曾文正公年譜卷二
鹹豐三年（1853年），曾國藩四十三歲。
鹹豐三年正月，曾國藩在長沙督辦街團事務，委派在籍的江蘇候補知州黃廷瓚、安徽候補知縣曹光漢負責編查保甲。他采用書信勸諭的方式，而不使用公文告示。同時，他還寫信給各府州縣的士紳，大致意思是：辦團練最難的是籌集經費，應當選擇合適的地方和人員來推行。當前最緊要的任務是清查保甲，區分良民與歹徒，以剷除暴徒來安定良民。遇到匪徒，可秘密寫信報告，他會立即設法抓捕懲處。這樣既能減少公文往來的繁瑣，又能確保案件必破。信中提到的“不要錢，不怕死”兩句話，是曾國藩自勉的誓言，一時廣為傳頌。
十一日，張亮基啟程赴湖北代理總督職務，江忠源隨行。留在長沙的楚勇部隊，由江忠濟和劉長佑接管統領。
二十二日，耒陽、常寧兩地報告有匪徒聚集在白沙堡，並侵擾到嘉禾縣境。曾國藩調派劉長佑、李輔朝率領五百名楚勇，王錱率領三百名湘勇，於二十五日出發追剿。軍隊尚未抵達，常寧、耒陽的匪徒聽聞風聲便已潰散。此時恰逢衡山縣草市一帶土匪作亂，楚勇和湘勇便留在衡山，一戰將其平定。
二月初三日，接到皇帝諭旨：“地方大員若能剷除奸惡，即可保護良民。著令代理總督、巡撫等認真查辦，並會同在籍侍郎曾國藩考察地方情形，籌劃如何組織團練以加強防衛，務必妥善辦理。欽此。”十二日，曾國藩上奏《嚴辦土匪以靖地方》一折，奏稱：“湖南會匪名目繁多，近年來地方官員一味掩飾縱容，致使其氣焰囂張。若不施以嚴刑峻法，實難遏製禍亂苗頭。”
當時曾國藩在長沙城魚塘口設立行轅，開設審案局，委派候補知州劉建德、照磨嚴良畯負責審訊抓獲的匪徒。一經審訊確認，便立即從嚴懲處，或持巡撫令旗就地正法，或當場杖斃。根據匪徒性質分為會匪、教匪、盜匪及普通地痞流氓等類彆，按情節輕重分彆處置。曾國藩主張采用嚴刑峻法剷除強暴，即使揹負殘忍嚴酷的罵名也在所不惜。這份奏摺呈上後，皇帝硃批道：“剿辦土匪必須從嚴，務求徹底根除。欽此。”
先前太平軍進犯長沙時，朝廷調集各省官兵數萬人防守。待太平軍東下後，部分散兵遊勇滯留湖南，或數十人、或上百人結夥，在附近鄉村出冇。他們遇到湘江上往來的商船，便以征用軍需為名強行扣押，勒索錢財。商旅畏懼，水路商貿幾乎停滯。曾國藩抓獲三名強封民船的四川籍散兵，直接下令斬首，並將首級懸掛江邊示眾。自此遊兵散勇銷聲匿跡，江麵船隻往來暢通無阻。
太平軍攻占武昌、漢陽兩城後，大肆劫掠民船數千艘，於正月初強擄壯丁婦女數十萬人，驅趕登船順長江東下。其水師旌旗遮天蔽日，沿江城鎮相繼失守。十一日攻陷九江府城，十七日占領安慶省城。二月初十日攻克江寧省城，將軍祥厚、總督陸建瀛等官員殉國。太平軍遂定都江寧，建立偽政權，修建宮殿，並分派林鳳祥等部北上。二十一日攻占鎮江府，二十三日奪取揚州府，均派兵駐守。向榮統率十餘萬清軍追擊至金陵時，城池已陷，隻得在城外紮營。琦善則率領北方各路清軍圍攻揚州。至此形成江南大營與江北大營兩大軍事據點。
