二十日，劉鬆山率軍抵達清江浦。
二十一日，曾國藩緊急上奏：撚軍主力全部聚集於安徽境內，佈政使英翰突圍求援。壽春鎮總兵易開俊眼疾加重，曾國藩擬親自率領湘軍前往臨淮駐紮，就近指揮調度，並派劉鬆山兼統易開俊所部軍隊。奏摺中重申此前規劃的作戰方案：在四省十三府州範圍內，安徽以臨淮為基地，河南以周家口為基地，江蘇以徐州為基地，山東以濟寧為基地。
在各戰略要地駐紮重兵，儲備充足糧草軍械，一處遇敵，三處馳援，形成首尾呼應的態勢，避免疲於奔命的困境，或許能以快速反應彌補行動遲緩，逐步取得成效。當前麾下諸將中，劉銘傳、潘鼎新均具備獨當一麵的能力，張樹聲與周盛波兩軍聯合可擔當一麵，劉鬆山與易開俊合兵亦可獨當一麵。
同時委派郎中李昭慶負責訓練騎兵部隊，與僧格林沁親王舊部合編為機動遊擊部隊。另上奏選派浙江運司李榕前往濟寧，辦理接收國瑞（僧格林沁）所部交接事宜，並調集親王舊部騎兵赴徐州聽候調遣。命令潘鼎新所部移駐濟寧，協同李榕處理接管事務。
曾國藩在奏摺附片中說明：接到朝廷諭旨，因陳國瑞與劉銘傳曾發生械鬥事件，命其審慎處理、妥善調派。目前劉銘傳正率軍赴皖北剿撚，應令陳國瑞暫駐河南境內，避免兩軍同處一地，以防各軍內鬥滋長。另在附片中詳述總兵陳國瑞的優劣事蹟，奏請朝廷下旨將其劃歸河南巡撫節製調遣。
當日，前次奏摺經朝廷批覆發回，奉到皇帝諭旨：“曾國藩因節製三省軍務，責任重大，再次懇請收回成命，足見謙遜克己之心！但如今賊勢猖獗，時局艱難，若事權不專，恐一切調度事宜難以令行禁止。該大臣應當勇擔重任，與三省督撫和衷共濟，限期剿滅撚匪。待三省軍務平定，自可解除其節製之權。既擔其實，不必避其名，切不可存有顧慮之心，再行推辭。欽此。”
二十二日，曾國藩從清江浦登船，改乘淮河船隻。
二十六日，船隊渡過洪澤湖。
二十八日，船停泊在五河縣。曾國藩緊急上奏：安徽境內撚軍猖獗，必須依靠騎兵才能取勝。請求將朝廷諭令撥交河南的馬隊共四百九十六人調往皖北協助剿撚。在奏摺附片中再次陳述：自己精力衰退，軍力薄弱，尚未卸任兩江總督，又增加節製三省軍務的重任，內心深感不安，如同揹負重罪。懇請朝廷收回成命，隻需責成其會辦剿撚事務，定當全力配合，絕不推諉。若請求未獲批準，將繼續上奏陳情，甘願承受朝廷責罰。
二十九日，曾國藩乘船抵達臨淮關並在此設立軍營駐紮。
當月，安徽雉河集之圍解除，撚軍逃竄至河南許州境內。湖北蔣凝學所率部隊奉命調往甘肅，行進至襄陽時發生嘩變潰散。
六月初六日，曾國藩對總兵陳國瑞的呈文作出批示，全文長達兩千餘字，既肯定其才能，又詳細列舉其過失。同時頒佈四項禁令：一不得擾民，二不得私鬥，三不得違抗軍令。措辭嚴厲懇切，但陳國瑞在回覆中表示難以完全遵從曾國藩的約束。
初八日，喬鬆年前來拜見曾國藩。初十日，曾國藩釋出告示：“亳州、蒙城、宿州、永城四地民團，須區分良民與匪徒，凡擒獲撚匪押送軍營者，給予重賞。”並派遣專員會同地方州縣，嚴查匪徒，就地正法。
