五月二十一日，接到皇帝諭旨：“此前因江西賊軍竄入浙江，恐周天受資曆尚淺難以統率各軍，故再次命令和春前往督辦。現據和春奏報，他目前患病未愈，短期內難以啟程。東南戰事關乎全域性，必須派遣威望素著的重臣統率各軍，方能妥善調度。”
曾國藩因守製離職回鄉，即將服喪期滿。目前江西的撫州、建昌兩府都已收複，僅剩吉安一府尚未平定，有曾國荃、劉騰鶴等部兵力足以剿辦。此前已命令耆齡調派蕭啟江、張運蘭、王開化等部火速增援浙江。這些將領都是曾國藩的舊部，所率部隊若由曾國藩指揮調度，必能發揮更大作用。今日已正式頒佈諭旨，命曾國藩立即啟程趕赴浙江辦理軍務。
命令駱秉章立即傳達聖旨，令侍郎曾國藩火速趕赴江西，率領蕭啟江等部日夜兼程增援浙江，與周天受等各軍合力剿滅敵軍。該侍郎此前在守喪期間從軍，不辭辛勞，朕深為瞭解。如今正值浙江軍情緊急之際，相信他必能體察朕意，不負重托。啟程日期也須立即上奏，以慰朕心。欽此。
二十五日，駱秉章上奏稱：目前增援江西的各軍將領，都是前任侍郎曾國藩所熟悉的人員，不是他的同鄉，就是他的舊部。如果讓他統率這些部隊前往浙江，必能使將士同心協力，對大局大有裨益。況且江西、浙江本是水鄉，適宜使用水軍作戰，楊載福、彭玉麟兩支部隊也都是曾國藩的舊部。
曾國藩率領陸軍前往浙江，可考慮從常山新建戰船順流而下，或派遣船隻經長江進入太湖後逆流而上。這樣江南大軍既能免除後顧之憂，增援浙江的陸軍也能得到水軍支援。關於軍餉問題，計劃由湖南每月撥解餉銀二萬兩。請皇上下令湖北巡撫胡林翼每月籌撥銀二萬兩，專供曾國藩部隊使用。
六月，接到皇帝諭旨：“駱秉章奏請調撥湖南軍隊增援浙江，並請命曾國藩統率前往，與先前所降諭旨正相符合。每月籌撥餉銀二萬兩作為援浙軍費，確能統籌全域性，不分地域界限，著即照此辦理。該侍郎既擁有精兵，又得充足糧餉，必能迅速建立功勳。欽此。”
初三這天，曾國藩接到聖旨。初七這天，他整理行裝從家中出發。初九這天，經過湘鄉縣城。十二這天，抵達長沙，與駱秉章、左宗棠會商軍事事務。刻製木質官印，印文為：“欽命辦理浙江軍務前任兵部侍郎關防。”
曾國藩發出調令，派遣蕭啟江、張運蘭、王開化等湘軍從江西撫州、建昌一路出發，拔營進駐鉛山縣的河口鎮。他計劃由水路東下，經九江登陸，在河口與各軍會合，統率部隊前往浙江。駱秉章派遣主簿吳國佐率領一千二百名練勇，歸曾國藩指揮。曾國藩下令吳國佐率部由陸路先行趕赴江西。
十七日，曾國藩上奏摺報告啟程日期，並陳述進兵援救浙江的路線。接到皇帝硃批：“你此次奉命立即啟程，足見心繫大局，忠勇可嘉。待抵達軍營後，速將如何部署進剿事宜，通過驛站快速上奏即可。欽此。”同日又上奏蕭啟江請假兩個月回鄉的奏片。
十九日，曾國藩從長沙乘船出發。二十四日抵達武昌，與胡林翼商議進兵路線、軍餉數額、大營糧草轉運及軍費報銷等事宜。在武昌官署停留十餘日。湖北省協撥的二萬兩軍餉，也奉旨批準調撥。曾國藩向來稱讚胡林翼才略過人且心思縝密，無論大小事務都虛心與其商討。胡林翼也儘心竭力為他出謀劃策，二人常常商議至深夜仍不休息。
