自此，火星成為了帝國的一部分，雙頭鷹旗幟已經展開，
偉大的遠征即將開始。
就像古泰拉傳說中的眾神一樣，原體橫掃銀河係的戰場，他們的力量被證明是不可抗拒的。
然而，原體儘管表現出所有的優越感和看似永生，但仍然是人類，而且他們擁有太多自人類誕生以來一直困擾著人類的相同人類缺陷。
帝皇創造出的軍團原體中最受寵愛的戰帥荷魯斯被混沌邪神們誘惑。
並說服一半的兄弟背叛了帝皇。兩位巨人的爭鬥撼動了帝國的根基，迫使昔日的親友針鋒相對，這場反亂被稱為“荷魯斯叛亂”。
懷言者洛嘉是九大軍團叛變的罪魁禍首，洛嘉在攻城略地中還不忘傳播崇拜帝皇為神的信仰，這使得第十七軍團進度緩慢，帝皇命令極限戰士轟炸掉完美之城！並讓洛嘉和第十七軍團在廢墟中下跪懺悔！
極限戰士和懷言者從此結下仇了，混沌派女先知卡爾菲羅誘導洛嘉（帝皇不讓洛嘉信奉自己為神，洛嘉偏要信奉，你不讓我信奉你，那我就信奉其他人），洛嘉和懷言者最終改信混沌四神。
叛亂的第七年
在內戰的最後一戰中，荷魯斯由於忠誠派援軍即將趕來主動邀請與聖血天使的原體聖吉列斯和帝皇決戰。在泰拉圍攻期間的最後對抗達到頂峰時，在荷魯斯自己的旗艦，榮耀級戰列艦複仇之魂號上，帝皇與戰帥發生了衝突。
帝皇不願對他最心愛的兒子使用他全部的靈能，直到荷魯斯將帝皇致殘並殺死聖吉列斯，帝皇才最終釋放出他難以想象的全部靈能。
荷魯斯在進攻地球皇宮時與帝皇展開了決鬥，最終他落敗身亡，但是帝皇也身負重傷。
他最終打倒了戰帥，甚至連戰帥的靈魂都從亞空間中根除了，這樣毀滅性的力量使四神無法將他們的傀儡恢複。
大部分剩餘的叛徒軍團在荷魯斯戰敗後逃入了恐懼之眼，他們的原體將他們的靈魂出賣給了混沌，成為了惡魔王子在恐懼之眼的腐化領域中統治著一個小小的混沌帝國。
荷魯斯叛亂對帝國造成了無可估量的傷害。帝皇被搬入黃金寶座的靜滯場內，如此方能維持一線生機。他的精神僅夠維持著星炬，無法再親自統治整個帝國。儘管叛軍撤入了名為“恐懼之眼”（EyeofTerror）的亞空間裂縫中，但帝國仍然花費了數百年才平息了叛逆的餘波。仍保持著忠誠的軍團被分割成諸多小規模的“戰團\\