劉長佑等人平定衡山土匪後，殘餘匪徒逃竄至攸縣境內，清軍隨即率兵追擊圍剿。此時安仁縣又有土匪作亂，他們劫獄焚燒官府衙門。在籍候選知州張榮組率領數百名鎮筸兵勇，與楚勇聯合進剿，最終將其平定。
江忠源奉命前往湖北，不久被任命為湖北按察使，隨後又奉調赴江南大營協助軍務。江忠源致信曾國藩，提出當前剿匪之策必須聯合江西、湖南、安徽各省，建造戰船數百艘，調集福建、廣東水師數千人，先肅清長江水域，而後才能收複武昌、漢陽、江寧三城。否則沿江各省將後患無窮。曾國藩籌建水師的構想，由此開始萌芽。此時湖北崇陽、通城兩縣匪患嚴重，聚集黨羽數千人。江忠源於三月初率兵回師湖南剿匪，曾國藩命江忠濟率領所部楚勇從平江前往會剿。初五日，劉長佑率楚勇返回長沙，曾國藩也命其急赴崇陽、通城參與圍剿。經過三次戰鬥，匪徒被徹底殲滅。江忠源於是率領全部楚勇東下江南。
省城招募的湘鄉練勇千餘人，署理巡撫潘鐸提議裁撤遣返。曾國藩此前已調取其中三百餘人，由王錱率領在衡州、永州等地剿匪。未被裁撤的練勇則堅持每日操練。當時塔齊布代理長沙營都司，其忠勇為一時之冠，但少有人知。曾國藩一見便大為賞識，委派他秘密緝捕數名大盜，均成功擒獲。千總諸殿元率領的數百名辰勇，也經曾國藩提拔。曾國藩命塔齊布兼管辰勇，與湘勇一同操練。這支隊伍膽略過人、武藝精湛，最終成為一支精銳之師。
三月，潘鐸上奏稱病請辭。駱秉章仍奉旨代理湖南巡撫，於四月十一日到任，上奏推薦塔齊布代理撫標中軍參將一職。
各州縣押送匪徒到省城的情況逐漸增多，經過嚴刑審訊，每日都有斬首示眾或杖斃的案件。前後處決的匪徒達兩百餘人，湖南境內的匪徒聽聞風聲後紛紛收斂行跡。李瀚章在己酉年通過選拔朝考，曾是曾國藩的門生，當時代理湖南益陽縣知縣，他上書曾國藩，勸其減緩刑罰，但曾國藩並未采納。
安化縣藍田市有串子會匪徒聚眾圖謀作亂，曾國藩命令湘鄉縣知縣朱孫詒率練勇前往鎮壓，擒獲匪徒百餘人，事態得以平息。
桂東縣遭到江西、廣東邊境匪徒流竄入侵，縣城失陷。曾國藩與駱秉章聯合下令，派張榮組率領三廳兵勇前往剿匪，又調候補道夏廷樾率領七百餘名湘勇增援。不久，桂東縣匪患平定。駱秉章隨後增募一營湘勇，由監生鄒壽璋統率。
歐陽夫人帶著子女離開京城返回湖南，她的兄長歐陽柄銓隨行護送。五月初三日抵達長沙，不久便回到湘鄉老家。
曾國藩的弟弟曾國葆招募了一營湘勇，駐紮在長沙南門外。江忠源上奏請求招募訓練三千名楚勇，前往江南協助剿匪。朝廷批準了這一請求。曾國藩便寫信給江忠源的弟弟江忠濬、江忠淑以及寶慶知府魁聯，命他們招募寶勇。同時，他命令湘鄉縣知縣朱孫詒招募湘勇，到省城操練後派往江南大營，與江忠源的舊部合編為一軍，以增強其聲勢。
四月初七日，江忠源率部從湖北東進，抵達九江時，正遇數百艘敵船從南京逆流而上，再次攻陷安慶後直撲湖口，兵鋒直指南昌省城。江忠源原駐守九江，聞訊後十日間急馳至南昌佈防。剛完成初步防禦部署，敵軍已兵臨城下。經全力抵禦，敵軍未能得逞。江忠源緊急發檄文向湖南求援，湖南聞知鄰省告急，民心為之震動。