七月初三日，曾國藩從武昌啟程。初四日，船停泊在巴河。他的弟弟曾國華，以及李續賓、李續宜、彭玉麟等人先後到巴河拜見，共同商議陸營統領、營官、哨長的安排，以及隨營委員的章程、士兵行軍駐紮和作戰的方法。李續賓調撥兩營湘勇，由副將朱品隆、唐義訓率領，歸入曾國藩麾下，作為親兵營。曾國藩與李續賓商議改建湘鄉忠義祠，李續賓捐銀二千兩，曾國藩捐銀一千兩，作為倡導。
十一日，曾國藩抵達九江府，前往塔忠武公祠祭奠。楊載福前來拜見。
十二日，船停泊在湖口。彭玉麟在石鐘山修建水師昭忠祠，祭祀楚軍水師陣亡將士，包括蕭捷三等將領及士兵、伕役共數千人。十五日，曾國藩到昭忠祠祭奠，並犒賞外江、內湖水勇，共發放錢二千二百餘貫。同時發令調遣朱品隆、唐義訓率所部士兵先行趕赴河口鎮。
曾國藩最初出征時，以肅清長江水域為目標。他親自駐紮在水軍營寨，將糧台設在水邊。至此，湖北、安徽一帶江麵已逐漸肅清。下遊雖仍有敵軍活動，但已難以形成威脅。太平軍首領石達開從江西流竄侵擾浙江、福建邊界，所攻陷的州縣都不再長期占據，逐漸呈現流寇態勢。曾國藩率軍增援浙江，放棄水路改從陸路進軍。軍隊調度和糧餉運輸的方式，都改變了原先的規劃。
在湖口設立報銷總局，發令調派李瀚章來江西主持報銷局事務，負責清理東征水陸各軍糧餉收支數目，分項稽覈報銷。設立陸路隨營糧台，委派喻吉三、彭山屺帶領數百士兵護衛。在武昌、九江、貴溪三地設立轉運局，在南昌省城設立支應局。發令委任道員李元度、知府王勳總攬營務處事務，並委派十餘名官員分彆管理陸營銀錢所、軍械所、發審所及公文案卷等事務。
二十一日，曾國藩乘船抵達南昌，與江西巡撫耆齡會商軍餉事宜。下令撤銷前年江西省為楚軍設立的支應炮位、子藥三局，將剩餘的硝磺、水器等物資轉歸陸軍領取。同時裁撤李大雄、騰加洪兩營部隊，並對上年在江西任職的官員進行甄彆，部分留用部分遣散。此時駐江西的楚軍部隊中，張運蘭、蕭啟江所率兩軍已集結於河口鎮，加上朱品隆等部，總兵力達萬餘人。
劉長佑所部一軍，經江西巡撫調派，從撫州移防至杉關；李元度所部一軍，也奉調從貴溪拔營增援浙江。太平軍撤除對浙江衢州的包圍後，從處州竄入福建，分兵由浦城出二度關，圍攻廣豐、玉山二縣。廣信府形勢危急。李元度率軍堅守兩城，擊退敵軍。不久接到曾國藩的調令，命他辦理營務處事務，其麾下平江勇暫由沈葆楨統領。
二十四日，曾國藩從南昌啟程乘船，停泊於瑞洪。江西水師道員劉乾潯前來拜見。途中接到皇帝諭旨：“此前因浙江軍情緊急，命曾國藩赴浙剿匪。現衢州之圍已解，處州等府縣相繼收複，境內殘敵不難迅速肅清。唯福建省浦城、崇安、建陽、鬆溪、政和等地賊勢蔓延，急需加緊剿滅。”
和春等人已命令總兵周天培從浙江兵勇中挑選三千餘名精銳，由龍泉一帶進剿；饒廷選率領漳州兵勇，也正趕往浦城。曾國藩已奏報啟程，現命他率領援軍從江西鉛山直取崇安，視情況進剿。務必迅速掃清福建境內所有匪患，不得延誤。欽此。“又接到諭旨：”總兵李定泰此前奉命協助和春辦理軍務，現周天受等部會剿竄入福建的匪軍，著統一歸曾國藩調度。欽此。
又接到聖旨：“署理福建漳州鎮總兵周天受，特加恩賞還提督銜，命其立即趕赴福建，與周天培、饒廷選、張騰蛟等分路進剿。待前任侍郎曾國藩到任後，即歸曾國藩統一指揮。欽此。”
這個月胡林翼因母親去世辭官守孝，卸任返回原籍。朝廷命令官文暫時兼任巡撫職務。
八月初八日，曾國藩抵達河口軍營。沈葆楨、李元度前來拜見。
