十九日，接到朝廷緊急諭旨一道，措辭嚴厲急切，催促儘快調派援軍趕赴陝西、洛陽增援。
二十五日，接到皇帝諭旨：“該大臣功勳卓著，聲望素高，因積勞成疾確屬實情，特再賞假一個月，準其在軍營安心調養。欽差大臣印信暫由李鴻章代理。待曾國藩病體痊癒後，即刻進京麵聖，以慰朝廷關切！朝廷論功行賞自有考量，該大臣效仿古人自貶之舉，奏請暫銷封爵一事，不必采納。欽此。”
三十日，任柱、賴文光率領的撚軍從山東回竄至陳州境內。曾國藩大營隨即戒嚴，調派親兵出營截擊圍剿。
同月，曾國藩之弟曾國荃率部移駐黃州。
十一月初二日，曾國藩緊急上奏彙報：西路張宗禹部撚軍已深入陝西境內，尚無回竄跡象，現調鮑超軍進駐荊紫關以增援陝西；東路任柱、賴文光部回竄河南，已令劉鬆山部速赴汝州，阻截其西竄之路。另附奏片回覆聖旨，自稱行軍遲緩，精力日漸衰退，待病體稍愈即入京麵聖，自請剿撚不力之罪。又附奏片報告楊鼎勳、張錫嶸追擊任、賴部撚軍至沙河以南，劉鬆山仍從汝州、洛陽進兵，以力保黃河防線，優先確保山西安全為主要戰略。
初六日，接到皇帝諭旨：“曾國藩即回兩江總督原任，暫緩進京麵聖。江蘇巡撫李鴻章授為欽差大臣，專職剿匪事宜。欽此。”
十七日，曾國藩緊急上奏籌劃西路軍務：鮑超軍增援陝西，委派江蘇道員薛書常專職辦理霆字營糧餉，采辦軍糧。又上奏稱：已交卸欽差大臣印信，送往徐州移交李鴻章接收。雖奉旨命臣回任兩江總督，但自忖病體難以勝任，若離營返署，恐招畏難取巧之譏，故請仍留軍營協理軍務，維繫湘淮兩軍士氣，以不負古人鞠躬儘瘁之義。
另附奏片稱：現刻製木質關防一枚，印文為“協辦大學士兩江總督一等侯行營關防”。又附片奏報：任柱、賴文光部撚軍流竄至信陽以南，即將進入湖北境內，已令周盛波部跟蹤追剿，現調張樹珊部拔營追擊。劉銘傳部因長期作戰疲勞，暫在周家口休整後即赴湖北。同時調派李昭慶全軍從安徽趕赴湖北，以期形成夾擊之勢。
另附密片舉薦湘淮兩軍將才：如道員劉盛藻、總兵戴春林、潘鼎立、提督章合纔等均為後起之秀；前任大名道祝塏、編修張錫嶸皆為文官中傑出人才，簡要陳述其才能品性，以供朝廷選用。
十九日，派遣專員將欽差大臣印信送往徐州大營。
二十八日，接到皇帝諭旨：“曾國藩請求以閒散人員身份繼續留在軍營效力，足見其奮發圖強、不避艱險的報國之心。但兩江總督職責重大，湘淮兩軍糧餉供應尤其需要曾國藩統籌辦理，其重要性不亞於前線督軍，均為朝廷所倚重。該總督向來忠勤為國，且係朝廷特旨簡任，正不必因避勞就逸之嫌而多生顧慮。欽此。”
本月，曾國藩的弟弟曾國荃率軍駐紮德安。湖廣總督官文奉旨解除職務，進京任職。欽差戶部侍郎譚廷襄暫時代理湖廣總督一職。
十二月初三日，曾國藩緊急上奏，再次陳述懇切請求，奏請辭去兩江總督及協辦大學士職務。另附奏片稱：任柱、賴文光部撚軍流竄至孝感一帶騷擾，湖北駐軍交戰獲勝，現調劉秉璋部與劉銘傳軍合兵一路，跟蹤追剿。又上奏摺保舉劉銘傳部收複黃陂，以及在濟寧、雉河、阜陽、撫溝等地戰功最為卓著，作戰尤為艱苦。將五起戰功合併保舉，開列名單請求獎賞。另附奏片保舉在軍營效力的吏部主事錢應溥，請加授四品卿銜。