曾國藩原計劃六月回鄉舉行週年祭禮，但湖南官紳都倚仗他主持防務。於是他命令張榮組率部駐守永州，王錱駐守郴州，以防備南路土匪；同時調夏廷樾、羅澤南率領湘勇返回省城。此時接到朝廷諭旨，因南京敵軍戰船向上遊進發，有回攻長沙並襲擾南昌的動向。聖旨命令各省督撫嚴加防範，並令曾國藩與駱秉章共同籌劃防禦。駱秉章發文提督鮑起豹調兵來省城駐防，並下令所招募的三千名寶勇、湘勇留在長沙待命。
六月十二日，曾國藩與駱秉章聯名上奏辦理防堵事務的摺子。曾國藩又單獨上奏稱：已著手搜捕土匪，並隨時依法處決。省局增派候補知縣厲雲官負責審訊各類案件，初步理清頭緒。臣母喪期剛滿一年，本擬返鄉舉行週年祭禮，但適逢聽聞粵匪回竄江西，臣理應留在省城參與籌劃防務，不敢因職權所限、軍務生疏而稍有推脫。
同日，曾國藩又與駱秉章聯名上奏彈劾長沙協副將清德，請求革除其職務以懲戒懈怠、整肅軍紀。另單獨上奏保舉署理撫標中軍參將塔齊布和千總諸殿元，懇請破格提拔。並聲明若二人日後有臨陣退縮行為，願與之一同治罪。隨奏附片特彆參劾副將清德沉溺安逸、荒廢軍務等罪狀，請交兵部從重懲處。
江忠淑招募新寧勇一千人，朱孫詒招募湘鄉勇一千二百人，都抵達長沙。曾國藩命令江忠淑率部從瀏陽開赴江西，朱孫詒從醴陵前往江西，夏廷樾、郭嵩燾、羅澤南則率兵勇一千四百人隨後從醴陵跟進。總計援救江西的兵勇共三千六百人，這是湘勇首次出境剿匪。
二十二日，曾國藩與駱秉章聯名上奏調派兵勇赴江西增援剿匪的奏摺。
當時湖南調集各路兵勇數千人駐守省城，塔齊布每日抽調兵勇操練檢閱，即使酷暑暴雨也不間斷，曾國藩對其勤勉大加讚賞。提督鮑起豹抵達省城後，公開宣稱盛夏操練士兵不合時宜，導致各營官兵都對塔齊布和曾國藩心生怨恨。期間又屢次發生綠營兵與湘勇爭執衝突之事。此前被曾國藩彈劾的副將清德，正是依附鮑起豹而與塔齊布為敵之人。
曾國藩的奏摺呈遞後，二十九日接到聖旨：“塔齊布著賞加副將銜，諸殿元以守備補用並先行更換頂戴，以示嘉獎。”又奉上諭：“曾國藩奏請將沉溺安逸、荒廢軍務之副將革職治罪一折，清德著即革職拿問，交張亮基、駱秉章審訊定罪後具奏。”這些處置使得綠營官兵對曾國藩的怨恨更加深重。
七月，曾國藩見省城防務已初步安排妥當，派往江西的援軍也已出發，便返回家鄉探親。在家小住數日後，又回到長沙。此時新寧勇援軍行至江西瑞州時遭遇敵情潰散，後在義寧重新集結繼續前進。湘勇援軍於七月十九日抵達南昌，二十四日與敵軍交戰遭遇小敗，營官謝邦翰、易良乾、羅信東、羅鎮南四人陣亡，湘勇戰死八十餘人。羅澤南原為秀纔講學，許多湖南士子曾從其受業，此役陣亡的軍官都是他的學生。
太平軍進攻南昌，多次用挖地道的方式炸城牆，官軍竭力堵截防禦。江忠源又寫信給曾國藩，指出長江上下遊任由敵軍戰船肆意往來，官軍卻無人敢阻攔。當前最緊要的是必須立即籌辦船炮，打擊水上的敵軍。當時郭嵩燾在江忠源幕府中，極力主張建立水師。鹹豐皇帝給各地督撫的諭旨中也多次提及此事。曾國藩與巡撫駱秉章商議後上奏，請求調遣廣東瓊州的紅單船駛出大洋，從崇明進入長江口，在下遊攻擊敵軍；同時調集廣東內江的快蟹船和拖罟船，由梧州府江逆流而上，經灕江過鬥門，再沿湘江進入長江，形成上下夾擊之勢。籌建長江水師的計劃，由此開始。