十二日，曾國藩與喬鬆年聯名上奏，報告援軍大捷、雉河集解圍之事。另在附片中專門奏報：擬將陳州府庫存銀二十萬兩，分彆撥給江蘇、安徽、河南各五萬兩充作軍餉，其中李鴻章應得軍餉部分，就近撥發劉銘傳等部使用。
十三日，曾國藩移駐陸上軍營。當時淮河水位暴漲，各營大多移駐南岸避水。曾國藩的軍營仍駐北岸，修築堤壩抵禦洪水。
曾國藩的弟弟曾國荃奉旨出任山西巡撫。二十四日，朝廷諭旨下達：“曾國荃已授任山西巡撫，曾國藩應督促其儘心報效朝廷，儘快赴任，不得以病推辭。欽此。”
當月，撚軍向西流竄至南陽、襄陽、陝西一帶。
七月初八日，曾國藩上奏回覆朝廷諭旨。奏摺中稱，雉河集解圍後，撚軍分兩路向西逃竄。已下令調派劉銘傳全軍趕赴周家口，並增派馬隊協助作戰。山東撥調的兩支馬隊，因在曹南新遭挫敗，人馬疲憊，必須在徐州進行休整補充。
仔細分析敵情，發現賊寇已成流竄之勢。若敵軍流竄而我軍也跟隨流動，則隻能尾隨追擊，處處被動。臣堅持原先策略，以固定駐防的軍隊，來牽製無固定據點的賊寇。現命令劉銘傳駐守周家口，張樹聲駐守徐州，劉鬆山駐守臨淮，潘鼎新駐守濟寧。一旦賊寇來犯，便迎頭痛擊。
懇請朝廷下旨命令河南、湖北兩省總督巡撫，在河南的鞏縣、洛陽、南陽、鄧州，以及湖北的隨州、棗陽、黃安、麻城等地，各自駐紮一支精銳部隊，重點在於迎頭截擊，而非尾隨追擊，如此方能逐步控製局勢。況且這股賊寇與一般流寇有所不同，他們在蒙城、亳州的老巢田產房屋尚在，賊眾仍存眷戀之情。因此，臣既設法阻截其流竄之勢，又準備清查整頓民間圩寨，以斷絕其根源。
現將告示一道抄錄呈請皇上禦覽。另上奏摺稱：徽州、休寧駐防軍隊因索要軍餉發生嘩變，已下令查辦剋扣軍餉的營官和帶頭鬨事的士兵，從嚴懲處。請求將唐義訓、金國琛交吏部議處！皖南道張鳳翥因處置失當，先行撤職。
同時上奏自請交吏部議處。另附片奏請委派吳坤修暫代皖南道一職。又上摺奏稱揚州防務已撤，所用漕折銀兩目前無力歸還，請旨命戶部暫緩催繳。此外，上奏感謝朝廷授予其弟曾國荃山西巡撫之恩，並說明曾國荃近日病情，不知是否痊癒，已恭錄諭旨，快馬傳信家中，囑其儘力報效朝廷。
十五日，接到聖旨：“曾國藩身為統帥，責無旁貸！此前多次諭令該大臣調撥一支軍隊兼顧山西省防務，並命劉銘傳等部急赴河南省北路，繞至賊軍前方，防止賊寇竄入陝西、山西。又令調派馬隊馳援河南助剿，後因賊軍已遠離徐州，命該大臣酌情前進駐紮。然而該大臣遲遲未作奏報，近來安徽、河南軍情及各路軍隊如何部署均未陳奏，多次所奉諭旨也未回覆，實屬懈怠拖延。若想藉故獲罪，推卸節製三省的重任，如何對得起朝廷的信任？該大臣素來公忠體國，怎忍心如此行事？欽此。”
十八日，曾國藩渡過淮河，巡視劉鬆山統領的老湘軍營寨。
二十三日，他視察鳳陽府城防務，並前往明皇陵祭拜。
二十四日，曾國藩緊急上奏，就欽奉諭旨一事複陳奏摺。奏摺稱：周家口地處要衝，八麵受敵，最為關鍵。劉銘傳謀略較優，兵力較足，因此將周家口防務重任交付於他。至於陝西、山西邊境防線長達五百餘裡，實非該軍所能全麵防守，若調其西進，既無益於山西防務，又削弱河南兵力。況且湘軍、淮軍將士不習慣北方麪食，軍火器械運輸也極為困難。