十五日，接到皇帝諭旨：“曾國藩應當體察朝廷心意，為國家分憂解難，豈能稍存疑慮，固執己見？著即恪遵先前諭旨，限期返回兩江總督本任，以使李鴻章得以專心剿滅賊寇，早日建立大功。欽此。”
二十一日，曾國藩緊急上奏：遵旨返回徐州駐守，暫時代理兩江總督印信。臣病體尚未痊癒，仍懇請朝廷另選兩江總督人選，而臣願以閒散人員身份在軍中效力。至於中外交涉事務，臣素來未曾研習，請旨命兩淮鹽運使丁日昌暫時代理通商欽差大臣印信，必能有益於時局。另附奏片稱：東路任柱、賴文光部撚軍，在安陸境內盤旋流竄。劉銘傳等部追剿，賊軍逃往鄂東一帶。西路張宗禹部逆賊已渡過渭水北岸，鮑超主動請求移師湖北，先剿滅東路賊軍。因此已令劉鬆山、張錫嶸等部由潼關進入陝西，並在陝州設立糧台，仍派薛書常負責管理。
當日上奏摺彙報江西南康縣查辦案內充公田產已處理完畢。又上奏保舉劉鬆山、張詩日等部在西華、上蔡、新野等地取得大捷，彙總戰功請求獎賞。附片奏請酌情提取安徽丁漕銀兩，增加該省兵勇糧餉。另附片奏報前年委派運同銜容閎前往西洋采辦機器百餘種，均已交付上海製造局使用。該員不避艱險，請予獎勵以示激勵。又附片參劾安徽渦陽縣知縣沈濂，請予革職處分。
本月，楚軍和淮軍集結於湖北境內，共計七萬餘人，聯合圍剿任柱、賴文光部撚軍。郭鬆林軍在德安受挫，總兵張樹珊戰死，賊軍聲勢更盛。
陝西官軍戰敗潰散，張總愚部逼近西安省城。喬鬆年抵達陝西後，緊急調令劉鬆山部入關增援。
曾國藩辦理剿撚事務已一年有餘，最初設立駐兵四鎮的策略，後又製定扼守黃河、運河的方略，但都未能長久實施便有所調整。他在臨淮時，搜捕蒙城、亳州一帶的匪徒，以斷絕撚軍的根基；在徐州時，處理了湖團大案，以消除撚軍的外援。劉銘傳、劉鬆山、潘鼎新三軍曆經大小數十戰，使撚軍原本縱橫馳騁、來去如風的勢頭確實因此有所減弱。
這年冬天，張宗禹部撚軍進入陝西，任柱、賴文光部竄入湖北，中原地區才稍得喘息。然而當年朝中言官彈劾曾國藩辦理軍務不善的奏疏接連不斷，禦史朱鎮、盧士傑、朱學篤等人的奏章均被抄發傳閱。禦史穆緝香阿上奏稱曾國藩督師日久無功，請求予以懲處。朝廷下諭旨道：“一年多來，曾國藩所派將領轉戰山東、河南、湖北、安徽等省，不遺餘力，殲滅賊寇為數不少，雖未能立即大功告成，又豈能與貽誤軍情者相提並論？該禦史所奏，著毋庸議。欽此。”此後又有禦史阿淩阿彈劾曾國藩驕橫妄為等罪狀，同樣遭到聖旨駁斥。曾國藩深感權位所在即為眾矢之的，始終戒慎恐懼不敢懈怠！
同治六年（丁卯年），曾國藩五十七歲。
正月，曾國藩駐周家口軍營。
初六日，啟程前往徐州。
十三日，途經碭山境內，散發二十六串銅錢賑濟饑民。
十五日，抵達徐州。
十九日，正式接收兩江總督印信、兩淮鹽政印信及通商大臣關防，與李鴻章共同籌劃西北軍務大局。
二十一日，曾國藩緊急上奏摺，報告已返回徐州並接任總督職務的日期。附片奏報：撚軍目前在湖北境內，官軍已形成合圍之勢，但擔心任柱、賴文光部可能繼續流竄進入陝西，建議鮑超一軍暫時留在河南西部攔截，待敵情穩定後再調往陝西。另附片奏報彭玉麟自願捐出養廉銀兩，朝廷下旨要求查明其子弟情況並給予嘉獎。但彭玉麟堅決推辭，態度極為誠懇，懇請朝廷批準他的請求，以成全他報效國家的誠意。