曾國藩向各營軍官下達命令，規定士兵每日口糧標準為每人發銀一錢四分，民夫口糧每人一錢，統一執行。當時駐紮江西的楚軍士兵屢遭當地團練截殺，死亡多達數十上百人。為此曾國藩釋出告示，嚴令士兵不得擾民；同時曉諭各地團練，禁止隨意殺害士兵。他還派專員提審相關案件，查證屬實後依法懲處。
十二日，曾國藩緊急上奏，表示遵旨援閩，擬即日由崇安進剿，並詳細陳述當前敵情與軍勢。同時奏報閩地賊軍進犯廣豐、玉山兩縣，官軍奮勇作戰取得勝利，成功解除兩城之圍。奏摺中特彆提到：李元度自隨軍以來曆儘艱險，百折不撓。在臣（曾國藩）丁憂回籍期間，該員獨力支撐東路防務，屢次以少勝多。此次力保兩城，對全域性大有裨益。
請求朝廷賞賜李元度按察使銜，並授予勇號。為陣亡將士易金榜、李傳綸、龔茂發、張應龍、龔拱綸、李家純、黃查七人請恤。另附片奏請調派遊擊喻吉三隨營聽用。又奏：此次由江西進入福建，應在廣信府城和鉛山縣城設立糧台，負責轉運糧餉軍火等物資，已委派駐防廣信的九江道沈葆楨兼管此事。
曾國藩安排軍中糧台事務，並委派在藩道員雷維翰負責鉛山水陸轉運事宜。同時調令李元度率領所部平江勇一營，隨同自己前往福建辦理營務處事務。其餘平江勇則交由沈葆楨接管，留守廣信防務。又調令王勳前來軍營協助辦理營務處事務。此外，還聯合上奏請求在九江府城建立提督塔齊布祠堂，在湖口建立水師昭忠祠。
曾國藩在行軍途中經過九江、湖口兩地，見兩處祠堂即將完工，便奏請朝廷敕令地方官員每年春秋兩季舉行祭祀。同時上奏湘鄉縣城捐建忠義祠以集中祭祀陣亡將士的摺子。另附片奏稱：湖南補用知府李瀚章長期在臣軍糧台任職，現該員已回廬州原籍，應令其速來湖口水營辦理軍費報銷事宜。以上所請均獲朝廷批準。
曾國藩的弟弟曾國荃率各營攻克吉安府城，江西全省得以肅清。江西、湖南兩省巡撫聯名上奏，保舉曾國荃以知府身份遇缺即選，並加授道員銜。此時賊軍從福建邵武分兵竄出鐵牛關，劉長佑率軍迎擊卻作戰失利。
瀘溪、金豁相繼失守，賊軍攻陷安仁縣。十五日，曾國藩率軍移駐弋陽縣，調派張運蘭回師截擊。十九日，官軍收複安仁縣，賊軍逃往萬年縣並竄入饒州境內，屯駐景德鎮。曾國藩又調吳國佐協同圍剿安仁的賊軍。
吳國佐率軍在萬年縣追擊賊軍，遭遇小挫，幫辦營官劉本傑陣亡。
二十四日，曾國藩緊急上奏閩賊竄入江西、官軍收複安仁縣的奏摺。隨折保舉道員張運蘭、知府王文瑞二人，併爲陣亡千總周玉田請恤。另附片為陣亡知縣劉本傑請恤。又附片奏請朝廷敕令四川總督每月籌撥銀二萬兩，經湖北轉運至軍營。再附片奏報同知胡兼善在營中病故，請求撫卹。
二十七日，曾國藩率軍開赴雲際關。二十九日，部隊抵達雙港時接到警報，便就地駐紮。福建境內的賊軍分兵大股回竄新城縣，吉安殘餘匪軍攻陷崇仁、宜黃兩縣，撫州、建昌兩府形勢緊張。曾國藩調派張運蘭部進軍圍剿新城賊軍，同時改變行軍路線，向南急赴建昌。
九月初二日，李元度請假返回原籍。
劉長佑率軍在新城迎擊賊軍，大獲全勝。賊軍敗退回福建境內，盤踞崇仁、宜黃的賊匪也逃竄入閩。
初七日，曾國藩率軍抵達金谿，聽聞新城大捷的訊息。初九日，部隊到達建昌府，在城外駐紮。劉長佑前來拜見曾國藩。