湖南綠營兵與湘勇矛盾不斷激化。七月十三日，提標兵與湘勇發生械鬥，曾國藩僅對湘勇處以棍責。八月初四日，永順協兵又與辰勇械鬥，曾國藩行文提督請求按軍法處置，但未能執行。初六夜間，永順協兵吹號持械衝入參將衙門，企圖殺害塔齊布，塔齊布躲藏在菜園草叢中才得以倖免。鬨事兵勇搗毀了他的住所。
鬨事兵勇隨即又衝出來，來到曾國藩在巡撫衙門旁的住所，在射箭場中大聲喧嘩。駱秉章親自出來訓斥，事態才得以平息。當時有人勸曾國藩據實上奏參劾，曾國藩說：“作為臣子，不能為國家平定禍亂，反而因瑣碎小事煩擾聖聽，於心不安。”二月份時，曾國藩曾奏請移駐衡州、寶慶二府，以便就近剿辦土匪，於是決定移駐衡州以避開這些紛爭。
於是曾國藩與駱秉章商議，調派塔齊布率領寶勇、辰勇八百人，並增派撫標兵，移駐醴陵；調鄒壽璋率領湘勇駐守瀏陽，以防江西的太平軍；調訓導儲玫躬率領一營湘勇前往郴州防備土匪；曾國藩的弟弟曾國葆則率所部湘勇北上駐守衡州。八月十三日，曾國藩上奏摺稱，湖南衡州、永州、郴州、桂陽等地是匪徒聚集的重災區。
近幾個月來，各地匪徒聚眾作亂，大案接連發生，臣即將移駐衡州，以便就近調兵剿匪。隨奏摺附片請求調派委員厲雲官等人隨行差遣。十四日，曾國藩從長沙出發，繞道湘鄉回家探親，於二十七日抵達衡州府。此前，湖南南部的土匪多次作亂，已陸續被剿滅。江西吉安府境內土匪大規模起事，太和、安福兩縣失守，江忠源派羅澤南率湘勇前往征剿，大敗匪眾，斬殺數千人，收複兩座縣城。殘餘匪徒逃竄至湖南境內，導致茶陵、安仁相繼失守。曾國藩隨即調派塔齊布率兵勇前往剿匪，最終平定叛亂。
王錱駐軍在郴州，聽聞江西援軍營中軍官陣亡的訊息，想要回鄉招募兵勇前往江西剿滅賊寇，既為公義又報私仇。他上書給曾國藩，言辭慷慨激昂。曾國藩讚賞他的義舉，發公文命他立即來衡州當麵商議討賊事宜。曾國藩說：“近來最大的弊端在於官兵與鄉勇不和，戰敗時互不相救。這種不和的根源在於征調兵勇時，東抽幾百，西調幾十，導致士兵之間互不熟悉，將領之間互不瞭解。駐地分散，勞逸不均。一營出戰，他營卻袖手旁觀，甚至冷嘲熱諷，這樣想要平定賊寇，怎麼可能成功？如今要革除積弊，非萬眾一心不可。我打算再招募數千兵勇，與援救江西的各營合編為一軍，交給江忠源統領以平定賊寇。”
八月二十二日，江西省城解除戒嚴。太平軍攻陷九江府湖口縣後，又攻占安慶省城，並長期盤踞。隨後分兵進犯湖北。張亮基率五千兵力扼守田家鎮，但敵軍一到即遭慘敗。江忠源聞訊繞道馳援，交戰不利，退守廣濟。太平軍趁機進犯武昌。此時張亮基奉旨調任山東巡撫，由吳文鎔接任湖廣總督。吳文鎔正是當年曾國藩參加會試時的主考官。
九月初，吳文鎔從貴州趕赴湖北，途經長沙時，寫信召曾國藩到省城相見。曾國藩因軍務繁忙，無暇離開駐地。吳文鎔火速赴任，此時太平軍已攻陷黃州、漢陽，北麵侵擾德安，南麵進犯興國，湖南嶽州也宣佈戒嚴。駱秉章緊急致信曾國藩商議防禦事宜，曾國藩鑒於茶陵、安仁匪患已平，便下令調塔齊布等部火速趕赴長沙，同時調回援救江西的湘勇部隊回防湖南。