二十九日，接到朝廷諭旨：“曾國藩既已接任兩江總督，所有考察官吏、籌措軍餉及地方應辦事務均至關重要；且金陵重地亦需威望素著之大臣坐鎮。著即返回省城駐守，以資震懾。該總督公忠體國，自當體察朝廷倚重之深恩，竭力為國效力。所有軍情調度事宜，仍著李鴻章隨時谘商，以收協同之效。欽此。”
本月，張錫嶸在陝西戰死。
鮑超率軍回師襄陽，在楊家洚大敗撚軍；追擊至豐樂河再次大勝，殲滅敵軍萬餘人。任柱、賴文光部撚軍逃往河南境內。
李鴻章奉旨出任湖廣總督，李瀚章調任江蘇巡撫並暫代湖廣總督，劉琨授任湖南巡撫。
二月初三日，李鴻章率軍開赴河南督師，仍駐紮周家口。
初八日，曾國藩專折上奏，叩謝朝廷年終恩賞。同時奏報軍需款項：自鹹豐三年起至收複金陵之日止，曆時十二年之久，累計用銀達兩千一百三十餘萬兩。現分四案開列簡明清單，依例辦理報銷。附片奏請：安徽抵征稅銀一項，按比例覈銷。另附片奏明江忠義、席寶田兩軍餉銀歸入江西彙總造冊上報。又附片奏請補發湘軍積欠餉銀，列入第四案續報款項。另奏請新授江蘇佈政使丁日昌暫緩進京覲見。
十四日，曾國藩緊急上奏，報告已奉諭旨移駐金陵，並呈報啟程日期。另奏：去年奉旨調至軍營差遣的官員——道員鐘文、總兵沈宏富、提督何紹彩，已分彆派往各路任職。附片奏請道員祝塏仍應交由李鴻章隨營差遣。又附片奏請甘肅道員金國琛開缺回鄉奉養父母。另附片奏請對陣亡編修張錫嶸之子施恩撫卹。同時奏請在周家口為陣亡總兵張樹珊建立專祠。另奏報彭玉麟水師營與鮑超霆軍查辦鬨事官兵的情況。
十六日，曾國藩從徐州啟程，在韓莊換乘船隻，沿途巡視運河堤防工程。
二十二日，抵達清江浦，張之萬前來拜見。
二十三日，吳廷棟在船上謁見曾國藩，隨後乘船隨同前往金陵。
二十六日，曾國藩視察清水潭堤防工程。
三十日，抵達揚州。
本月，任柱、賴文光率領的撚軍向東流竄進入安徽境內，隨後又折返湖北東部，湘軍遭遇挫敗，彭毓橘在黃州戰死。
劉鬆山率軍進入陝西，連續擊敗張宗禹部撚軍。
三月初一日，曾國藩與官文在船上會麵。
初二日，曾國藩視察瓜洲鹽棧。
初六日，曾國藩抵達金陵，返回總督衙門。金陵百姓在道路兩旁焚香迎接。
初十日，他巡視了新修繕的江寧學宮工程。
十五日，劉琨乘船經過金陵時前來拜見。
二十日，曾國藩緊急上奏，報告返回金陵的日期，並陳述湖北東部的撚軍已向西北逃竄，張宗禹部在陝西與其餘反賊會合，劉鬆山多次進攻獲勝，局勢尚在掌控之中。同時附片奏請酌情撥付軍餉，支援陝西、甘肅兩省。
本月，鮑超在襄陽因傷病加重，曾國藩派專人攜帶藥物前往慰問。
左宗棠赴任陝甘總督，行至湖北時正式接受欽差大臣關防。
丁寶楨補授山東巡撫一職。
四月初七日，曾國藩緊急上奏，報告提督鮑超傷病嚴重，請求調派直隸署理提督婁雲慶南下接掌霆軍。同時附片奏稱，自回任以來，經覈算軍餉開支，入不敷出，且有多項刻不容緩的急需款項，如製造輪船、購置機器等。湘軍入陝、淮軍在湖北作戰，軍餉多未足額發放；長江北岸計劃增派陸軍設防；運河堤壩險工眾多，均需立即籌措經費。因此奏請朝廷將江海關洋稅原應上繳戶部的四成稅款，酌留二成以應急需。