如今河南等省用兵作戰，全不重視後勤轉運，以致糧餉軍械匱乏，將士都不肯儘力。近日在臨淮關已委派編修張錫嶸招募淮勇，專挑能食用麥麵雜糧之人，以備將來征剿西北之用。至於節製三省之命，臣已三次上疏堅決推辭。自思天資愚鈍，即使一省之責已難勝任，但蒙受皇恩深重，雖數省軍務也當通盤籌劃。
撚匪流竄範圍可達八省，皇上命臣兼顧山西防務，已超出節製三省之責。而朝野對臣的期望更不止於此，臣如何能承擔如此重任？又如何能承受這般重責？懇請皇上敕令九卿科道及八省督撫共同商議剿撚事宜，各抒己見，恭請聖裁，製定不可更改的方略，實乃大局之幸！
至於臣不輕易上奏軍情一事，早在同治元年就已具奏說明，至今仍保持這一做法。若想藉故推卸責任，臣平生誌向與所學之道，決不肯如此投機取巧。另在奏摺中陳明：徐州鎮總兵詹啟綸、壽春鎮總兵易開俊均因病請辭。懇請皇上簡派賢能接任，以重軍務。
另在奏摺中彈劾總兵陳國瑞與已被革職的總兵郭寶昌，二人同任親王軍翼長，在曹南戰役中未能救護主將，卻受到不同處罰。現補參其罪，請撤銷陳國瑞幫辦軍務之職，革除黃馬褂賞賜，責令其戴罪立功，以示懲戒而觀後效。另附密片陳奏：上月對陳國瑞的批文及其回稟內容顯示，該員仍無誠心悔過之意，已將原批文抄送軍機處備案。
另附片奏保總兵董鳳高、李祥和二人，請補授徐州、壽春兩鎮總兵空缺。
當日，曾國藩上奏後，登船啟程前往徐州。
二十六日，船停泊於泗州。
二十八日，上岸啟程，夜宿靈壁縣。
三十日，夜宿宿州。
當月，撚軍流竄至湖北境內。
曾國藩的弟弟曾國荃上奏推辭山西巡撫的任命。陳湜奉調入京，調任山西按察使，專門負責防務，並獲準直接上奏。
八月初四日，曾國藩抵達徐州府。
初八日，專折上奏查明寧國府宣城縣金寶圩殉難的士紳百姓，彙總案件列出名單，請求分彆予以表彰撫卹。
十六日，出城檢閱騎兵隊伍，視察操練情況。
十七日，緊急上奏移駐徐州整編馬隊事宜。統計已抵達徐州的馬隊前後共有四批。已責令營務處李昭慶等人嚴格挑選兵員，編組隊伍，配齊裝備，更換補充馬匹。其中老弱病殘者一律遣返原籍。同時奏報撚軍回竄安徽境內，已調派各軍前往潁州會剿。另附片陳奏此次實際接收戰馬七百七十七匹，負責押運的官員異常辛勞，應請予以嘉獎。
二十四日，巡視張樹聲所部淮軍的營壘防務。
二十八日，檢閱淮軍操演戰陣之法。
本月，接連接到朝廷諭旨，命曾國藩移駐許州，統轄安徽、湖北、河南三省軍務，居中調度。撚軍首領任柱、牛洪、賴文光部已由潁州、陳州流竄至山東曹州，張總愚部仍盤踞在南陽一帶。
九月初一日，緊急上奏劉銘傳部連戰告捷，撚軍東竄曹州，戰事重心轉向山東。已調徐州全軍赴山東會剿，調臨淮軍接防徐州，調周盛波部移駐歸德。但因馬隊兵力不足，遊擊之師久未組建完成，自認尚無破敵良策。另附片奏報金國琛部士兵鬨餉一案尚未審結，故其無法赴任甘肅鞏秦階道。又附片奏請湖北軍務仍由官文全權節製調遣。