二十七日，接到皇帝諭旨：“長江上遊武昌最為關鍵要地，若稍有疏忽，將導致整個湖北震動。著令駱秉章、曾國藩立即選派精兵勇卒，並酌情調撥炮船，委派得力將領火速趕赴下遊，與吳文鎔等部會合剿匪，全力遏製賊寇攻勢，不得稍有延誤。欽此。”
十月初三日，接到皇帝諭旨：“曾國藩訓練鄉勇成效顯著，剿滅土匪已見成效。著令其酌情率領練勇火速趕赴湖北，所需軍餉等項由駱秉章籌措撥付。兩湖地區唇齒相依，自當不分彼此統一調度。欽此。”
王錱招募湘勇，最初計劃為江西各軍複仇，後來得知太平軍進犯湖北的訊息，駱秉章便下令讓他招募三千兵勇駐防省城。曾國藩見王錱銳氣過盛難以駕馭，便寫信告誡他。同時又致函駱秉章，指出兵貴精不貴多，新招募的兵勇未經訓練，遇敵容易潰散，且糧餉供應困難，建議加以裁減。駱秉章未能采納這一建議。此時羅澤南正從吉安率軍返回湖南，李續賓分領一營，屢立戰功。
楊虎臣、康景徽率領的兩營湘勇先後從江西返回長沙，加上王錱新招募的兵勇及調集的部隊，駐守省城的兵力已達萬人。湖廣總督吳文鎔抵達湖北後，多次請求增援。此時又接到聖旨：“武昌形勢萬分危急，著令曾國藩遵照前旨，立即率領兵勇船炮趕赴下遊會剿，以策應武昌。欽此。”曾國藩與駱秉章商議後，決定派王錱率所部湘勇馳援湖北。後因太平軍戰船東撤，湖北解除戒嚴，湘勇最終未能北上。
曾國藩認為當前剿匪的困難不在於增兵，而在於籌措軍餉；不在於招募兵勇，而在於缺乏善於統兵的將領；不在於陸戰，而在於水戰。江忠源守衛南昌時，曾派夏廷樾、郭嵩燾在樟樹鎮打造數十具木排，上置火炮，計劃衝擊敵船。木排剛完工準備出擊，敵軍已撤出鄱陽湖。此時曾國藩也在衡州仿製衝排，經水麵試驗後發現笨重遲緩難以實用，於是改購民船加以改造為炮船。
二十四日，曾國藩上奏摺稱：“武昌現已解除戒嚴，臣暫緩前往湖北，並請求籌備戰船，合力圍剿。賊寇以舟船為巢穴，在長江千裡水域肆意橫行。若要進剿，必須以戰船為第一要務。臣現於衡州試行趕造戰船，若見成效，即親自率船隊駛赴下遊。”此奏獲得硃批：“所慮極是，卿能權衡緩急，實屬可嘉。欽此。”當時廣東解送江南大營的餉銀途經長沙，曾國藩另附奏片，請求截留四萬兩白銀作為籌辦炮船、招募水勇的經費。
湘軍營製規定，每營編製三百六十名戰鬥兵員，另配一百四十名後勤長夫，合計五百人。曾國藩選拔將領設立四項標準：第一要具備治理才能，第二要不怕犧牲，第三要不貪圖名利，第四要能吃苦耐勞。他計劃招募六千新兵，加上江忠源原有部隊，整編成萬人大軍。
這個方案剛提出，江忠源就上奏請求調派曾國藩訓練的六千人出省剿匪。朝廷隨即下旨：“湖北局勢危急，已降旨令江忠源暫留剿賊。著曾國藩立即將選募的六千楚勇，配備火炮器械，籌措船隻，由該侍郎親自率領駛出洞庭湖，沿長江迎頭截擊，肅清江麵賊船。料想曾國藩與江忠源必能統籌全域性。欽此。”