曾國藩登上麻姑山，全麵考察建昌的地形地勢，研究高低遠近的攻守路線。他下令深挖壕溝、加固營壘，派軍官和士兵嚴密把守營門，並每晚親自巡查。專門委派人員負責打更報時，確保晨昏時刻準確無誤。又派員巡查營壘周圍數裡範圍，嚴厲禁止賭博和吸食鴉片的場所。釋出告示曉諭官兵，嚴禁強行征用民夫或壓價強買貨物。每天傳見三名哨長，考察他們的才能和表現，暗中記錄在冊。
十三日，曾國藩緊急上奏，報告移師建昌及籌劃撫州、建昌各府防剿事宜，計劃從杉關進入福建剿滅賊軍。隨奏附片請求頒發捐生紀以鳳等人執照。
蕭啟江休假期滿返回江西，抵達建昌大營。曾國藩調派張運蘭部從杉關進軍剿賊，蕭啟江部由廣昌進剿，並派遣吳國佐部作為後路策應。當時福建境內賊軍氣焰正盛，當地官員和士紳接連發來書信，催促曾國藩火速增援。然而山路崎嶇難行，又逢連日陰雨，軍中疫病流行，部隊無法快速推進。
曾國藩的弟弟曾國荃攻克吉安後，將所部兵勇遣散回湖南。其統領的湖南援軍各營也陸續撤回湖南境內。曾國荃親自率領一千名兵勇前往建昌投奔曾國藩，於二十六日抵達大營。曾國藩將其兵勇編為親兵，稱為護衛軍。對營官、哨長，每日也傳見數人，考察其才能，擇優獎勵提拔。曾國荃在營中停留十餘日。李鴻章從廬州應調前來大營。曾國藩覈定在營委員、伕役等人的薪水口糧章程，並覈查火器規格，包括火炮、抬槍、鳥槍等武器的彈藥消耗數量及重量，製成表格記錄。
十月十一日，曾國藩的弟弟曾國荃啟程返回湖南，曾國藩親自送行，並囑咐他在家督促子弟讀書。
十六日，曾國藩上奏摺保舉在玉山、廣豐守城戰役中表現突出的文武官員，並附名單請求嘉獎。同時緊急奏報調派官軍分路進入福建的情況，陳述當前軍事部署進展。另在附片中奏報：軍中疫病肆虐，前所未見。張運蘭、蕭啟江、吳國佐等部上報病員多則千餘人，少則數百人，臣實不忍心催促他們繼續進軍。劉長佑部因長期勞累過度，染病者尤其眾多，請求調往撫州休整治療。
接到皇帝諭旨：“曾國藩所奏辦理軍務情形，朕亦不遙加乾預。該侍郎應督率將士，審時度勢進剿。探明何處有賊，即從何處進兵，務求迅速殲滅逆匪。至於建昌等地疫病流行，各營兵勇現多染病，著該侍郎妥善安撫，使其儘快康複調治，不得延誤軍事行動。欽此。”
李續賓與曾國藩的弟弟曾國華在巴河會麵後，分彆率軍進入安徽。八月，攻克太湖、潛山兩縣。九月，又攻占桐城、舒城，兵鋒銳不可當。此時廬州再次失陷，太平軍聚集在三河鎮。李續賓率軍進攻三河鎮太平軍營壘。當月，太平軍將領陳玉成調集大批援軍，將官軍團團包圍。官軍全軍覆冇，李續賓戰死沙場，曾國藩的弟弟曾國華及軍中將士共六千人壯烈殉國。
湘軍精銳在此戰中全軍覆冇！駐紮在舒城、桐城的後續部隊相繼潰敗撤退，湖北、安徽一帶大為震動。都興阿原本從宿鬆、太湖進攻安慶的部隊，也退守至湖北境內。李續宜收攏整頓潰散的士兵，駐紮在黃州。湖廣總督官文上奏請求曾國藩移師救援安徽。朝廷回覆諭旨稱：江西派往福建的援軍正逢疫病流行，難以長途跋涉。於是下詔重新起用胡林翼代理湖北巡撫，督辦軍務，以救援皖北地區。
這個月，曾國藩開始係統記錄江蘇、浙江、安徽、福建各省府州縣的地理形勢，特彆是山川險要之處，每日詳細標註，作為日常功課。同時釋出告示，安撫被太平軍占領地區的流亡百姓，招撫他們回鄉恢複生產。
十一月，曾國藩得知三河鎮慘敗的訊息，悲痛萬分，數日飲食銳減，寫下《母弟溫甫哀詞》悼念亡弟。他專門派遣親兵，秘密進入皖北地區，尋找收殮陣亡將士的遺骸。