初三日，稽覈確定騎兵營的編製條例及步騎協同作戰章程。
十五日，撚軍攻破辛家寨，徐州進入戒嚴狀態。
十九日，緊急上奏：接到朝廷諭旨，命李鴻章親自率領楊鼎勳等部火速前往河南、洛陽一帶，剿滅豫西的撚軍，同時兼顧山西、陝西的門戶防務。朝廷擬任命吳棠暫代兩江總督，李宗羲、丁日昌依次代理漕運總督和江蘇巡撫，並命臣迅速商議後回覆。又接到諭旨，令鮑超率軍趕赴河南，歸臣統一調遣。
近日撚軍向東逼近，距離徐州城不遠，我軍正全力防守東路，已調派郭鬆林、楊鼎勳兩部在沂州、海州一帶佈防剿敵。若李鴻章前往河南、洛陽督師，則無其他兵力可調往西路。近來聽聞福建、廣東官軍戰果顯著，太平軍勢衰，若改派鮑超前往河南，對河南戰局將大有裨益。
至於李宗羲、丁日昌暫代封疆大吏之職，恐怕提拔過於倉促。近年來皇上求賢若渴，對地方大員保舉的人才往往破格提拔，外界誤以為這些官員都是非凡之才，便以嚴苛標準要求他們。於是禦史們紛紛彈劾，連當初保舉他們的大臣也受到牽連。
若讓官員按資曆逐步晉升，稍作曆練，則被提拔者不會招致同僚嫉妒，言官也不會對封疆大吏產生敵意，這實在有利於朝野同心。況且朝廷的升降賞罰，本就不是外臣應當乾預的。如今將督撫要職的任命，諭令臣等反覆商議，更覺不妥，因此不等與李鴻章、吳棠商定，便直接陳述己見。
另附奏片報告：撚軍有向南移動的跡象，傳聞可能回竄雉河老巢，張總愚部已逼近湖北邊境。此時陝西巡撫劉蓉因禦史陳廷經彈劾，奏疏言辭激烈，受到朝廷嚴厲懲處。
本月，張總愚部流竄至湖北境內，隨後又回竄河南。
福建官軍攻克廣東鎮平縣，賊軍退守嘉應州城。左宗棠奉旨統領廣東、江西各軍，率部出境督戰，三省官軍合圍嘉應州。鮑超新招募的湘勇一軍趕赴江西、廣東協同圍剿。
十月初九日，檢閱李昭慶所部馬隊、步隊，下令加緊訓練，使其成為一支可機動作戰的精銳部隊。
十一日，緊急上奏：徐州官軍擊敗賊軍獲勝，但賊軍仍流竄山東，潘鼎新在豐縣擊潰賊軍後回駐濟寧。另附奏片稱：賊軍之所以重視山東，是因運河東岸地勢平坦、物產豐饒，不像河南那樣荒涼貧瘠。臣之所以重視東路，是因山東北接京畿重地，關係天下根本；南連江蘇，是湘軍、淮軍的根基所在。霜降後河水退落、河麵結冰，河防更加緊迫，請朝廷下旨令直隸總督加強冬春防務，隻可增兵，絕不能削減守備。若賊軍回竄開封以西，將調遣主力遊擊部隊赴河南會剿。另附奏片請求恢複吉林協領春壽、營總穆隆阿的原職。又奏請將四川訓導唐煥章留營任用。
此時，張總愚率領的匪軍從陝縣、禹州向東流竄至開封境內，任柱、牛洪、賴文光等部則從曹州向西流竄，與張總愚會合，侵擾襄城、舞陽一帶，其勢正向湖北境內蔓延。