此前在湖北田家鎮駐防的兵勇潰敗後，部分逃竄至湖南境內，沿途劫掠商旅。曾國藩下令抓捕，一經查獲立即處決示眾，百姓因此得以安寧。
當月，曾國藩致信湘鄉鄉紳，提議在縣城修建忠義祠，祭祀在江西陣亡的四位營官，並將湘勇將士一併配享祭祀。
江忠源率軍回駐漢陽，奉旨升任安徽巡撫，並受命統籌湖北、安徽兩省軍務，根據形勢緩急相機進剿。當時太平軍已占據安慶，計劃以廬州為省會。工部侍郎呂賢基在安徽原籍辦理團練，遭遇太平軍從舒城、桐城北竄，呂賢基率軍迎戰陣亡。周天爵也在家中去世。江忠源見湖北戰事剛平息，安徽局勢更為危急，便抱病率軍北上馳援廬州。行軍至六安時，病情加重。
十一月，朝廷頒佈諭旨：“宋晉上奏稱曾國藩在鄉裡素有聲望，百姓樂於為其效力，請命其挑選精練勇丁，雇備船隻，順長江東下，與江忠源部水陸並進，迅速剿滅賊寇等語。現今安徽逆匪氣焰囂張，接連攻陷桐城、舒城，進逼廬州府城，呂賢基已經殉國，江忠源又身染疾病，安徽省形勢危急。究其根源，實因長江水域缺乏水師戰船攔截追擊，致使賊寇往來自如，匪勢日益猖獗。該侍郎此前奏摺中亦曾籌劃慮及此事。”
朝廷隨即下旨：“著令立即趕造戰船、置辦火炮，並率領先前招募的六千兵勇，由該侍郎統率，從洞庭湖進入長江，順流東下，與江忠源部水陸並進夾擊賊寇。該侍郎向來忠誠可靠，兼具膽識謀略，為朕所深知，必能統籌全域性，不負朝廷重托。欽此。”此前諭旨中已有“肅清江麵”的指示。當時各省都苦於太平軍行動飄忽，曾國藩特彆重視籌建水師。
先前打造的木排因不適用而被廢棄，而水師戰船又無人見過實物，初創水師之舉令眾人麵麵相覷，驚駭不已。曾國藩日夜苦心思索，廣泛采納各方建議。嶽州營守備成名標、廣西候補同知褚汝航、知縣夏鑾等人，先後奉調抵達曾國藩大營。
曾國藩將他們留在軍營，詳細詢問拖罟、長龍、快蟹、舢板等戰船的樣式，召集衡州、永州的工匠按樣式製造。他精心研究，深思熟慮，竭儘全力。彭玉麟、楊載福來到軍營，曾國藩的弟弟曾國葆極力推薦兩人的才能，曾國藩便提拔任用他們。廣西巡撫勞崇光奉命押送二百門炮前往湖北，途經衡州時正值田家鎮防軍潰敗，曾國藩便截留了這批火炮及護送的水手，用於訓練水師。
由於湖南藩庫銀兩不足以支付軍需，曾國藩練兵所需的軍餉主要依靠勸捐籌集。他選派官員和士紳在各州縣設立捐局，避免使用官府公文攤派，以防強迫勒索。他自行刊印軍功執照，加蓋巡撫和佈政使印信，根據捐款數額大小，分彆授予六品至九品的虛銜。
常寧縣土匪作亂，縣城失守，曾國藩調派千總周鳳山及其弟曾國葆率兵勇前往剿辦。十一日，賊匪竄據羊泉洞，又調張榮組、儲玫躬率兵勇會剿。十四日，賊匪攻陷嘉禾縣，進犯藍山縣，隨後又占據道州四庵橋。曾國藩再增調鄒壽璋、魏崇德率兵勇前往圍剿。各營與賊匪交戰均有斬獲，其中以儲玫躬戰功最著。曾國藩與湖南巡撫駱秉章聯名上奏，陳述常寧土匪作亂殺害官員之事，並奏明已派兵勇剿辦、擒獲首要匪犯等情。