十六日，曾國藩專折上奏，感謝朝廷在京察考覈中給予的優等評價。同時奏報遵照新規定，對政績突出的州縣官員進行甄彆考覈，並附上名單呈報。江南地區遭遇嚴重旱情，曾國藩親赴甘露神祠祈雨，二十四日天降甘霖。
本月，任柱、賴文光率領的撚軍從湖北流竄至河南南陽境內。
五月十六日，曾國藩緊急上奏，彙報繼續清查民間匪患，擒獲斬殺撚黨的情況，並附上名單結案，此後相關事務交由地方官員處理。附片奏稱：任柱、賴文光部撚軍從湖北逃竄，有向東移動的趨勢。今年天氣大旱，農田乾裂，人心惶惶，這都是因為臣德行淺薄，連累百姓，深感愧疚。此外運河水枯，東路軍事形勢令人擔憂。又聽聞張宗禹部撚軍有意回竄出關。另上摺奏請本年鄉試按期舉行，並同時舉辦乙卯科武鄉試。又附片奏請保舉員外郎王家璧，建議以五品京堂銜，遇缺優先題奏任用。
曾國藩連日步行外出祈雨。十九日，他前往靈穀寺取水求雨。二十日，天降大雨。曾國藩撥銀四千兩，用於修複靈穀寺神祠。
本月，任柱、賴文光部撚軍從河南流竄至山東，越過運河向東進犯青州地界。朝廷下旨：“曾國藩補授大學士，仍留任兩江總督。欽此。”
六月初十日，曾國藩專折上奏，叩謝皇恩補授大學士。又上奏摺陳述鮑超傷病嚴重，懇請準其回原籍調養。附片奏報：賊軍已渡過運河東竄，現命黃翼升駐守射陽湖，以加強下河一帶防禦。另附片奏請在江寧昭忠祠原專祀湘軍陸營將士的基礎上，增祀水師官兵。又上摺奏請本年鄉試派學政鮑源深入場監考。同時奏請延期舉行本年軍政考覈。
十八日，曾國藩專折上奏，詳細呈報江南、江北糧台軍需收支款項，分列清單覈銷。
本月，任柱、賴文光部撚軍向東流竄至登州、萊州境內。李鴻章、劉長佑提議：聯合四省兵力共同封鎖運河，在山東境內剿滅任、賴部；河南、湖南兩省兵力嚴守潼關，防止撚軍東竄，在關中地區剿滅張宗禹部。英翰上疏建議集中兵力嚴守膠萊河，將敵軍逼至海邊圍殲。
七月二十九日，曾國藩緊急上奏，彙報霆軍將領聯名錶示不願歸屬婁雲慶統轄，請求將鮑超所部裁撤大半，剩餘部隊由譚勝達等率領前往濟寧，交由李鴻章調遣，同時建議婁雲慶另行招募新軍以備防剿。另奏報已遵照聖旨籌撥直隸賑災款項和皖軍協餉款項，並提出正在籌劃修複淮河故道，使河水迴歸原河道以減輕淮揚地區水患，擬在清江設立導淮局試行疏浚工程。隨奏附呈治理章程十六條，送交軍機處備查。又附片奏報已籌撥本年大運銀兩解交織造衙門使用，待軍務平定後再議增撥事宜。
本月，任柱、賴文光部撚軍回竄，越過濰河侵擾沂州境內，繼而流竄至贛榆、海州、沭陽一帶。
八月，曾國藩接到總理衙門公文，要求預先籌劃條約修訂事宜。他命令下屬官員詳細研究並提出建議，從中選取妥善方案，以公文和信函形式，專門派遣人員從上海進京呈報回覆。
同時商議擴建金陵昭忠祠，增祀在江南殉難的官員士紳。
九月十八日，曾國藩上奏摺對府縣官員進行考覈甄彆，並繼續呈報第二十八批忠義事蹟采訪結果。附片奏請：為病故的水師記名提督馮標申請撫卹，為在皖南殉難的縣丞羅慶恩申請撫卹，併爲烈婦程胡氏申請表彰。
本月，流竄至海州的撚軍又返回山東境內。
十月初五日，曾國藩親臨考場主持武舉鄉試，提督李朝斌協同監考。