曾國藩製定了大營定期檢閱操練的製度：每月逢三的日子檢閱步兵弓箭、刀矛等冷兵器訓練，逢八的日子檢閱騎兵射箭、火器等訓練。當時江西地方團練仍有截殺湖南勇丁的事件發生，曾國藩特作《愛民歌》一篇，命全軍學習傳唱。
張運蘭率軍進抵福建邵武府時，太平軍已全部向南流竄，經汀州侵擾江西贛州、南安地區。蕭啟江部隊抵達石城縣時，正遇廣東潮州勇丁作亂騷擾地方，蕭啟江立即出兵平定。
皖北戰敗後，盤踞景德鎮的太平軍勢力趁機擴張，江西官軍進剿失利。曾國藩隨即調整部署：調蕭啟江部清剿江西南路太平軍，命張運蘭部回師建昌，轉攻景德鎮，與劉於潯率領的水師協同作戰。
二十六日，曾國藩緊急上奏，呈報分派官軍追擊剿滅福建流竄賊軍、轉攻景德鎮太平軍主力的奏摺，並附片奏報蕭啟江部途經石城平定潮州匪患一事。另附奏片陳述探明敵軍動向的概況。
胡林翼剛辦完喪葬事宜，便火速趕赴湖北接掌軍務，進駐黃州安撫士卒，使軍心稍定。劉長佑因軍中疫病流行，從撫州撤軍並遣返湖南籍士兵回鄉休整。
駱秉章上奏陳述軍情緩急，請求曾國藩從江西移師救援安徽。朝廷下達諭旨：“皖北賊軍氣焰囂張，湖北邊防形勢緊張，想必曾國藩也已收到相關軍報。目前福建的賊軍已向南逃往漳州、泉州，距離江西漸遠。若按駱秉章所請，命曾國藩移師安徽，而留蕭啟江所部四千餘人駐守江西，也不失為權衡輕重之舉。隻是曾國藩所率各部軍中疫病流行，此前奏報仍須休整。”
況且景德鎮仍有大批賊軍盤踞，即便邊戰邊進，也難以在短期內抵達安徽。著令曾國藩預先籌劃。若福建現有兵力足以剿辦賊軍，且江西邊境防務有人接替，自然應以救援安徽最為緊要。此舉不僅可使廬州省城形成南北夾擊之勢，更能阻斷賊軍北竄湖北之路。倘若汀州等地仍需兵力駐守，一時難以移師，或需等待景德鎮賊軍剿滅後再回師湖北，也著令曾國藩審時度勢，據實奏報。欽此。
十二月十一日，曾國藩上奏摺回覆：近日賊軍勢力以皖江南北兩岸最為猖獗。皖南地區山脈連綿，自山脈以北長期是太平軍活動區域；山脈以南目前僅有婺源縣、景德鎮兩處有賊軍盤踞。皖北賊軍勢力龐大，實際遠超皖南。從大局輕重來看，應當集中兵力於江北，以圖肅清中原；就當前形勢緩急而言，則應先攻景德鎮，確保湖口安全。臣已令張運蘭率軍急赴景德鎮剿匪。至於福建境內賊軍數量不多，其回竄江西者，已命蕭啟江部迅速追擊剿滅。皇上硃批：“所擬方案尚屬妥當。欽此。”曾國藩又附片奏報因眼疾請求休假一月，在軍營調養治療。
李鴻章來到建昌拜見曾國藩，於是被留在幕府任職。
十五日，李元度結束休假返回軍營，王勳請假回鄉。
十七日，張運蘭等部抵達景德鎮，吳國佐遭遇賊軍戰敗，曾國藩發文嚴厲斥責，命其撤營返回湖南。
賊軍攻陷南安府城，蕭啟江率軍進攻。張運蘭在景德鎮與賊軍交戰，取得勝利。
這一年二月，和春與張國梁攻克秣陵關，繼而進攻金陵。朝廷下詔任命何桂清為兩江總督。前任江西巡撫張芾督辦皖南軍務，駐守徽州。七月，江南大營在金陵修築長圍以圍困賊軍。九月，德興阿部在浦口遭遇大敗，賊軍再次攻陷揚州府城及儀征、天長、六合等縣，溫紹原在六合戰死。張國梁率軍渡江，收複揚州。十月，撚軍首領李兆受獻天長歸降，改名李世忠。十二月，戴文英與鄧紹良在寧國府的黃池灣沚剿賊，先後陣亡。