二十六日，曾國藩上奏摺稱：“現正籌備水陸各軍奔赴安徽會剿，但戰船火炮及水軍一時難以準備就緒。此前奉旨特派廣西右江道張敬修前往采購洋炮、廣炮千門，並帶領工匠從廣東來湖南。臣專候該道抵楚後，方能啟程。”另附片奏請設立水路糧台，調用湖南漕米二三萬石以供軍需。又附片奏請將經手勸捐所得款項納入籌餉新例，隨時頒發部頒執照，以避免捐資者觀望拖延。
曾國藩原計劃招募六千陸勇，本打算交由江忠源統率，後奉旨籌建水師，纔開始製定水陸並進、萬人東征的戰略。他先派江忠源之弟江忠濬率一千兵勇赴安徽，自己則著手籌備戰船，計劃建造炮船二百艘，另雇民船二百艘隨行。水師沿江行進，陸軍則沿兩岸推進，其戰略佈局大致如此。初創階段事務繁雜，經費浩大，常有籌措不及之時。曾國藩便與湖南巡撫駱秉章反覆書信商議。駱秉章多方協調，逐步解決問題。曾國藩曾以“蚊虻負山，商距駛河”自比，又發出“精衛填海，杜鵑泣血”的感慨。這支水師後來成為平定東南的根本力量，而當年冬季，正是最為艱難曲折的關鍵時期。
十二月初一日，曾國藩派褚汝航前往湘潭另設船廠，負責監造戰船；衡州船廠則委派成名標監督。所造戰船中，大型的稱為快蟹，次一等的叫長龍，又購買民間釣鉤船改造為炮船。褚汝航還按規格增造了數十艘舢板和小艇。兩處船廠所造船隻相互比較，取長補短。其中湘潭船廠所造戰船尤為堅固鋒利。
太平軍戰船回竄湖北，再次攻陷黃州。曾國藩致信湖廣總督吳文鎔，認為當前南北兩省應以堅守省城為主，必須等水師組建完成才能出兵進剿。湖北巡撫崇綸上奏彈劾吳文鎔閉城死守，朝廷下旨嚴厲斥責，吳文鎔被迫出城，前往黃州督師。吳文鎔在給曾國藩的遺書中寫道：“我本打算堅守待你東下會剿，這纔是正理。如今被人逼迫，唯有一死報國，彆無他念。你所訓練的水陸各軍，必須等到稍有把握才能出兵應敵，切不可貿然東下。東南大局全繫於你一人，務必謹慎行事，隻怕今後再無人能繼你之後。我與你的處境終究不同啊。”曾國藩接信後，深感憂慮。
駱秉章調派羅澤南等率領兩營湘勇沿湘江而上，會剿土匪。初十日，部隊抵達衡州。曾國藩與羅澤南商議軍事，重新製定陸軍營製：每營五百人，下設四哨，每哨八隊，另設親兵一哨六隊，火器與刀矛各占半數。每營配備長夫一百八十人，從營官、哨官、隊長到普通士兵的薪餉糧餉，都由曾國藩親自覈定。他製定營製數十條，營規亦數十條。此後湘勇轉戰各省，都嚴格遵循這套定製行事。
廣東協助撥付湖北軍餉七萬兩，委派專員押送湖南，途經郴州、桂陽。恰逢永興縣爆發土匪作亂，曾國藩便命令羅澤南率兵勇前往迎接護送廣東軍餉，同時剿滅土匪，最終平定匪患。
曾國藩先前上呈的奏摺於十六日收到皇帝硃批：“如今安徽省急需救援，若仍固執己見，未免太過遲緩。朕知你尚能秉持天良，故特命你前往救援，以解燃眉之急。今觀你所奏，竟欲以一人承擔數省軍務。試問你的才能可堪此任？平日妄自尊大，以為無人能及，及至臨事，若能言行一致自然甚好。若稍顯慌亂，豈不讓天下人恥笑？著即設法火速赴援，能早一步便得一步之利。你既自詡能擔此重任，自非畏縮之輩可比，既出此言，便須言行相符，做給朕看。欽此。”
