣闊，所上奏章較往年更多。此後例行奏報案件繁多，無法一一詳載。