十九日，武舉鄉試結束，共錄取武舉人一百五十七名。
本月，山東撚軍再次流竄至贛榆，劉銘傳率軍追擊圍剿，大破敵軍，陣斬撚軍首領任柱。
曾國藩之弟曾國荃被免去職務，返回原籍。
十一月初三日，曾國藩專折上奏，彙報江南武舉鄉試已圓滿結束。
初六日，曾國藩專折上奏，彙報江北糧台通過捐資建造戰船火炮的銀兩開支，依照慣例申請覈銷。同時上奏徐州善後局的經費報銷事宜。另呈遞奏摺，請求對揚州虹橋鄉殉難的士紳、百姓及婦女予以表彰撫卹。為巡檢陸炘申請撫卹，並奏請對澄海營副將陶位中、參將黃占魁在出海剿匪時遇害一事予以撫卹。
十五日，曾國藩緊急上奏，彙報已遵照聖旨預先籌劃修約事宜。
二十七日，劉銘傳率軍在壽光河一帶大敗撚軍，殲滅俘虜數萬人，敵軍全線潰敗。撚軍首領賴文光逃遁，山東境內叛亂徹底平定。
本月，官文暫代直隸總督職務，丁日昌正式出任江蘇巡撫。
十二月初三日，曾國藩上奏彙報本年度江北新征漕糧征收解運的實際情況及當前籌辦進展。同時奏報籌劃撥解明年協濟甘肅軍餉事宜。另呈遞奏摺稱：江寧省城自鹹豐三年陷落以來，向榮、和春等將領率軍駐守八年，其間陣亡的文武官員及殉難的官紳士民至今未建祠祭祀，實屬典製缺失。
鑒於湘軍昭忠祠地基廣闊，曾國藩與同僚商議增建三座祠堂：中央供奉湘軍陸軍將士，西側供奉湘軍水師將士，東側供奉金陵殉難官紳，使忠烈英魂得以集中祭祀。關於金陵官紳的入祀標準，共擬定六項原則：其一為鹹豐三年城破時殉難的官員；其二為向榮、和春軍營中陣亡及病故的官員。
三是江寧府七縣殉難的士紳。四是江南大營在外地征剿時殉難的將士。五是鎮江、揚州兩軍陣亡及病故的官兵，均配享於祠中祭祀。六是滿漢婦女中守節不屈而遇害者，另建貞烈祠專門供奉。懇請朝廷敕令地方官員統一進行祭祀，此舉實有助於彰顯聖朝褒獎忠烈的教化之道。另附奏片提請撫卹霍邱縣殉難的團練首領李友張，及其同時遇害的家屬共五十一人。
初十日，揚州官軍擒獲撚軍首領賴文光並將其處決，殘餘部眾四散潰逃，東南地區叛亂徹底平定。
二十二日，接到聖旨：“大學士、兩江總督、一等毅勇侯曾國藩著加恩賞賜雲騎尉世職。欽此。”
本月，張總愚率領的撚軍殘部從陝西渡過黃河竄入山西境內，向東逼近京畿地區。
同年，四川總督駱秉章奉旨協辦大學士事務，不久後在成都去世。
李祥和將軍在陝西宜川作戰時陣亡。
同治七年（戊辰年），曾國藩五十八歲。
正月初二日，曾國藩接見西方公使蒲安臣。
十七日，他專程上奏摺感謝皇帝加賞世職的恩典。同時上奏摺謝恩年終賞賜。又上奏彙報對各省學政官員的年終考覈情況。另上奏江蘇按察使李鴻裔請假事宜。
二十一日，曾國藩製定書局管理章程八條，並擬定刻字工匠規範四條，委派道員洪汝奎負責書局事務。洪汝奎是漢陽學者劉傳瑩的門生。
二十七日，稽覈修訂長江水師未儘事宜及水師官員補缺章程。
當月，張總愚率領的撚軍流竄至直隸境內，侵擾保定、河間、天津等地，京畿地區實行戒嚴。丁寶楨率軍入京駐防，駐紮固安；左宗棠率軍追擊圍剿，駐守天津；李鴻章駐軍大名府；李鶴年、英翰等將領則率兵防守黃河南北兩岸。
二月十七日，劉長佑途經金陵，拜會曾國藩。