曾國藩於二十一日上疏，逐條陳明：第一，出發日期必須等廣東解送的火炮運抵湖南，配備基本充足後才能啟程；第二，黃州巴河現被敵軍占據，必須先肅清湖北境內江麵，才能進軍安徽；第三，武昌地處南京上遊，是敵軍必爭之地，當前應全力固守武昌，而後方可進剿；第四，現所練湘勇正在郴州、桂陽一帶剿匪，不能立即調回，待來年正月船炮準備就緒時，再一併帶往下遊。
曾國藩在奏摺中最後陳述道：“如今軍餉匱乏、兵力單薄，實在不敢保證能取得成效，唯有以一片赤誠之心，不敢貪生怕死罷了。與其將來毫無戰果，揹負欺君大言之罪，不如現在據實稟明，甘受畏縮不前之責。”奏疏呈上後，皇帝硃批道：“成敗得失固然難以預料，但你的忠心可昭日月，不僅朕心知肚明。若甘心承受畏縮之罪，實屬不該。欽此。”
曾國藩再次上奏稱：“衡州、永州、郴州、桂陽一帶，尚有一股會黨匪徒未能剿滅乾淨，殘餘黨羽甚多。這股會匪實為湖南大患，也是臣經手未了之事。”皇帝硃批道：“你以在籍人員身份能如此儘心出力，實屬難得。可通知巡撫派兵剿辦，或由你素來信任的士紳酌情處理亦可。欽此。”
曾國藩又針對衡陽、清泉兩縣以保甲製度催收錢糧一事上奏：當地官府若遇百姓抗稅欠糧，便責罰保甲人員，而保甲人員也趁機包攬舞弊，反而荒廢了團練防務。曾國藩下令兩縣改革，規定保甲隻負責稽查土匪，錢糧催征仍歸官府差役辦理。此改革方案隨奏摺附片呈報後，獲皇帝硃批：“此等積弊亟應革除，著即通知駱秉章將改革章程速速複奏。欽此。”當時衡州府縣差役人數眾多，常在鄉裡敲詐勒索、仗勢欺人。曾國藩查獲數名惡差後立即處決，毫不姑息。凡地方事務，隻要有所見聞必予整頓，旨在剷除奸邪以安良善，從不因越權乾預而有所顧忌。
江忠烈公江忠源抱病從六安趕赴廬州府駐守，太平軍糾集重兵將城池層層圍困。劉長佑、江忠濬等率楚勇前往救援，但各路援軍均被阻截無法前進。十二月十七日，廬州城破，江忠源投水殉國。城內殉難官員難以儘數，其中候補知府陳源袞、知縣鄒漢勳死節尤為壯烈。陳源袞是曾國藩的同年摯友，鄒漢勳也是曾國藩所器重之人。
此時湘軍船廠日夜趕工，年終無休，戰船已建成過半。十二月二十七日，曾國藩從衡州返回家鄉探親。
這年夏季四月，太平軍將領林鳳祥率部從揚州北上，攻占滁州，占據臨淮關，隨後攻陷鳳陽府，繼續北進河南，攻破歸德，進逼開封省城，渡過黃河。六月，圍攻懷慶府。八月，流竄進入山西，攻陷平陽府，又轉戰至臨洺關，攻占深州。九月，進犯天津府，占據靜海、獨流兩城。江南大營統帥向榮和江北大營統帥琦善分彆駐守兩城外線，圍攻整年卻未能取得決定性勝利。
內閣學士勝保率軍追擊林鳳祥部，轉戰數千裡，但太平軍行動迅猛難以遏製。欽差大臣、直隸總督訥爾經額在懷慶擊敗太平軍。當太平軍流竄山西、侵擾京畿時，山西巡撫及以下失職官員，以及統兵的都統、提督、總兵等高級將領多被問罪。朝廷下詔任命勝保為欽差大臣，將訥爾經額逮捕治罪。同時特命惠親王為奉命大將軍，科爾沁郡王僧格林沁為參讚大臣，調集兵力聯合進剿，太平軍勢頭稍受遏製。左都禦史雷以誠在揚州招募鄉勇，首創征收厘金稅以籌措軍餉。此後各省推行厘金製度，即由此開端。