三十日，緊急上奏：撚軍向西流竄，周盛波在寧陵擊敗賊軍獲勝，劉銘傳在扶溝擊敗賊軍獲勝。目前賊軍意圖侵擾湖北，已下令徐州馬步各軍分駐周家口，騰出劉銘傳一軍作為機動部隊，不再拘泥於十三府州的限製，隨賊軍動向跟蹤追剿。李昭慶所率萬人，待鞍馬齊備後，立即調往河南進行靈活追剿。另附奏片：遣返吉林、黑龍江、察哈爾應撤官兵九百人，已啟程回旗，參領三棟阿等病故請予撫卹。又奏：邸軍辦捐委員、前廣東按察使齡椿病故請予撫卹。另附片奏：預先籌劃鮑超一軍進軍路線，應以襄陽為基地，由湖北糧台負責供應銀米軍火。
本月，曾國藩研讀《左傳》，將書中記載的事件分類整理記錄。
十一月初七日，開始稽覈長江水師永久章程及營製營規等檔案，經過二十天的詳細稽覈後完成定稿。
在徐州、銅山、沛縣交界處，有一片因微山湖乾涸而露出的土地。鹹豐四五年間，山東曹州的百姓因黃河氾濫，為避水患南遷至此，後來遷居者越來越多，達到數萬人，開墾的田地也逐漸擴大。當地官府按畝征稅充作軍餉，稱這些移民為“湖團”，他們與沛縣本地居民多次發生爭訟械鬥事件。撚軍向東流竄時，曾與湖團暗中勾結，沛縣百姓到曾國藩大營控告此事。曾國藩下令嚴查勾結撚軍的湖團民眾，審訊清楚後依法懲處，並派官員前往山東調查湖團民眾的原籍，設法資助他們返回原籍。
二十七日，緊急上奏稱：撚匪全部向西逃竄，原本計劃進駐周家口，但因李昭慶所率部隊的馬匹裝備尚未配齊，未能立即前進。又因銅山、沛縣湖團一案與剿撚事務關係重大，待妥善安置處理完畢後，將立即趕赴河南督戰剿匪。同時奏報廣東賊勢仍然猖獗，數萬悍匪攻陷嘉應州，鮑超已從贛州出兵進剿，暫時難以調往河南。另上奏摺稟明徽州鬨餉一案審訊結果，分彆作出判決，並將涉案兩軍十七營全部遣散回原籍。附片奏請對已故前皖南道張鳳翥予以撫卹，以及已故水師營官提省成發翔予以撫卹。
本月，張總愚部流竄至湖北襄陽邊境，任柱、牛洪等部由光州、固始竄入安徽潁州邊境，隨後又侵入湖北境內。
十二月初二日，湖北成大吉所部軍隊在麻城潰敗叛變，撚匪乘機進犯，長江、漢水以北地區賊勢猖獗，騷亂蔓延數百裡。
十三日，曾國藩巡視張錫嶸在淮北新組建的軍營，詳細審定長江水師營製相關事宜。
二十五日，曾國藩之子曾紀澤從金陵來到軍營探望父親。
二十八日，曾國藩緊急上奏：兩路撚軍主力已全部聚集湖北，又遭遇叛軍嘩變，已下令調派劉銘傳率軍增援湖北。同時上奏關於長江水師營製事宜的商議結果，共擬定水師章程三十條、營製條例二十四條。另奏摺稟明遵旨調查河南巡撫吳昌壽、總兵張曜等人被彈劾的各項問題。又奏報遵旨秘密調查山東巡撫閻敬銘、佈政使丁寶楨被參劾的各項事宜。在密奏附片中稱：山東、河南地處四戰之地，閻敬銘、吳昌壽二人都不擅長軍務，但具體情況各有不同，現謹將河南士紳原呈訴狀抄錄呈請禦覽。
本月，曾國藩審結沛縣湖團各案，將安分守己的唐團、趙團等六個團民繼續留在徐州，而將勾結撚軍的王團、刁團等勒令限期遣返原籍。同時釋出告示曉諭當地居民與外來移民各自安居樂業。
湖北襄陽、樊城一帶的撚軍張總愚部，已回竄至南陽地區。
這一年，鄭敦謹調任戶部侍郎，李鶴年被任命為湖北巡撫，張樹聲授任直隸按察使，但三人都未立即赴任。張樹聲所統領的樹字營淮軍，改由其弟總兵張樹珊接管。